[日本語] English
万見
- PDB-5nip: An i-motif containing the neutral cytidine protonated analogue ps... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nip
タイトルAn i-motif containing the neutral cytidine protonated analogue pseudoisocytidine
要素DNA (5'-D(*TP*(DCP)P*CP*GP*TP*TP*TP*CP*(PSC)P*GP*T)-3')
キーワードDNA
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Mir, B. / Soles, X. / Gonzalez, C. / Escaja, N.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
MINECOBFU2014-52864-R スペイン
MINECOCTQ2014-52658-R スペイン
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: The effect of the neutral cytidine protonated analogue pseudoisocytidine on the stability of i-motif structures.
著者: Mir, B. / Soles, X. / Gonzalez, C. / Escaja, N.
履歴
登録2017年3月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月12日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_representative
改定 2.02019年5月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_poly / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_nmr_software / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.pdbx_auth_atom_name / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 2.12024年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*(DCP)P*CP*GP*TP*TP*TP*CP*(PSC)P*GP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*(DCP)P*CP*GP*TP*TP*TP*CP*(PSC)P*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5822
ポリマ－6,5822
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1090 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area4010 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 10all calculated structures submitted
代表モデル

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*(DCP)P*CP*GP*TP*TP*TP*CP*(PSC)P*GP*T)-3')


分子量: 3291.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験Sample state: isotropic / タイプ: 2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.8 mM DNA (5'-D(*TP*(DCP)P*CP*GP*TP*TP*TP*CP*(PSC)P*GP*T)-3'), 90% H2O/10% D2O
Label: 1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.8 mM
構成要素: DNA (5'-D(*TP*(DCP)P*CP*GP*TP*TP*TP*CP*(PSC)P*GP*T)-3')
Isotopic labeling: none
試料状態詳細: 100 mM NaCl phosphate buffer / イオン強度: 100 mM NaCl Not defined / Label: 1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 278 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software
名称開発者分類
AmberCASE, DARDEN, CHEATHAM III, SIMMERLING, WANG, DUKE, LUO, ... AND KOLLMAN精密化
DYANA構造決定
Sparky構造決定
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る