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- PDB-5nnp: Structure of Naa15/Naa10 bound to HypK-THB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nnp
タイトルStructure of Naa15/Naa10 bound to HypK-THB
要素
  • (Putative uncharacterized ...) x 2
  • N-terminal acetyltransferase-like protein
  • Ser-Glu-Ser-Ser
キーワードTRANSFERASE / N-acetylation / NATs / Naa15 / Naa10 / HypK / NatA / Nat1 / Ard1 / bisubstrate analogue
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-N-terminal-glutamate acetyltransferase activity / NatA complex / protein N-terminal-serine acetyltransferase activity / transferase activity / protein stabilization / negative regulation of apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Huntingtin-interacting protein K, UBA-like domain / : / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #1040 / Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha-like, UBA domain / HYPK UBA domain / N-terminal acetyltransferase A, auxiliary subunit / N-terminal acetyltransferase A, auxiliary subunit / N-acetyltransferase Ard1-like / Tetratricopeptide repeat / Acetyltransferase (GNAT) family ...Huntingtin-interacting protein K, UBA-like domain / : / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #1040 / Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha-like, UBA domain / HYPK UBA domain / N-terminal acetyltransferase A, auxiliary subunit / N-terminal acetyltransferase A, auxiliary subunit / N-acetyltransferase Ard1-like / Tetratricopeptide repeat / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / TPR repeat profile. / Acyl-CoA N-acyltransferase / Tetratricopeptide repeats / Aminopeptidase / Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBOXYMETHYL COENZYME *A / PHOSPHATE ION / N-terminal acetyltransferase-like protein / Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha-like UBA domain-containing protein / N-acetyltransferase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.602 Å
データ登録者Weyer, F.A. / Gumiero, A. / Kopp, J. / Sinning, I.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号
German Research FoundationFOR967 ドイツ
German Research FoundationGRK1188 ドイツ
German Research FoundationLeibniz Program ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2017
タイトル: Structural basis of HypK regulating N-terminal acetylation by the NatA complex.
著者: Weyer, F.A. / Gumiero, A. / Lapouge, K. / Bange, G. / Kopp, J. / Sinning, I.
履歴
登録2017年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-terminal acetyltransferase-like protein
B: Putative uncharacterized protein
C: Putative uncharacterized protein
E: N-terminal acetyltransferase-like protein
F: Putative uncharacterized protein
G: Putative uncharacterized protein
I: Ser-Glu-Ser-Ser
L: Ser-Glu-Ser-Ser
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,23041
ポリマ-228,7128
非ポリマー4,51833
7,981443
1
A: N-terminal acetyltransferase-like protein
B: Putative uncharacterized protein
C: Putative uncharacterized protein
I: Ser-Glu-Ser-Ser
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,65821
ポリマ-114,3564
非ポリマー2,30217
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13720 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area39730 Å2
手法PISA
2
E: N-terminal acetyltransferase-like protein
F: Putative uncharacterized protein
G: Putative uncharacterized protein
L: Ser-Glu-Ser-Ser
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,57220
ポリマ-114,3564
非ポリマー2,21616
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13260 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area39740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.319, 106.041, 130.937
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
Putative uncharacterized ... , 2種, 4分子 BFCG

#2: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 22440.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0063490 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SEE8
#3: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 6593.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / : DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0058830 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SCY6

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 AEIL

#1: タンパク質 N-terminal acetyltransferase-like protein


分子量: 84913.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0031530 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S4M4
#4: タンパク質・ペプチド Ser-Glu-Ser-Ser


分子量: 408.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 476分子

#5: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : PO4
#7: 化合物 ChemComp-CMC / CARBOXYMETHYL COENZYME *A


分子量: 825.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C23H38N7O18P3S / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.42 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5 25 % PEG 3350 protein at 15 mg/ml concentration

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→49.321 Å / Num. obs: 77910 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.9 % / Rpim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 6.5 % / Num. unique obs: 7407 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.602→49.321 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.87
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2199 3925 5.04 %
Rwork0.161 --
obs0.164 77880 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.602→49.321 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14467 0 182 443 15092
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00714926
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96720098
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7995629
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0372153
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042550
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6021-2.63390.31741220.25222422X-RAY DIFFRACTION93
2.6339-2.66720.32951460.24652670X-RAY DIFFRACTION100
2.6672-2.70230.32841440.2382594X-RAY DIFFRACTION100
2.7023-2.73930.30591560.23422618X-RAY DIFFRACTION100
2.7393-2.77840.28531450.21352610X-RAY DIFFRACTION100
2.7784-2.81990.28741330.22012666X-RAY DIFFRACTION100
2.8199-2.8640.27941200.21132650X-RAY DIFFRACTION100
2.864-2.91090.28531480.21062656X-RAY DIFFRACTION100
2.9109-2.96110.30481320.21252637X-RAY DIFFRACTION100
2.9611-3.0150.25391410.19672656X-RAY DIFFRACTION100
3.015-3.07290.21691210.18992651X-RAY DIFFRACTION100
3.0729-3.13560.25531430.19532618X-RAY DIFFRACTION100
3.1356-3.20380.24531390.19152662X-RAY DIFFRACTION100
3.2038-3.27830.26531530.18242621X-RAY DIFFRACTION100
3.2783-3.36030.23241550.17862639X-RAY DIFFRACTION100
3.3603-3.45110.24781560.1692608X-RAY DIFFRACTION100
3.4511-3.55270.21471310.16762633X-RAY DIFFRACTION100
3.5527-3.66730.22941440.16012663X-RAY DIFFRACTION100
3.6673-3.79830.19011350.15542632X-RAY DIFFRACTION100
3.7983-3.95030.22141700.14442623X-RAY DIFFRACTION100
3.9503-4.130.19641330.13162655X-RAY DIFFRACTION100
4.13-4.34770.18921310.1272662X-RAY DIFFRACTION100
4.3477-4.61990.15891400.12052663X-RAY DIFFRACTION100
4.6199-4.97630.17621490.12132653X-RAY DIFFRACTION100
4.9763-5.47640.20661490.14462656X-RAY DIFFRACTION100
5.4764-6.26750.21181330.162694X-RAY DIFFRACTION100
6.2675-7.89120.1671350.13792682X-RAY DIFFRACTION100
7.8912-49.3210.16941210.12612761X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.69421.9561-1.94673.1846-0.43175.0321-0.37460.151-1.35510.24420.06480.72980.9738-1.03850.37240.5225-0.06870.12780.53190.03260.8675-18.446225.647515.0749
21.2277-0.2878-0.62681.12720.70411.8495-0.0407-0.03870.1409-0.00270.245-0.2665-0.10260.4683-0.23540.2636-0.0715-0.04450.326-0.0520.357225.162123.93640.276
35.63160.0425-1.22831.17070.32092.74580.13680.23050.1586-0.3887-0.0712-0.1315-0.28060.1789-0.07450.3792-0.01710.03090.3279-0.01620.245616.560212.5253-39.8048
41.3340.12730.39992.31670.8871.7760.01060.23550.329-0.4829-0.12770.3047-0.5733-0.27960.08920.4360.12150.02910.36960.01980.3722-0.121436.1524-18.4745
52.4433-0.62220.074.5831.26241.91050.14610.17510.1386-0.3013-0.0174-0.0718-0.0595-0.043-0.11390.22250.02320.01890.2936-0.01330.262413.674816.8676-14.3369
64.8206-5.06445.09115.5186-6.22729.3436-0.5198-2.2158-2.68982.74711.30583.6821.1714-1.6492-0.72031.13650.14480.20560.98950.26211.206814.6182-1.39283.6274
70.6203-0.15572.00741.4634-0.41466.77880.05850.1115-0.1945-0.03440.1224-0.0269-0.03070.2201-0.170.2409-0.00660.00010.3334-0.0290.312720.32286.562-15.0387
85.71820.77252.34483.6630.15371.35410.11670.0273-0.27160.0272-0.0041-0.07190.4629-0.1263-0.18620.3141-0.04230.01510.2783-0.03030.263613.5694-4.9544-14.1834
97.0913.73512.30425.84382.10736.02950.612-0.0945-0.00280.7391-0.2254-2.0195-0.31611.4589-0.38290.70780.0205-0.23420.6931-0.05011.328438.41993.085-1.1645
101.41172.63921.46998.10124.83663.86230.2349-0.1336-0.2420.7263-0.0073-0.2651-0.42131.0948-0.23310.74220.09110.01260.7028-0.0460.60444.52361.99924.7186
111.8679-0.51-0.90337.15935.34734.13290.0866-0.37020.5299-0.5449-0.61890.7043-0.3062-0.67220.56120.50310.12150.08730.5161-0.04670.6391-2.97555.8465-7.0314
124.95885.8309-0.61697.18980.9258.45370.1166-0.36380.27530.69320.0983-0.7380.3578-0.0008-0.25510.52340.17130.05770.4098-0.00610.57244.423754.156-0.9283
135.66422.0309-1.15276.70043.80075.79360.1622-0.21380.22530.01840.01410.1542-0.46890.4012-0.19760.54450.01820.15450.32450.04260.66748.859557.5829-9.9539
142.6865-0.8952-0.63584.3321.97993.62430.14270.62-1.0894-0.93830.29680.71632.07460.352-0.37071.70990.0548-0.45320.804-0.01990.8485-56.4568-8.5527-86.3955
152.0466-0.57651.28261.4089-0.9831.7205-0.0727-0.22390.08050.03440.11050.1529-0.1785-0.1859-0.03170.29610.01640.03360.2185-0.04590.2372-43.6077-6.6203-44.754
163.2542-0.4719-0.81032.75240.45375.0131-0.06460.2922-0.107-0.05980.083-0.6059-0.11390.8537-0.0660.2674-0.0861-0.05580.5004-0.03070.4552-0.1055-17.33-39.2343
171.8188-0.9384-0.0111.41310.14731.04880.06670.36290.3844-0.353-0.0174-0.4272-0.33880.361-0.03010.4715-0.13510.07320.45280.03180.3645-17.7004-2.1816-65.5314
181.5857-0.9783-0.00723.5456-1.00563.6933-0.08070.17420.0477-0.07140.0184-0.271-0.19850.26450.02530.2218-0.0415-0.00310.2235-0.01590.1919-25.7446-15.5042-52.0114
196.56683.0441-4.2246.63552.37648.7065-1.09983.22370.3396-3.6731.45282.94022.0804-2.6193-0.46111.1435-0.377-0.23991.29340.03590.9374-43.847-33.5288-50.6637
201.6443-0.053-1.21622.41850.41792.35520.16330.0978-0.42270.076-0.0435-0.14870.28170.0796-0.1180.31330.0268-0.09610.2847-0.04550.3393-25.7331-32.5678-48.9715
212.0845-1.6667-0.64296.12124.85534.1145-0.2616-0.73790.0811.4818-0.14620.56790.4498-0.34210.4681.3233-0.06090.2010.60110.12140.706-38.5742-29.1992-27.0218
223.232-1.46492.88285.18681.19883.95750.2758-0.48810.19840.1081-0.15610.2465-0.8301-0.734-0.1350.98180.1838-0.05810.81950.14540.772-45.877328.7081-61.158
237.9219-4.181.77715.5549-0.16621.91320.45981.08570.4671-0.7326-0.4643-0.186-0.5521-0.3099-0.00161.05420.0002-0.17910.590.1120.4725-33.887123.1382-68.7441
247.2684-1.647-0.48316.59366.57667.08080.3438-0.1039-0.9618-0.143-0.24890.6029-0.7202-0.5782-0.12120.69040.0579-0.09770.46140.14580.5151-39.561921.3259-61.1638
254.6137-2.95542.0228.19351.67225.303-0.3273-0.21790.4445-0.0112-0.02460.052-1.073-0.35360.46850.9228-0.0559-0.0920.40420.03420.473-30.479225.0218-57.124
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 92 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 93 through 301 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 302 through 466 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 467 through 742 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 69 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 70 through 78 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 79 through 112 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 113 through 161 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 162 through 179 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 81 through 85 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 86 through 99 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 100 through 110 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 111 through 125 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 7 through 72 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 73 through 285 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 286 through 402 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 403 through 740 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 2 through 69 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 70 through 78 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 79 through 161 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 162 through 178 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'G' and (resid 81 through 85 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'G' and (resid 86 through 99 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'G' and (resid 100 through 110 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'G' and (resid 111 through 125 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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