PDB-5lhe: Phosphoribosyl anthranilate isomerase from Thermococcus kodakaraensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lhe

タイトル

Phosphoribosyl anthranilate isomerase from Thermococcus kodakaraensis

要素

N-(5'-phosphoribosyl)anthranilate isomerase

キーワード

ISOMERASE / tryptophan biosynthesis / TIM barrel / protein stability

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoribosylanthranilate isomerase / phosphoribosylanthranilate isomerase activity / L-tryptophan biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermococcus kodakarensis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Perveen, S. / Rashid, N. / Papageorgiou, A.C.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of a phosphoribosyl anthranilate isomerase from the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakaraensis.
著者: Perveen, S. / Rashid, N. / Papageorgiou, A.C.

履歴

登録	2016年7月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月28日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lhe.cif.gz	99.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lhe.ent.gz	75.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lhe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/5lhe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/5lhe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lhfC 4aajS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lhf-2 5nlc-1 5lhf-1 3wjx-d 5nlc-2 4n2y-6 5nm8-1 4n2y-3 3wjz-d 3nq2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: N-(5'-phosphoribosyl)anthranilate isomerase

ヘテロ分子

23 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.696, 29.096, 83.946
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.16, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-302- NA
2	1	A-424- HOH

#1: タンパク質	N-(5'-phosphoribosyl)anthranilate isomerase / PRAI 分子量: 22948.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HYPERTHERMOPHILE 由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌) 遺伝子: trpF, TK0256 / プラスミド: TKtRPf-pET-28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9YGB1, phosphoribosylanthranilate isomerase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.95 % / 解説: Rods
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8, 0.2 M Sodium Formate, 12% PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96598 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.96598 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→38.31 Å / Num. obs: 15362 / % possible obs: 89.8 % / 冗長度: 2.6 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 7.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.85-1.89	2.5	0.414	0.74	1	87.8
8.92-38.31	2.8	0.043	0.996	1	91.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
Aimless	0.5.1	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4aaj

4aaj

解像度: 1.85→24.72 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2622	754	4.92 %
R_work	0.2192	-	-
obs	0.2215	15340	89.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→24.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1608	0	2	182	1792

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1640
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.128	2219
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.719	625
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	255
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	286

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.9928	0.3029	127	0.2519	2822	X-RAY DIFFRACTION	88
1.9928-2.1932	0.3368	142	0.2446	2846	X-RAY DIFFRACTION	88
2.1932-2.5103	0.3417	149	0.2452	2899	X-RAY DIFFRACTION	90
2.5103-3.1617	0.2999	158	0.2362	2969	X-RAY DIFFRACTION	91
3.1617-24.7225	0.2016	178	0.1896	3050	X-RAY DIFFRACTION	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5547	-0.1311	0.0387	1.4026	-0.3489	0.8872	0.0325	-0.1814	-0.0575	-0.2717	0.2702	0.2476	0.1104	-0.339	-0.0736	0.1495	-0.0632	-0.0554	0.2092	0.0684	0.1977	97.8051	21.5467	8.801
2	3.8338	2.2722	-2.3096	6.5576	-3.5264	5.2103	-0.1202	0.0012	0.0509	-0.5338	-0.1376	-0.3814	0.3256	0.1755	-0.0714	0.1721	-0.0317	0.0284	0.1647	-0.0383	0.1687	107.2581	16.9867	3.6473
3	1.2765	0.3408	-0.4269	1.5402	0.4807	1.5297	0.2601	0.0736	0.1244	-0.3574	-0.147	-0.4906	-0.1679	0.036	-0.0351	0.1199	-0.0106	0.0201	0.1248	0.0371	0.2059	109.8207	26.0226	7.5998
4	1.243	0.2402	-0.6963	0.3123	-0.2553	1.4655	0.186	-0.119	0.1915	0.2674	-0.1534	-0.2562	-0.3657	0.0339	0.0105	0.1773	-0.0332	-0.0347	0.137	0.0095	0.239	112.8949	28.9212	18.5957
5	0.8839	0.341	0.2653	0.398	0.5929	0.9915	0.2518	-0.5302	-0.5532	0.1038	-0.0442	-0.3896	0.6413	0.6112	-0.0652	0.5698	0.0139	-0.0961	0.3395	0.0577	0.3507	104.8289	18.5574	39.6037
6	1.2611	0.6316	-0.0741	0.9865	0.3202	1.5198	0.2103	-0.4724	-0.1291	0.3247	-0.0019	-0.0921	0.018	0.2864	0.0122	0.3413	-0.1451	-0.0913	0.3158	-0.033	0.0753	107.6728	28.6811	28.4491
7	0.4659	-0.0193	0.185	1.4971	-0.1458	1.3547	0.0183	-0.0138	0.0221	0.3904	0.0898	0.4065	0.0198	-0.3741	-0.0393	0.2435	-0.075	0.0552	0.2248	-0.0167	0.149	93.63	19.5211	23.4727
8	1.9997	0.6867	0.116	0.274	0.251	1.196	0.082	-0.0837	0.5975	-0.0423	-0.0777	0.2787	-0.2369	-0.2517	-0.2557	0.0377	-0.059	0.1484	0.2877	0.1656	0.8458	83.9856	24.9881	18.1924

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:34)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 35:45)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 46:78)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 79:107)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 108:115)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 116:135)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 136:201)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 202:208)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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