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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5nk8 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Ephrin A2 (EphA2) Receptor Protein Kinase with Compound 2f | ||||||
要素 | Ephrin type-A receptor 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Inhibitor / Complex / Protein Tyrosine Kinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 notochord cell development / notochord formation / lens fiber cell morphogenesis / blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of lymphangiogenesis / axial mesoderm formation / pericyte cell differentiation / cAMP metabolic process / positive regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of blood vessel endothelial cell migration ...notochord cell development / notochord formation / lens fiber cell morphogenesis / blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of lymphangiogenesis / axial mesoderm formation / pericyte cell differentiation / cAMP metabolic process / positive regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of blood vessel endothelial cell migration / ephrin receptor activity / leading edge membrane / negative regulation of chemokine production / post-anal tail morphogenesis / bone remodeling / response to growth factor / activation of GTPase activity / tight junction / regulation of lamellipodium assembly / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / EPH-Ephrin signaling / neural tube development / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / mammary gland epithelial cell proliferation / RHOV GTPase cycle / EPHA-mediated growth cone collapse / growth factor binding / regulation of cell adhesion mediated by integrin / lamellipodium membrane / RHOU GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / ephrin receptor signaling pathway / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / vasculogenesis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / regulation of angiogenesis / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / negative regulation of angiogenesis / keratinocyte differentiation / RAC1 GTPase cycle / positive regulation of protein localization to plasma membrane / osteoclast differentiation / cell chemotaxis / skeletal system development / molecular function activator activity / protein localization to plasma membrane / cell motility / receptor protein-tyrosine kinase / ruffle membrane / neuron differentiation / osteoblast differentiation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / virus receptor activity / cell migration / lamellipodium / receptor complex / cell adhesion / positive regulation of cell migration / defense response to Gram-positive bacterium / cadherin binding / inflammatory response / focal adhesion / cell surface / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.761 Å | ||||||
データ登録者 | Kudlinzki, D. / Linhard, V.L. / Witt, K. / Gande, S.L. / Saxena, K. / Heinzlmeir, S. / Medard, G. / Kuester, B. / Schwalbe, H. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: ChemMedChem / 年: 2017 タイトル: Chemoproteomics-Aided Medicinal Chemistry for the Discovery of EPHA2 Inhibitors. 著者: Heinzlmeir, S. / Lohse, J. / Treiber, T. / Kudlinzki, D. / Linhard, V. / Gande, S.L. / Sreeramulu, S. / Saxena, K. / Liu, X. / Wilhelm, M. / Schwalbe, H. / Kuster, B. / Medard, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5nk8.cif.gz | 75.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5nk8.ent.gz | 54.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5nk8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/5nk8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/5nk8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5njzC 5nk0C 5nk1C 5nk2C 5nk3C 5nk4C 5nk5C 5nk6C 5nk7C 5nk9C 5nkaC 5nkbC 5nkcC 5nkdC 5nkeC 5nkfC 5nkgC 5nkhC 5nkiC 5i9uS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34462.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPHA2, ECK 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P29317, receptor protein-tyrosine kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-90Z / ~{ |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.23 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 37.5% MPD/PEG1000/PEG3350 (MD), 0.075 M Carboxylic Acids Mix (MD), 0.1 M Buffer System 3 (MD) pH8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97625 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.761→39.197 Å / Num. obs: 25323 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.82 % / Biso Wilson estimate: 27.09 Å2 / Rrim(I) all: 0.129 / Net I/σ(I): 12.09 |
反射 シェル | 解像度: 1.761→1.87 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.78 / Rrim(I) all: 0.99 / % possible all: 91.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5I9U 解像度: 1.761→39.197 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 22.93
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.761→39.197 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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