PDB-5niq: exendin-4 variant with dual GLP-1 / glucagon receptor activity

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5niq

タイトル

exendin-4 variant with dual GLP-1 / glucagon receptor activity

要素

Exendin-4

キーワード

HORMONE / exendin-4 analogue / dual GLP-1 / glucagon agonist

機能・相同性

機能・相同性情報

hormone activity / regulation of blood pressure / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Heloderma suspectum (爬虫類)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

データ登録者

Evers, A. / Kurz, M.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2017
タイトル: Design of Novel Exendin-Based Dual Glucagon-like Peptide 1 (GLP-1)/Glucagon Receptor Agonists.
著者: Evers, A. / Haack, T. / Lorenz, M. / Bossart, M. / Elvert, R. / Henkel, B. / Stengelin, S. / Kurz, M. / Glien, M. / Dudda, A. / Lorenz, K. / Kadereit, D. / Wagner, M.

履歴

登録	2017年3月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月27日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年5月8日	Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 2.0	2019年9月11日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / pdbx_nmr_representative ...atom_site / pdbx_nmr_representative / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_nmr_representative.conformer_id / _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.dist / _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 / _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num / _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_site.pdbx_num_residues
改定 2.1	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5niq.cif.gz	137.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5niq.ent.gz	115.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5niq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5niq_validation.pdf.gz	515.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5niq_full_validation.pdf.gz	754 KB	表示
XML形式データ	5niq_validation.xml.gz	51.7 KB	表示
CIF形式データ	5niq_validation.cif.gz	37.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/5niq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/5niq	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2ahp-d 1kd9-1 5vte-d 2kit-d 4hu6-2 4dmd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 34119exendin-4 variant with dual GLP-1 / glucagon receptor activity

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (5) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Exendin-4

ヘテロ分子

4.61 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 20	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質・ペプチド	Exendin-4 分子量: 4219.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Heloderma suspectum (爬虫類) / 参照: UniProt: P26349*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-D6M / N-hexadecanoyl-L-glutamic acid / N-ヘキサデカノイル-L-グルタミン酸分子量: 385.538 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₉NO₅

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H COSY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	4	1	isotropic	2	2D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 5 mg/mL Peptid 14, trifluoroethanol/water / Label: Model 1 / 溶媒系: trifluoroethanol/water
試料	濃度: 5 mg/mL / 構成要素: Peptid 14 / Isotopic labeling: none
試料状態	イオン強度: 35mM sodium phosphate M / Ionic strength err: 0.2 / Label: conditions_1 / pH: 5.0 / PH err: 0.05 / 圧: 1 Pa / Pressure err: 0.01 / 温度: 310 K / Temperature err: 0.2

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID	詳細
Bruker 1	Bruker	1	700	1	AVANCE I
Bruker 2	Bruker	2	500	2	AVANCE II

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
TopSpin	3.2	Bruker Biospin	chemical shift assignment
SYBYL	2.1.1	Tripos	structure calculation
CARA	Release: 1.8.4.2	Keller and Wuthrich	chemical shift assignment

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 2

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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