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- PDB-5ngg: Crystal structure of the subclass B3 metallo-beta-lactamase BJP-1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ngg
タイトルCrystal structure of the subclass B3 metallo-beta-lactamase BJP-1 in complex with acetate anion
要素Blr6230 protein
キーワードHYDROLASE / metallo-beta-lactamase / B3 acetate / BJP-1
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Blr6230 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110 (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.18 Å
データ登録者Pozzi, C. / Di Pisa, F. / Benvenuti, M. / Mangani, S.
引用ジャーナル: Inorg.Chim.Acta. / 年: 2017
タイトル: Boric acid and acetate anion binding to subclass B3 metallo-Beta-lactamase BJP-1 provides clues for mechanism of action and inhibitor design
著者: Di Pisa, F. / Pozzi, C. / Benvenuti, M. / Docquier, J.-D. / De Luca, F. / Mangani, S.
履歴
登録2017年3月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / pdbx_related_exp_data_set / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Blr6230 protein
B: Blr6230 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,47610
ポリマ－63,9652
非ポリマー5118
水11,295627
1
A: Blr6230 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2385
ポリマ－31,9831
非ポリマー2554
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Blr6230 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2385
ポリマ－31,9831
非ポリマー2554
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.310, 44.640, 75.910
Angle α, β, γ (deg.)78.88, 89.41, 61.99
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Blr6230 protein


分子量: 31982.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110 (根粒菌)
遺伝子: blr6230 / プラスミド: pET-BJP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q89GW5
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 627 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.38 % / 解説: Clusters of parallelepiped-shaped crystals
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: BJP-1 (10 mg mL-1 in 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 and 5 mM zinc(II) chloride) mixed with precipitant (0.2 M lithium sulfate, 30-35 % PEG4000, 0.5 M sodium acetate pH 8.5)
Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月5日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.18→34.68 Å / Num. obs: 148959 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 6.9 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.18→1.24 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.387 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 21301 / CC1/2: 0.806 / % possible all: 92.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LVZ

3lvz


解像度: 1.18→34.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / Rfactor Rfree error: 0.03 / SU B: 0.888 / SU ML: 0.02 / SU R Cruickshank DPI: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.034 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.0336 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14601 7703 5.2 %RANDOM
Rwork0.12071 ---
obs0.122 141256 94.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 14.912 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20.01 Å2
2--0 Å2-0.01 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.18→34.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4100 0 14 627 4741
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0194458
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024221
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4581.9716108
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.06739760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7165612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.07324.944178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.43715738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.021517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2696
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215190
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02947
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4872310
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4842307
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7182915
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.7192916
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.622148
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.622149
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.1543174
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.065049
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.7144948
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.42833757
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free24.6535389
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.87653918
LS精密化 シェル解像度: 1.18→1.211 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 525 -
Rwork0.196 10234 -
obs--92.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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