PDB-5nny: Crystal structure of the phosphatase domain from the Legionella e...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nny

タイトル

Crystal structure of the phosphatase domain from the Legionella effector WipB

要素

WipB

キーワード

HYDROLASE / Legionella effector / Serine/Threonine phosphatase / phosphoesterase fold

機能・相同性

Domain of unknown function DUF5617 / Domain of unknown function (DUF5617) / WipB

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Pinotsis, N. / Waksman, G. / Prevost, M.S.

資金援助

ベルギー, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: The Legionella effector WipB is a translocated Ser/Thr phosphatase that targets the host lysosomal nutrient sensing machinery.
著者: Prevost, M.S. / Pinotsis, N. / Dumoux, M. / Hayward, R.D. / Waksman, G.

履歴

登録	2017年4月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nny.cif.gz	265.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nny.ent.gz	213.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nny.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5nny_validation.pdf.gz	437.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5nny_full_validation.pdf.gz	443.5 KB	表示
XML形式データ	5nny_validation.xml.gz	28.3 KB	表示
CIF形式データ	5nny_validation.cif.gz	42.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/5nny ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/5nny	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5n6xS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3pxp-3 5t1p-5 2cex-4 5b50-d 2oqh-1 4elq-1 3pu5-d 5t8q-2 4g3d-2 6cp8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: WipB

B: WipB

72.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: WipB

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
36.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: WipB

登録者が定義した集合体
36.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.400, 79.100, 79.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.70, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	WipB 分子量: 36337.312 Da / 分子数: 2 / 断片: Phosphatase domain, UNP Residues 25-344 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: wipB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5GA15
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 484 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.93 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.23 M ammonium citrate dibasic and 22% PEG3000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.99999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→48.832 Å / Num. obs: 66193 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 8.73
反射シェル	解像度: 1.7→1.74 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.21 / Num. unique obs: 4732 / CC_1/2: 0.48 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5N6X

5n6x

解像度: 1.7→48.832 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2173	3204	4.84 %
R_work	0.1874	-	-
obs	0.1888	66191	99.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→48.832 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4982	0	0	484	5466

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5182
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.848	7016
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.413	3104
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	781
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	907

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7254	0.3471	136	0.3259	2582	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7254-1.7523	0.3458	144	0.3151	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7523-1.7811	0.2841	143	0.3034	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7811-1.8118	0.3173	145	0.2806	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8118-1.8447	0.3118	142	0.2852	2709	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8447-1.8802	0.3118	143	0.2772	2704	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8802-1.9186	0.303	129	0.2586	2762	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9186-1.9603	0.2898	136	0.2368	2710	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9603-2.0059	0.2698	134	0.2223	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0059-2.0561	0.2483	139	0.2014	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0561-2.1117	0.2224	139	0.1945	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1117-2.1738	0.2547	139	0.1864	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1738-2.244	0.2371	137	0.172	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.244-2.3242	0.2304	138	0.17	2718	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3242-2.4172	0.2374	141	0.1779	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4172-2.5272	0.2262	136	0.1779	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5272-2.6605	0.2365	143	0.1774	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6605-2.8272	0.2039	140	0.1739	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8272-3.0454	0.2184	136	0.1748	2734	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0454-3.3518	0.1522	143	0.1729	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3518-3.8367	0.1627	139	0.1571	2752	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8367-4.8331	0.1981	141	0.1505	2747	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8331-48.8517	0.1856	141	0.1888	2821	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

S33: -0 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2388	-0.1498	0.0163	0.2109	0.3471	0.484	0.0071	-0.0065	-0.0085	0.0226	0.0085	0.0174	-0.0178	0.0252	0.1154	-0.004	0.0005	0.0908	-0.0025	0.1051	5.1593	-14.1502	7.8092
2	0.4311	0.1057	0.3279	0.1565	0.0138	0.1194	0.012	0.0125	0.0784	0.036	-0.0157	0.0464	-0.0009	0.0632	0.1374	-0.0111	-0.0006	0.1507	-0.0018	0.1163	12.0337	6.0342	22.7644
3	0.2407	0.0209	0.1331	0.2467	-0.1054	0.419	0.0097	-0.0111	0.019	-0.0117	-0.0322	0.0028	-0.0386	0.0396	0.0866	-0.0026	0.01	0.1047	-0.0133	0.1218	15.5392	-8.0334	-17.3912
4	0.0732	-0.1584	-0.079	0.064	0.3075	0.2621	0.0663	0.0502	0.0563	-0.0143	-0.0702	-0.0251	-0.0763	-0.0942	0.1651	0.0177	0.0014	0.1532	0.007	0.1796	-3.8581	1.6741	-26.7481

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and ((resseq 24:213))
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and ((resseq 214:331))
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and ((resseq 25:225))
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and ((resseq 226:344))

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)