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- PDB-5njd: Structure of Interleukin 23 in complex with Briakinumab FAb -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5njd
タイトルStructure of Interleukin 23 in complex with Briakinumab FAb
要素
  • (Briakinumab FAb ...) x 2
  • Interleukin-12 subunit beta
  • Interleukin-23 subunit alpha
キーワードIMMUNE SYSTEM / antagonist / antibody / extracellular region
機能・相同性
機能・相同性情報


late endosome lumen / interleukin-23 receptor binding / interleukin-12 alpha subunit binding / interleukin-12 complex / interleukin-23 complex / natural killer cell activation involved in immune response / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of natural killer cell activation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis ...late endosome lumen / interleukin-23 receptor binding / interleukin-12 alpha subunit binding / interleukin-12 complex / interleukin-23 complex / natural killer cell activation involved in immune response / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of natural killer cell activation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of lymphocyte proliferation / positive regulation of tissue remodeling / tissue remodeling / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of NK T cell activation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / sexual reproduction / positive regulation of mononuclear cell proliferation / interleukin-12 receptor binding / T-helper cell differentiation / positive regulation of memory T cell differentiation / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / interleukin-12-mediated signaling pathway / positive regulation of NK T cell proliferation / positive regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of interleukin-17 production / Interleukin-12 signaling / cytokine receptor activity / cell surface receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of neutrophil chemotaxis / natural killer cell activation / response to UV-B / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / T-helper 1 type immune response / negative regulation of interleukin-10 production / defense response to protozoan / Interleukin-10 signaling / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of protein secretion / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / T cell proliferation / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of defense response to virus by host / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of cell adhesion / regulation of cytokine production / cytokine activity / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to type II interferon / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell migration / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to virus / inflammatory response / endoplasmic reticulum lumen / protein heterodimerization activity / innate immune response / protein-containing complex binding / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-23 alpha / Interleukin 23 subunit alpha / Interleukin-12 beta / Interleukin-12 beta, central domain / : / Cytokine interleukin-12p40 C-terminus / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core ...Interleukin-23 alpha / Interleukin 23 subunit alpha / Interleukin-12 beta / Interleukin-12 beta, central domain / : / Cytokine interleukin-12p40 C-terminus / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-12 subunit beta / Interleukin-23 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Bloch, Y. / Savvides, S.N.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
VLAIO ベルギー
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2018
タイトル: Structural Activation of Pro-inflammatory Human Cytokine IL-23 by Cognate IL-23 Receptor Enables Recruitment of the Shared Receptor IL-12R beta 1.
著者: Bloch, Y. / Bouchareychas, L. / Merceron, R. / Skladanowska, K. / Van den Bossche, L. / Detry, S. / Govindarajan, S. / Elewaut, D. / Haerynck, F. / Dullaers, M. / Adamopoulos, I.E. / Savvides, S.N.
履歴
登録2017年3月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32019年9月18日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / refine_hist / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-12 subunit beta
B: Interleukin-23 subunit alpha
C: Interleukin-12 subunit beta
D: Interleukin-23 subunit alpha
E: Interleukin-12 subunit beta
F: Interleukin-23 subunit alpha
G: Interleukin-12 subunit beta
H: Interleukin-23 subunit alpha
I: Interleukin-12 subunit beta
J: Interleukin-23 subunit alpha
K: Interleukin-12 subunit beta
L: Interleukin-23 subunit alpha
M: Briakinumab FAb Light chain
N: Briakinumab FAb Heavy chain
O: Briakinumab FAb Light chain
P: Briakinumab FAb Heavy chain
Q: Briakinumab FAb Light chain
R: Briakinumab FAb Heavy chain
S: Briakinumab FAb Light chain
T: Briakinumab FAb Heavy chain
U: Briakinumab FAb Light chain
V: Briakinumab FAb Heavy chain
W: Briakinumab FAb Light chain
X: Briakinumab FAb Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)701,05643
ポリマ－694,34224
非ポリマー6,71419
水00
1
A: Interleukin-12 subunit beta
B: Interleukin-23 subunit alpha
U: Briakinumab FAb Light chain
V: Briakinumab FAb Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,8277
ポリマ－115,7244
非ポリマー1,1033
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Interleukin-12 subunit beta
D: Interleukin-23 subunit alpha
Q: Briakinumab FAb Light chain
R: Briakinumab FAb Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,8277
ポリマ－115,7244
非ポリマー1,1033
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Interleukin-12 subunit beta
F: Interleukin-23 subunit alpha
W: Briakinumab FAb Light chain
X: Briakinumab FAb Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,8277
ポリマ－115,7244
非ポリマー1,1033
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Interleukin-12 subunit beta
H: Interleukin-23 subunit alpha
S: Briakinumab FAb Light chain
T: Briakinumab FAb Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,9238
ポリマ－115,7244
非ポリマー1,1994
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: Interleukin-12 subunit beta
J: Interleukin-23 subunit alpha
O: Briakinumab FAb Light chain
P: Briakinumab FAb Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,8277
ポリマ－115,7244
非ポリマー1,1033
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
K: Interleukin-12 subunit beta
L: Interleukin-23 subunit alpha
M: Briakinumab FAb Light chain
N: Briakinumab FAb Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,8277
ポリマ－115,7244
非ポリマー1,1033
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)191.606, 191.606, 519.109
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

-
抗体 , 3種, 18分子 ACEGIKMOQSUWNPRTVX

#1: 抗体
Interleukin-12 subunit beta / IL-12B / Cytotoxic lymphocyte maturation factor 40 kDa subunit / CLMF p40 / IL-12 subunit p40 / NK ...IL-12B / Cytotoxic lymphocyte maturation factor 40 kDa subunit / CLMF p40 / IL-12 subunit p40 / NK cell stimulatory factor chain 2 / NKSF2


分子量: 37212.918 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: First 22 amino acids form the signal peptide. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL12B, NKSF2 / プラスミド: pCDNA4TO / 細胞株 (発現宿主): HEK293S MGAT-/- TETR / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P29460
#3: 抗体
Briakinumab FAb Light chain


分子量: 25925.178 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: first 28 amino acids form the signal peptide / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体
Briakinumab FAb Heavy chain


分子量: 30719.658 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: First 28 amino acids form the signal peptide. Last 41 amino acids are a cloning scar and the purification tag. Last 33 amino acids were removed by thrombin digestion.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 / 非ポリマー , 3種, 25分子 BDFHJL

#2: タンパク質
Interleukin-23 subunit alpha / IL-23-A / Interleukin-23 subunit p19 / IL-23p19


分子量: 21865.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: First 19 amino acids form the signal peptide. Last 9 amino acids are a cloning scar and purification tag.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL23A, SGRF, UNQ2498/PRO5798 / プラスミド: pCDNA4TO / 細胞株 (発現宿主): HEK293S MGAT-/- TETR / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NPF7
#5: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO4

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.87 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 2 M (NH4)2SO4, 100 mM BisTris
Temp details: Molecular Dimensions Cooled Crystallisation Incubators

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.9→95.8 Å / Num. obs: 86556 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 69.81 Å2 / CC1/2: 0.96 / Rrim(I) all: 0.438 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
11.64-94.814.6116.0235490.9950.08595.9
8.26-11.644.9113.7260690.9930.10897.8
6.75-8.265.126.4677480.9660.25598.1
5.85-6.754.993.6191140.8660.4798.7
5.24-5.855.093.22102580.830.53198.8
4.78-5.245.13.12113230.8050.56199.1
4.43-4.785.192.64122900.7490.66999.2
4.14-4.435.171.87131910.5990.91699.3
3.9-4.145.121.18130140.431.37892.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: composite model 4OE8 and homology model for FAb

4oe8
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.9→95.8 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3118 1836 2.12 %
Rwork0.2715 --
obs0.2724 86488 97.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.9→95.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数39015 0 431 0 39446
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00440488
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55255299
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.12124122
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0426318
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046976
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.9048-4.01040.33511220.36045549X-RAY DIFFRACTION84
4.0104-4.12840.36821400.336485X-RAY DIFFRACTION99
4.1284-4.26170.3451420.31766520X-RAY DIFFRACTION99
4.2617-4.4140.33041420.29966523X-RAY DIFFRACTION99
4.414-4.59070.33571410.28946548X-RAY DIFFRACTION99
4.5907-4.79960.27561430.26636541X-RAY DIFFRACTION99
4.7996-5.05270.26731410.26236561X-RAY DIFFRACTION99
5.0527-5.36920.30311420.26216542X-RAY DIFFRACTION99
5.3692-5.78370.32791430.27726578X-RAY DIFFRACTION99
5.7837-6.36560.31621420.28476602X-RAY DIFFRACTION99
6.3656-7.28650.38311430.27586624X-RAY DIFFRACTION98
7.2865-9.1790.27951450.22566678X-RAY DIFFRACTION98
9.179-95.83180.28641500.2336901X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5096-0.0682-0.00324.0824-0.49970.47020.11380.08380.01810.10930.0247-0.0984-0.2777-0.379-0.1320.94040.15080.04251.1986-0.05720.8173-40.490665.963377.2947
28.42642.7207-0.05025.2633-1.0722.1652-0.57560.45130.3522-0.16170.33160.124-0.02010.18890.21740.78690.0796-0.02880.8845-0.13650.8179-33.528633.356575.7071
32.7312-0.5102-1.15961.2847-0.24822.25210.0786-0.046-0.06490.25750.0937-0.2657-0.1402-0.0091-0.0550.64090.1223-0.14110.58810.01510.7949-57.655160.948555.1009
44.2516-0.12321.41143.5061-1.57386.9286-0.225-0.2670.00630.5867-0.12560.5474-0.5570.32210.31250.99680.13110.12240.88670.04951.1682-80.992978.45372.5641
51.4044-1.5334-0.78563.18162.32041.58850.20570.10120.2847-0.59270.062-0.4967-0.3933-0.0625-0.27241.26590.03370.16631.14950.04530.901128.701930.521312.5471
63.8075-1.79081.7943.3823-0.8113.5810.45810.5066-0.2366-0.4017-0.18030.0782-0.5571-0.1596-0.17041.13630.0420.14521.2328-0.06431.03487.674838.864136.5474
72.1244-1.5493-1.73421.67790.9622.0698-0.0029-0.25780.14140.00360.2491-0.4873-0.22510.4109-0.28030.7739-0.21490.03240.8425-0.3261.274733.633956.176469.7149
82.57461.27450.51863.88060.60746.2511-0.0322-0.34120.39750.04750.1038-0.28420.09960.2581-0.1750.8190.00230.08291.1111-0.29261.374151.059634.506251.7971
90.914-0.51260.18733.45730.20750.166-0.049-0.4033-0.13540.46930.2614-0.0169-0.1615-0.093-0.20611.09160.00480.07231.17760.14750.671-13.964224.4564116.4561
103.7091.2218-1.02523.5016-1.50675.85270.3419-0.2697-0.06440.4961-0.1533-0.2389-0.15760.2702-0.261.04360.0347-0.0281.0788-0.17311.0948-6.592655.7624106.6423
110.70280.2195-0.3911.6786-1.24881.3367-0.03760.0490.24130.0483-0.0812-0.8263-0.16830.27660.07250.72550.10760.08190.94910.09391.756324.191-28.866479.6691
121.56560.60521.41672.902-0.8211.796-0.22150.6851-0.0189-1.2578-0.0026-0.34020.45660.3750.33121.5184-0.14690.47171.49120.00961.10777.4226-10.119837.9518
131.0780.58790.41282.0992-0.48382.7065-0.19010.59720.1967-0.5751-0.1832-0.13020.13950.070.37341.0217-0.01220.21681.2033-0.08131.2452-3.1193.53445.8102
142.17480.99231.15891.47450.91712.3714-0.28070.3136-0.1261-0.60330.3048-0.1045-0.0704-0.1036-0.0241.1101-0.12670.04571.01090.18181.0736-24.278611.610564.5209
151.55891.27321.73493.36642.08642.0237-0.0075-0.1958-0.19840.03640.00060.34040.1186-0.26040.0380.8354-0.10070.09191.04610.14331.0646-35.76723.856477.2667
162.03330.11951.16482.5103-0.29661.26390.04550.4750.1306-0.7889-0.02890.05010.16680.08360.00241.0675-0.00010.07620.97480.01780.9023-80.598776.69918.6125
172.12550.08211.04831.2393-0.83641.30340.16140.671-0.3081-0.9962-0.034-0.2440.41460.104-0.26141.60820.02340.09571.3999-0.17251.2516-73.327759.54518.4997
184.5544-0.29571.49551.5621-0.37992.01110.3031-0.0734-0.1468-0.3786-0.28360.26120.4464-0.17560.03491.0551-0.00040.13410.8048-0.08260.9427-12.283733.592651.7323
194.8965-0.31521.02631.0920.38741.33530.2704-0.05930.6581-0.2651-0.2313-0.2161-0.0484-0.05670.03110.8730.02350.08550.86350.09131.0026-12.334351.970254.1617
202.51490.52251.08871.6296-0.19832.2102-0.1345-0.3190.00350.5374-0.0589-0.8731-0.26040.16230.18141.31320.115-0.13461.0425-0.09771.49879.409575.740797.0128
212.70440.9856-0.10220.3542-0.19161.48030.0992-0.77540.88620.3419-0.41520.0538-0.4315-0.26670.33481.48090.0763-0.11921.052-0.30181.2389-4.754186.1819103.4067
222.27330.27240.70032.0292-0.83512.04910.3463-0.328-0.10550.3471-0.4026-0.18940.38460.4720.07641.1838-0.07030.09131.2258-0.00411.138965.30868.688446.8243
233.0669-0.34140.05751.1574-0.88410.71170.07430.49220.12210.0783-0.2392-0.15030.24440.20610.24910.98990.01720.12381.0852-0.16251.127870.549319.558532.0129
245.591-0.18731.31263.9401-2.39223.0795-0.11720.3358-0.40290.27530.0843-0.715-0.09260.13660.0671.0461-0.0474-0.0241.2173-0.15051.1075-1.046-28.4239101.0711
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 23:328) or (chain 'A' and resi 401:405)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 23:328) or (chain 'C' and resi 401:405)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D'
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 23:328) or (chain 'E' and resi 401:405)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F'
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'G' and resid 23:327) or (chain 'G' and resi 401:405)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H'
9X-RAY DIFFRACTION9(chain 'I' and resid 23:328) or (chain 'I' and resi 401:405)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'J'
11X-RAY DIFFRACTION11(chain 'K' and resid 23:328) or (chain 'K' and resi 401:405)
12X-RAY DIFFRACTION12protein and chain 'N'
13X-RAY DIFFRACTION13protein and chain 'M'
14X-RAY DIFFRACTION14protein and chain 'O'
15X-RAY DIFFRACTION15protein and chain 'P'
16X-RAY DIFFRACTION16protein and chain 'Q'
17X-RAY DIFFRACTION17protein and chain 'R'
18X-RAY DIFFRACTION18protein and chain 'S'
19X-RAY DIFFRACTION19protein and chain 'T'
20X-RAY DIFFRACTION20protein and chain 'U'
21X-RAY DIFFRACTION21protein and chain 'V'
22X-RAY DIFFRACTION22protein and chain 'W'
23X-RAY DIFFRACTION23protein and chain 'X'
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'L'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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