PDB-5nlc: Structure of PipY, the COG0325 family member of Synechococcus elo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nlc

タイトル

Structure of PipY, the COG0325 family member of Synechococcus elongatus PCC7942,without PLP

要素

PipY

キーワード

PLP-binding protein / modified TIM barrel / fold type III PLP-protein / vitamin B6 / pyridoxal phosphate

機能・相同性

機能・相同性情報

pyridoxal phosphate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechococcus elongatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Tremino, L. / Forcada-Nadal, A. / Contreras, A. / Rubio, V.

資金援助

スペイン, 3件

引用

ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2017
タイトル: Studies on cyanobacterial protein PipY shed light on structure, potential functions, and vitamin B6 -dependent epilepsy.
著者: Tremino, L. / Forcada-Nadal, A. / Contreras, A. / Rubio, V.

履歴

登録	2017年4月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 2.0	2018年5月2日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Polymer sequence / Refinement description カテゴリ: entity_poly / pdbx_audit_support ...entity_poly / pdbx_audit_support / refine / reflns / reflns_shell Item: _entity_poly.pdbx_target_identifier / _refine.pdbx_starting_model ..._entity_poly.pdbx_target_identifier / _refine.pdbx_starting_model / _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all
改定 2.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nlc.cif.gz	185.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nlc.ent.gz	146.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nlc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/5nlc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/5nlc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nm8C 1w8gS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lhe-d 3wjx-d 5nm8-1 3nq2-2 3wjz-d 3r5m-1 5mmw-d 1rv9-d 4cpe-d 3npv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PipY

B: PipY

ヘテロ分子

50.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PipY

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, PISA SERVER ANALYSIS OF THE ASYMMETRIC UNIT SUPPORTED THE MONOMERIC NATURE OF THE ASSEMBLY
25.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PipY

登録者が定義した集合体
25.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.618, 41.778, 77.761
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.15, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	PipY 分子量: 25299.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The sequence provided has a C-terminal His6 tag 由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア) 遺伝子: Synpcc7942_2060 / プラスミド: pET-22b(+)-2060 / 詳細 (発現宿主): a pET-22b+ derivative / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q31LH9
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.73 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5 0.2 M Magnesium chloride 25% (wt/vol) Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→44.61 Å / Num. obs: 32801 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.045 / R_pim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 20.6
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 2072 / CC_1/2: 0.935 / R_pim(I) all: 0.17 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1w8g

1w8g

解像度: 1.9→44.61 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 6.08 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.139

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20744	1632	5 %	RANDOM
R_work	0.15719	-	-	-
obs	0.15963	31157	99.56 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.196 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.11 Å²	-0 Å²	-0.38 Å²
2-	-	0.59 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.9→44.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3313	0	5	375	3693

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	3423
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3253
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.835	1.963	4664
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.043	3	7528
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.176	5	441
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.075	24.04	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.137	15	578
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.04	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	529
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	3828
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	672
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.111	1.544	1734
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.105	1.542	1733
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.784	2.308	2167
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.785	2.309	2168
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.7	1.81	1689
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.687	1.799	1686
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.73	2.605	2486
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.98	19.483	3790
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.819	18.668	3689
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.235	117	-
R_work	0.2	2237	-
obs	-	-	99.07 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1726	0.4134	-1.0046	0.5948	-0.9975	4.0487	-0.022	0.1051	-0.0329	0.0005	0.1354	-0.0156	0.0828	-0.3683	-0.1134	0.0079	-0.0081	-0.0032	0.1753	0.035	0.0354	-4.634	-10.619	37.389
2	1.1757	0.3018	0.0502	0.3638	-0.4462	0.7554	0.0133	-0.071	0.0133	0.0359	0.0051	0.0132	-0.0685	0.0021	-0.0184	0.0455	-0.0068	-0.0127	0.1489	-0.0197	0.0309	13.738	0.605	35.924
3	6.9871	-3.0724	-0.0826	1.7729	-0.0826	1.2293	-0.0479	0.0695	0.1672	-0.0578	0.0439	-0.0522	-0.0473	0.1548	0.0039	0.0266	-0.024	0.0083	0.1485	-0.0068	0.0344	7.952	1.455	19.383
4	0.9699	-0.0277	-0.5893	1.4033	-0.4593	3.4518	0.0515	-0.0185	-0.1166	-0.0122	0.0832	0.0855	-0.0438	-0.1911	-0.1347	0.0117	-0.0095	-0.0093	0.1616	0.0184	0.0384	-1.396	-3.943	27.911
5	1.1465	-1.1228	-0.706	1.7001	-0.245	5.7919	0.1283	0.0071	0.0187	0.1615	0.1981	-0.0972	-0.1704	0.4427	-0.3263	0.1885	0.1155	-0.069	0.2513	-0.1154	0.0633	-7.555	-8.295	4.979
6	3.6893	-1.9006	-0.2779	1.722	0.7336	0.7169	0.1607	0.3838	0.0558	-0.0659	-0.115	-0.0402	-0.0832	0.0236	-0.0457	0.0418	0.0347	0.0104	0.1999	-0.0021	0.0111	-19.784	-3.475	-3.982
7	0.5678	0.7065	1.1556	2.3247	1.4846	2.7907	0.0192	-0.0531	0.0113	-0.0558	-0.0076	0.0603	-0.0263	-0.1155	-0.0115	0.0157	0.0083	-0.002	0.1793	0.0121	0.0311	-32.143	0.362	6.759
8	1.3159	0.5659	0.2618	0.4882	0.6453	1.216	0.0359	0.0521	0.0306	0.0642	0.0381	-0.0234	0.1055	0.0237	-0.0741	0.0356	0.0119	-0.0086	0.1584	-0.0093	0.0372	-19.228	-2.069	15.522

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 45
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	46 - 153
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	154 - 186
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	187 - 218
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	3 - 32
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	33 - 96
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	97 - 150
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	151 - 217

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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