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- PDB-5nfy: SARS-CoV nsp10/nsp14 dynamic complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nfy
タイトルSARS-CoV nsp10/nsp14 dynamic complex
要素(Polyprotein 1ab) x 2
キーワードTRANSFERASE / exonuclease / methyltransferase / dynamic / RNA-proofreading
機能・相同性
機能・相同性情報


Assembly of the SARS-CoV-1 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / K48-linked deubiquitinase activity / Replication of the SARS-CoV-1 genome / K63-linked deubiquitinase activity / host cell endoplasmic reticulum / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / viral transcription ...Assembly of the SARS-CoV-1 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / K48-linked deubiquitinase activity / Replication of the SARS-CoV-1 genome / K63-linked deubiquitinase activity / host cell endoplasmic reticulum / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / viral transcription / host cell membrane / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / SARS coronavirus main proteinase / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / omega peptidase activity / methyltransferase cap1 / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / DNA helicase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / single-stranded RNA binding / viral protein processing / lyase activity / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / proteolysis / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Non-structural protein 3, SUD-N macrodomain, SARS-CoV / RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / : / : / : ...Non-structural protein 3, SUD-N macrodomain, SARS-CoV / RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / : / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / : / Coronavirus 3Ecto domain profile. / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / : / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus replicase NSP7 / Peptidase family C16 domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Replicase polyprotein 1ab / ORF1ab polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種SARS coronavirus Frankfurt 1 (SARSコロナウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.382 Å
データ登録者Ferron, F. / Gluais, L. / Vonrhein, C. / Bricogne, G. / Canard, B. / Imbert, I.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
European Uniongrant agreement 260644 フランス
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structural and molecular basis of mismatch correction and ribavirin excision from coronavirus RNA.
著者: Ferron, F. / Subissi, L. / Silveira De Morais, A.T. / Le, N.T.T. / Sevajol, M. / Gluais, L. / Decroly, E. / Vonrhein, C. / Bricogne, G. / Canard, B. / Imbert, I.
履歴
登録2017年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyprotein 1ab
B: Polyprotein 1ab
C: Polyprotein 1ab
D: Polyprotein 1ab
M: Polyprotein 1ab
N: Polyprotein 1ab
O: Polyprotein 1ab
P: Polyprotein 1ab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)304,66431
ポリマ－303,0388
非ポリマー1,62723
水4,396244
1
A: Polyprotein 1ab
M: Polyprotein 1ab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2999
ポリマ－75,7592
非ポリマー5397
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area29250 Å2
手法PISA
2
B: Polyprotein 1ab
N: Polyprotein 1ab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0867
ポリマ－75,7592
非ポリマー3275
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4540 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area29990 Å2
手法PISA
3
C: Polyprotein 1ab
P: Polyprotein 1ab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,1938
ポリマ－75,7592
非ポリマー4336
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5060 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area29950 Å2
手法PISA
4
D: Polyprotein 1ab
O: Polyprotein 1ab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0867
ポリマ－75,7592
非ポリマー3275
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area30160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.881, 189.786, 196.245
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Polyprotein 1ab


分子量: 60939.539 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SARS coronavirus Frankfurt 1 (SARSコロナウイルス)
プラスミド: pDEST14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1T6X8
#2: タンパク質
Polyprotein 1ab


分子量: 14819.863 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SARS coronavirus Frankfurt 1 (SARSコロナウイルス)
プラスミド: pDEST14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1T6X8, UniProt: P0C6X7*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.29 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Sodium citrate tribasic pH5.5; 8%PEG 8000; 30% Hexandiol

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.28348 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28348 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.382→94.893 Å / Num. obs: 97097 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 3.382→3.393 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 1.139 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 968 / CC1/2: 0.681 / Rpim(I) all: 0.395 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
AutoPROC1.0.5データ収集
autoSHARP位相決定
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.382→66.398 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2349 4907 5.06 %
Rwork0.1926 --
obs0.1947 96949 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.382→66.398 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20340 0 41 244 20625
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01620920
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.97828422
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3727448
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.13081
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0173658
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3816-3.420.36561750.31953013X-RAY DIFFRACTION100
3.42-3.46030.32841590.29223064X-RAY DIFFRACTION100
3.4603-3.50250.32161950.27013035X-RAY DIFFRACTION100
3.5025-3.54680.29891640.25022992X-RAY DIFFRACTION100
3.5468-3.59350.28381690.2423050X-RAY DIFFRACTION100
3.5935-3.64270.28031580.24213075X-RAY DIFFRACTION100
3.6427-3.69470.27071590.23843051X-RAY DIFFRACTION100
3.6947-3.74990.27131820.2363032X-RAY DIFFRACTION100
3.7499-3.80840.27931600.23293054X-RAY DIFFRACTION100
3.8084-3.87090.27641500.22813053X-RAY DIFFRACTION100
3.8709-3.93760.2671280.21412701X-RAY DIFFRACTION88
3.9376-4.00920.23381590.19823069X-RAY DIFFRACTION100
4.0092-4.08630.25141430.19433101X-RAY DIFFRACTION100
4.0863-4.16970.25091520.18823045X-RAY DIFFRACTION100
4.1697-4.26040.25681700.18543065X-RAY DIFFRACTION100
4.2604-4.35940.22811360.17543111X-RAY DIFFRACTION100
4.3594-4.46840.21811440.16653065X-RAY DIFFRACTION100
4.4684-4.58920.20521630.16623086X-RAY DIFFRACTION100
4.5892-4.72420.24431590.16783060X-RAY DIFFRACTION100
4.7242-4.87670.20181770.16383074X-RAY DIFFRACTION100
4.8767-5.05090.21251600.16183085X-RAY DIFFRACTION100
5.0509-5.25310.21241340.15653119X-RAY DIFFRACTION100
5.2531-5.4920.18961480.16343126X-RAY DIFFRACTION100
5.492-5.78140.22291840.16883080X-RAY DIFFRACTION100
5.7814-6.14340.22641740.1683087X-RAY DIFFRACTION100
6.1434-6.61740.21291840.16853092X-RAY DIFFRACTION100
6.6174-7.28250.21431650.17243127X-RAY DIFFRACTION100
7.2825-8.33460.22251570.17053152X-RAY DIFFRACTION100
8.3346-10.4940.18212130.16363134X-RAY DIFFRACTION100
10.494-66.41120.25511860.24833244X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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