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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ngw | ||||||
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タイトル | Glycoside hydrolase-like protein | ||||||
![]() | OpGH99A | ||||||
![]() | HYDROLASE / Glycoside hydrolase / Flavobacteria / Marine polysaccharide | ||||||
機能・相同性 | BROMIDE ION / OpGH99A![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Robb, C.S. / Hehemann, J.-H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a marine glycoside hydrolase family 99-related protein lacking catalytic machinery. 著者: Robb, C.S. / Mystkowska, A.A. / Hehemann, J.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 88.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 64.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 419.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 419.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4acyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44226.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: ZP09498382.1 / プラスミド: pET28 / 詳細 (発現宿主): Kanamycin resistance, T7 expression / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-BR / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.83 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM Tris pH 8.0 20 % PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→88.38 Å / Num. obs: 19223 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 13.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.741 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 2761 / CC1/2: 0.86 / Rpim(I) all: 0.25 / Rsym value: 0.783 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4acy 解像度: 2.4→88.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 6.622 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.28 / ESU R Free: 0.213 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.336 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.4→88.38 Å
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拘束条件 |
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