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万見
- PDB-5nnx: TEAD1 bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nnx
タイトルTEAD1 bound to DNA
要素
  • (DNA) x 2
  • Transcriptional enhancer factor TEF-1
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


TEAD-YAP complex / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / hippo signaling / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / embryonic organ development / positive regulation of miRNA transcription / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly ...TEAD-YAP complex / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / hippo signaling / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / embryonic organ development / positive regulation of miRNA transcription / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / : / YAP binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcriptional enhancer factor TEF-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Morgunova, E. / Jolma, A. / Yin, Y. / Popov, A. / Taipale, J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: TEAD1 bound to DNA
著者: Morgunova, E. / Jolma, A. / Yin, Y. / Popov, A. / Taipale, J.
履歴
登録2017年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _exptl_crystal_grow.pH / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA
F: DNA
A: Transcriptional enhancer factor TEF-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6233
ポリマ－19,6233
非ポリマー00
水1,00956
1
C: DNA
F: DNA
A: Transcriptional enhancer factor TEF-1

C: DNA
F: DNA
A: Transcriptional enhancer factor TEF-1

C: DNA
F: DNA
A: Transcriptional enhancer factor TEF-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8699
ポリマ－58,8699
非ポリマー00
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.300, 112.300, 157.562
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: DNA鎖 DNA


分子量: 5411.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: DNA鎖 DNA


分子量: 5620.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Transcriptional enhancer factor TEF-1 / NTEF-1 / Protein GT-IIC / TEA domain family member 1 / TEAD-1 / Transcription factor 13 / TCF-13


分子量: 8590.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD1, TCF13, TEF1 / プラスミド: pETG20A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P28347
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.24 / 詳細: Ammonium Sulphate, MOPS, PEG (6000), PME(550)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.29→46.46 Å / Num. obs: 5806 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.29-3.555.72.2180.5030.9922.44293.6
8.7-46.465.30.02510.0110.02795.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.25データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Z8E

4z8e


解像度: 3.29→46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 31.03 / SU ML: 0.445 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.496
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2777 601 10.4 %RANDOM
Rwork0.1955 ---
obs0.2032 5205 96.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 319.03 Å2 / Biso mean: 167.303 Å2 / Biso min: 86.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.02 Å20.51 Å20 Å2
2--1.02 Å20 Å2
3----3.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.29→46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数602 738 0 56 1396
Biso mean---139.39 -
残基数----110
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.0171474
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.651.492083
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.49932374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg22.7466.678188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.1372026
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.42215114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3291510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2490.24225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021105
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02327
LS精密化 シェル解像度: 3.289→3.375 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.467 36 -
Rwork0.444 329 -
all-365 -
obs--82.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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