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- PDB-5nm8: Structure of PipY, the COG0325 family member of Synechococcus elo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nm8
タイトルStructure of PipY, the COG0325 family member of Synechococcus elongatus PCC7942, with PLP bound
要素PipY
キーワードPLP-binding protein / fold type III PLP-protein / vitamin B6 / pyridoxal phosphate / Schiff base
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxal phosphate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Pyridoxal phosphate homeostasis protein / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Alanine racemase / PLP-binding barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Pyridoxal phosphate homeostasis protein
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Tremino, L. / Forcada-Nadal, A. / Contreras, A. / Rubio, V.
資金援助 スペイン, 3件
組織認可番号国
Spanish GovernmentBFU2014-58229-P スペイン
Spanish GovernmentBES-2012-058304 スペイン
Valencian GovernmentPrometeoII/2014/029 スペイン
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2017
タイトル: Studies on cyanobacterial protein PipY shed light on structure, potential functions, and vitamin B6 -dependent epilepsy.
著者: Tremino, L. / Forcada-Nadal, A. / Contreras, A. / Rubio, V.
履歴
登録2017年4月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.22017年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32017年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PipY
B: PipY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1345
ポリマ－50,6002
非ポリマー5343
水2,918162
1
A: PipY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5472
ポリマ－25,3001
非ポリマー2471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PipY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5873
ポリマ－25,3001
非ポリマー2872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.627, 98.937, 103.737
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PipY


分子量: 25299.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア)
遺伝子: Synpcc7942_2060 / プラスミド: pET-22b(+)-2060 / 詳細 (発現宿主): a pET-22b+ derivative / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q31LH9
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.12 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Hepes-Na pH 7.5 0.2 M Calcium acetate 18% (wt/vol) Polyethylene glycol 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→71.6 Å / Num. obs: 37132 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.6 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 1.93→1.97 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique obs: 2409 / CC1/2: 0.87 / Rpim(I) all: 0.016 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
BUCCANEERモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB file 5NLC, chain A

5nlc


解像度: 1.93→71.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 7.848 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.145 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23821 1754 4.7 %RANDOM
Rwork0.19485 ---
obs0.19694 35318 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 45.399 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.72 Å2-0 Å20 Å2
2---0.63 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.93→71.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3204 0 31 162 3397
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0193315
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023113
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6661.9694516
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99437160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0615430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.8923.359131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.5415523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.291527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2517
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213711
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02660
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6462.9831717
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6422.9821716
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5444.4612142
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5444.4612143
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1553.2321598
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1543.2341599
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.3424.7432373
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.39535.753572
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.36435.523541
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.926→1.976 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 114 -
Rwork0.243 2540 -
obs--98.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.03840.32930.67470.760.63591.77030.0595-0.2032-0.0134-0.0545-0.0442-0.0513-0.0043-0.3459-0.01530.04520.0430.00150.1953-0.02540.0351-26.4769-17.202823.4723
20.77320.22990.48830.35070.32531.5796-0.0056-0.0007-0.1582-0.06420.0991-0.0941-0.2655-0.0489-0.09340.08240.0244-0.00150.0803-0.04350.0681-13.5837-15.91711.8052
30.1202-0.2485-0.16753.64151.36060.5641-0.1747-0.00290.14190.0660.4905-0.58690.12580.162-0.31580.2048-0.0242-0.15760.117-0.06690.20229.78233.773138.552
41.0217-0.26110.93452.11610.72171.3215-0.2836-0.2039-0.19620.6610.4679-0.00750.0339-0.0174-0.18430.35590.16750.03070.1622-0.00340.06520.5898-7.828347.2612
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 76
2X-RAY DIFFRACTION2A77 - 219
3X-RAY DIFFRACTION3B3 - 92
4X-RAY DIFFRACTION4B93 - 217

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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