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万見
- PDB-5nkx: HRSV M2-1 core domain, P3221 crystal form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nkx
タイトルHRSV M2-1 core domain, P3221 crystal form
要素M2-1
キーワードVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of viral transcription / symbiont-mediated activation of host NF-kappaB cascade / viral transcription / transcription antitermination / virion component / structural constituent of virion / host cell cytoplasm / host cell nucleus / RNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Pneumovirus matrix protein 2 (M2), zinc-binding domain / Pneumovirus matrix 2-1 / Pneumovirus matrix protein 2 (M2) / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human respiratory syncytial virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.00008687185 Å
データ登録者Almeida Hernandez, Y. / Josts, I. / Molina, I.G. / de Pray-Gay, G. / Tidow, H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: Structure and stability of the Human respiratory syncytial virus M RNA-binding core domain reveals a compact and cooperative folding unit.
著者: Ivana G Molina / Inokentijs Josts / Yasser Almeida Hernandez / Sebastian Esperante / Mariano Salgueiro / Maria M Garcia Alai / Gonzalo de Prat-Gay / Henning Tidow /
要旨: Human syncytial respiratory virus is a nonsegmented negative-strand RNA virus with serious implications for respiratory disease in infants, and has recently been reclassified into a new family, ...Human syncytial respiratory virus is a nonsegmented negative-strand RNA virus with serious implications for respiratory disease in infants, and has recently been reclassified into a new family, Pneumoviridae. One of the main reasons for this classification is the unique presence of a transcriptional antiterminator, called M. The puzzling mechanism of action of M, which is a rarity among antiterminators in viruses and is part of the RNA polymerase complex, relies on dissecting the structure and function of this multidomain tetramer. The RNA-binding activity is located in a monomeric globular `core' domain, a high-resolution crystal structure of which is now presented. The structure reveals a compact domain which is superimposable on the full-length M tetramer, with additional electron density for the C-terminal tail that was not observed in the previous models. Moreover, its folding stability was determined through chemical denaturation, which shows that the secondary and tertiary structure unfold concomitantly, which is indicative of a two-state equilibrium. These results constitute a further step in the understanding of this unique RNA-binding domain, for which there is no sequence or structural counterpart outside this virus family, in addition to its implications in transcription regulation and its likeliness as an antiviral target.
履歴
登録2017年4月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: M2-1
B: M2-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3612
ポリマ－25,3612
非ポリマー00
水3,405189
1
A: M2-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6811
ポリマ－12,6811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: M2-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6811
ポリマ－12,6811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.949, 91.949, 97.799
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-289-

HOH

21B-291-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 M2-1 / Matrix protein 2-1 / Transcription elongation factor M2-1


分子量: 12680.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus (ウイルス)
遺伝子: M2-1, M2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4KRW3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.86 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.4M SODIUM MALONATE

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.03321 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03321 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→48.9 Å / Num. obs: 52178 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 36.0833907196 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 1.7→8.97 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4C3E

4c3e


解像度: 2.00008687185→45.9745 Å / SU ML: 0.258524136178 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34056912212 / 位相誤差: 24.0263873939
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228983235859 1641 5.01282991202 %
Rwork0.189825351995 31095 -
obs0.191709571525 32736 99.9969453524 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.914782771 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.00008687185→45.9745 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1646 0 0 189 1835
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002748127766161683
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5333230104362280
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0384091766767290
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00261089408136286
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.026576536041472
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0001-2.05890.3343387386531290.3602851329012541X-RAY DIFFRACTION100
2.0589-2.12540.3675754906821690.3279378354672524X-RAY DIFFRACTION100
2.1254-2.20140.3338819228481270.2925829855252560X-RAY DIFFRACTION100
2.2014-2.28950.2912627803241280.268512112162568X-RAY DIFFRACTION100
2.2895-2.39370.2774489640461600.2454597075282545X-RAY DIFFRACTION100
2.3937-2.51990.2729906160431430.2314047534882559X-RAY DIFFRACTION100
2.5199-2.67770.2761220586381220.2253239189212586X-RAY DIFFRACTION100
2.6777-2.88450.2634584322811340.2042611823142608X-RAY DIFFRACTION100
2.8845-3.17470.2046899136281190.1874735415962614X-RAY DIFFRACTION100
3.1747-3.63390.197018268331280.1623512737592616X-RAY DIFFRACTION100
3.6339-4.57770.1825704325511240.1338343647932641X-RAY DIFFRACTION99.9638467101
4.5777-45.98660.1943222013931580.1588676621842733X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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