PDB-5nnp: Structure of Naa15/Naa10 bound to HypK-THB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nnp

タイトル

Structure of Naa15/Naa10 bound to HypK-THB

要素

(Putative uncharacterized ...) x 2
N-terminal acetyltransferase-like protein
Ser-Glu-Ser-Ser

キーワード

TRANSFERASE / N-acetylation / NATs / Naa15 / Naa10 / HypK / NatA / Nat1 / Ard1 / bisubstrate analogue

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-N-terminal-glutamate acetyltransferase activity / NatA complex / protein N-terminal-serine acetyltransferase activity / transferase activity / protein stabilization / negative regulation of apoptotic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum (菌類)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.602 Å

データ登録者

Weyer, F.A. / Gumiero, A. / Kopp, J. / Sinning, I.

資金援助

ドイツ, 3件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structural basis of HypK regulating N-terminal acetylation by the NatA complex.
著者: Weyer, F.A. / Gumiero, A. / Lapouge, K. / Bange, G. / Kopp, J. / Sinning, I.

履歴

登録	2017年4月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nnp.cif.gz	751.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nnp.ent.gz	618 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nnp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5nnp_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5nnp_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5nnp_validation.xml.gz	70.1 KB	表示
CIF形式データ	5nnp_validation.cif.gz	95.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/5nnp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/5nnp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nnrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5nnr-1 1h38-1 5ftu-1 6gvi-d 5nnr-2 6gvg-d 2zv3-d 6gvf-d 5ftu-3 4ncf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (3) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (2)

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「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (4)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
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#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (4)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (3)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (2)

登録構造単位

A: N-terminal acetyltransferase-like protein

B: Putative uncharacterized protein

C: Putative uncharacterized protein

E: N-terminal acetyltransferase-like protein

F: Putative uncharacterized protein

G: Putative uncharacterized protein

I: Ser-Glu-Ser-Ser

L: Ser-Glu-Ser-Ser

ヘテロ分子

233 kDa, 8 ポリマー
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1

A: N-terminal acetyltransferase-like protein

B: Putative uncharacterized protein

C: Putative uncharacterized protein

I: Ser-Glu-Ser-Ser

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, isothermal titration calorimetry, light scattering
117 kDa, 4 ポリマー
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2

E: N-terminal acetyltransferase-like protein

F: Putative uncharacterized protein

G: Putative uncharacterized protein

L: Ser-Glu-Ser-Ser

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, isothermal titration calorimetry, light scattering
117 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	93.319, 106.041, 130.937
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.98, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
Putative uncharacterized ... , 2種, 4分子 BFCG

#2: タンパク質	Putative uncharacterized protein 分子量: 22440.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0063490 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SEE8
#3: タンパク質	Putative uncharacterized protein 分子量: 6593.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0058830 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SCY6

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 AEIL

#1: タンパク質	N-terminal acetyltransferase-like protein 分子量: 84913.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0031530 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S4M4
#4: タンパク質・ペプチド	Ser-Glu-Ser-Ser 分子量: 408.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 476分子

#5: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#7: 化合物	ChemComp-CMC / CARBOXYMETHYL COENZYME A 分子量: 825.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₈P₃S / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.42 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Tris pH 8.5 25 % PEG 3350 protein at 15 mg/ml concentration

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→49.321 Å / Num. obs: 77910 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.9 % / R_pim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 6.5 % / Num. unique obs: 7407 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.602→49.321 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.87

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2199	3925	5.04 %
R_work	0.161	-	-
obs	0.164	77880	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.602→49.321 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14467	0	182	443	15092

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	14926
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.967	20098
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.799	5629
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	2153
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2550

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6021-2.6339	0.3174	122	0.2522	2422	X-RAY DIFFRACTION	93
2.6339-2.6672	0.3295	146	0.2465	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6672-2.7023	0.3284	144	0.238	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7023-2.7393	0.3059	156	0.2342	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7393-2.7784	0.2853	145	0.2135	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7784-2.8199	0.2874	133	0.2201	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8199-2.864	0.2794	120	0.2113	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.864-2.9109	0.2853	148	0.2106	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9109-2.9611	0.3048	132	0.2125	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9611-3.015	0.2539	141	0.1967	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
3.015-3.0729	0.2169	121	0.1899	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0729-3.1356	0.2553	143	0.1953	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1356-3.2038	0.2453	139	0.1915	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2038-3.2783	0.2653	153	0.1824	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2783-3.3603	0.2324	155	0.1786	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3603-3.4511	0.2478	156	0.169	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4511-3.5527	0.2147	131	0.1676	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5527-3.6673	0.2294	144	0.1601	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6673-3.7983	0.1901	135	0.1554	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7983-3.9503	0.2214	170	0.1444	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9503-4.13	0.1964	133	0.1316	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
4.13-4.3477	0.1892	131	0.127	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3477-4.6199	0.1589	140	0.1205	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6199-4.9763	0.1762	149	0.1213	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9763-5.4764	0.2066	149	0.1446	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4764-6.2675	0.2118	133	0.16	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2675-7.8912	0.167	135	0.1379	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
7.8912-49.321	0.1694	121	0.1261	2761	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.6942	1.9561	-1.9467	3.1846	-0.4317	5.0321	-0.3746	0.151	-1.3551	0.2442	0.0648	0.7298	0.9738	-1.0385	0.3724	0.5225	-0.0687	0.1278	0.5319	0.0326	0.8675	-18.4462	25.6475	15.0749
2	1.2277	-0.2878	-0.6268	1.1272	0.7041	1.8495	-0.0407	-0.0387	0.1409	-0.0027	0.245	-0.2665	-0.1026	0.4683	-0.2354	0.2636	-0.0715	-0.0445	0.326	-0.052	0.3572	25.1621	23.9364	0.276
3	5.6316	0.0425	-1.2283	1.1707	0.3209	2.7458	0.1368	0.2305	0.1586	-0.3887	-0.0712	-0.1315	-0.2806	0.1789	-0.0745	0.3792	-0.0171	0.0309	0.3279	-0.0162	0.2456	16.5602	12.5253	-39.8048
4	1.334	0.1273	0.3999	2.3167	0.887	1.776	0.0106	0.2355	0.329	-0.4829	-0.1277	0.3047	-0.5733	-0.2796	0.0892	0.436	0.1215	0.0291	0.3696	0.0198	0.3722	-0.1214	36.1524	-18.4745
5	2.4433	-0.6222	0.07	4.583	1.2624	1.9105	0.1461	0.1751	0.1386	-0.3013	-0.0174	-0.0718	-0.0595	-0.043	-0.1139	0.2225	0.0232	0.0189	0.2936	-0.0133	0.2624	13.6748	16.8676	-14.3369
6	4.8206	-5.0644	5.0911	5.5186	-6.2272	9.3436	-0.5198	-2.2158	-2.6898	2.7471	1.3058	3.682	1.1714	-1.6492	-0.7203	1.1365	0.1448	0.2056	0.9895	0.2621	1.2068	14.6182	-1.3928	3.6274
7	0.6203	-0.1557	2.0074	1.4634	-0.4146	6.7788	0.0585	0.1115	-0.1945	-0.0344	0.1224	-0.0269	-0.0307	0.2201	-0.17	0.2409	-0.0066	0.0001	0.3334	-0.029	0.3127	20.3228	6.562	-15.0387
8	5.7182	0.7725	2.3448	3.663	0.1537	1.3541	0.1167	0.0273	-0.2716	0.0272	-0.0041	-0.0719	0.4629	-0.1263	-0.1862	0.3141	-0.0423	0.0151	0.2783	-0.0303	0.2636	13.5694	-4.9544	-14.1834
9	7.091	3.7351	2.3042	5.8438	2.1073	6.0295	0.612	-0.0945	-0.0028	0.7391	-0.2254	-2.0195	-0.3161	1.4589	-0.3829	0.7078	0.0205	-0.2342	0.6931	-0.0501	1.3284	38.4199	3.085	-1.1645
10	1.4117	2.6392	1.4699	8.1012	4.8366	3.8623	0.2349	-0.1336	-0.242	0.7263	-0.0073	-0.2651	-0.4213	1.0948	-0.2331	0.7422	0.0911	0.0126	0.7028	-0.046	0.6044	4.523	61.9992	4.7186
11	1.8679	-0.51	-0.9033	7.1593	5.3473	4.1329	0.0866	-0.3702	0.5299	-0.5449	-0.6189	0.7043	-0.3062	-0.6722	0.5612	0.5031	0.1215	0.0873	0.5161	-0.0467	0.6391	-2.975	55.8465	-7.0314
12	4.9588	5.8309	-0.6169	7.1898	0.925	8.4537	0.1166	-0.3638	0.2753	0.6932	0.0983	-0.738	0.3578	-0.0008	-0.2551	0.5234	0.1713	0.0577	0.4098	-0.0061	0.5724	4.4237	54.156	-0.9283
13	5.6642	2.0309	-1.1527	6.7004	3.8007	5.7936	0.1622	-0.2138	0.2253	0.0184	0.0141	0.1542	-0.4689	0.4012	-0.1976	0.5445	0.0182	0.1545	0.3245	0.0426	0.6674	8.8595	57.5829	-9.9539
14	2.6865	-0.8952	-0.6358	4.332	1.9799	3.6243	0.1427	0.62	-1.0894	-0.9383	0.2968	0.7163	2.0746	0.352	-0.3707	1.7099	0.0548	-0.4532	0.804	-0.0199	0.8485	-56.4568	-8.5527	-86.3955
15	2.0466	-0.5765	1.2826	1.4089	-0.983	1.7205	-0.0727	-0.2239	0.0805	0.0344	0.1105	0.1529	-0.1785	-0.1859	-0.0317	0.2961	0.0164	0.0336	0.2185	-0.0459	0.2372	-43.6077	-6.6203	-44.754
16	3.2542	-0.4719	-0.8103	2.7524	0.4537	5.0131	-0.0646	0.2922	-0.107	-0.0598	0.083	-0.6059	-0.1139	0.8537	-0.066	0.2674	-0.0861	-0.0558	0.5004	-0.0307	0.4552	-0.1055	-17.33	-39.2343
17	1.8188	-0.9384	-0.011	1.4131	0.1473	1.0488	0.0667	0.3629	0.3844	-0.353	-0.0174	-0.4272	-0.3388	0.361	-0.0301	0.4715	-0.1351	0.0732	0.4528	0.0318	0.3645	-17.7004	-2.1816	-65.5314
18	1.5857	-0.9783	-0.0072	3.5456	-1.0056	3.6933	-0.0807	0.1742	0.0477	-0.0714	0.0184	-0.271	-0.1985	0.2645	0.0253	0.2218	-0.0415	-0.0031	0.2235	-0.0159	0.1919	-25.7446	-15.5042	-52.0114
19	6.5668	3.0441	-4.224	6.6355	2.3764	8.7065	-1.0998	3.2237	0.3396	-3.673	1.4528	2.9402	2.0804	-2.6193	-0.4611	1.1435	-0.377	-0.2399	1.2934	0.0359	0.9374	-43.847	-33.5288	-50.6637
20	1.6443	-0.053	-1.2162	2.4185	0.4179	2.3552	0.1633	0.0978	-0.4227	0.076	-0.0435	-0.1487	0.2817	0.0796	-0.118	0.3133	0.0268	-0.0961	0.2847	-0.0455	0.3393	-25.7331	-32.5678	-48.9715
21	2.0845	-1.6667	-0.6429	6.1212	4.8553	4.1145	-0.2616	-0.7379	0.081	1.4818	-0.1462	0.5679	0.4498	-0.3421	0.468	1.3233	-0.0609	0.201	0.6011	0.1214	0.706	-38.5742	-29.1992	-27.0218
22	3.232	-1.4649	2.8828	5.1868	1.1988	3.9575	0.2758	-0.4881	0.1984	0.1081	-0.1561	0.2465	-0.8301	-0.734	-0.135	0.9818	0.1838	-0.0581	0.8195	0.1454	0.772	-45.8773	28.7081	-61.158
23	7.9219	-4.18	1.7771	5.5549	-0.1662	1.9132	0.4598	1.0857	0.4671	-0.7326	-0.4643	-0.186	-0.5521	-0.3099	-0.0016	1.0542	0.0002	-0.1791	0.59	0.112	0.4725	-33.8871	23.1382	-68.7441
24	7.2684	-1.647	-0.4831	6.5936	6.5766	7.0808	0.3438	-0.1039	-0.9618	-0.143	-0.2489	0.6029	-0.7202	-0.5782	-0.1212	0.6904	0.0579	-0.0977	0.4614	0.1458	0.5151	-39.5619	21.3259	-61.1638
25	4.6137	-2.9554	2.022	8.1935	1.6722	5.303	-0.3273	-0.2179	0.4445	-0.0112	-0.0246	0.052	-1.073	-0.3536	0.4685	0.9228	-0.0559	-0.092	0.4042	0.0342	0.473	-30.4792	25.0218	-57.124

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 92 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 93 through 301 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 302 through 466 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 467 through 742 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 69 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 70 through 78 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 79 through 112 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 113 through 161 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 162 through 179 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 81 through 85 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 86 through 99 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 100 through 110 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 111 through 125 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 7 through 72 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 73 through 285 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'E' and (resid 286 through 402 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 403 through 740 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resid 2 through 69 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 70 through 78 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 79 through 161 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 162 through 178 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'G' and (resid 81 through 85 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'G' and (resid 86 through 99 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'G' and (resid 100 through 110 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'G' and (resid 111 through 125 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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