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- PDB-5nec: Crystal structure of the siderophore receptor PiuD from Pseudomon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nec
タイトルCrystal structure of the siderophore receptor PiuD from Pseudomonas aeruginosa
要素TonB-dependent siderophore receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / PiuD / outer membrane receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


: / siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / signaling receptor activity / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Catecholate siderophore receptor Fiu / TonB-dependent receptor-like / TonB-dependent receptor, plug domain / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent siderophore receptor / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily ...Catecholate siderophore receptor Fiu / TonB-dependent receptor-like / TonB-dependent receptor, plug domain / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent siderophore receptor / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / TonB-dependent Receptor Plug Domain / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative outer membrane receptor for iron transport
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa 39016 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Moynie, L. / Naismith, J.H.
引用ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2018
タイトル: TonB-Dependent Receptor Repertoire of Pseudomonas aeruginosa for Uptake of Siderophore-Drug Conjugates.
著者: Luscher, A. / Moynie, L. / Auguste, P.S. / Bumann, D. / Mazza, L. / Pletzer, D. / Naismith, J.H. / Kohler, T.
履歴
登録2017年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TonB-dependent siderophore receptor
B: TonB-dependent siderophore receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,6234
ポリマ－163,0102
非ポリマー6132
水1,17165
1
A: TonB-dependent siderophore receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,1183
ポリマ－81,5051
非ポリマー6132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TonB-dependent siderophore receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,5051
ポリマ－81,5051
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)164.522, 136.452, 118.955
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 132.04, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 27 - 732 / Label seq-ID: 29 - 734

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 TonB-dependent siderophore receptor


分子量: 81504.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa 39016 (緑膿菌)
遺伝子: PAMH27_5021 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V6ALN4
#2: 化合物 ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9 / 詳細: PEG MME 5000, Bicine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→100 Å / Num. obs: 86146 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.58 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 9.86
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.94 % / Rmerge(I) obs: 1.044 / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / Num. unique obs: 7235 / CC1/2: 0.569 / % possible all: 85.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5fok

5fok


解像度: 2.3→91.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 20.192 / SU ML: 0.204 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.264 / ESU R Free: 0.208 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24911 4250 5 %RANDOM
Rwork0.22253 ---
obs0.2239 80547 98.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 56.361 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.56 Å20 Å2-0.03 Å2
2---2.67 Å20 Å2
3---0.44 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→91.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10073 0 16 65 10154
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0210325
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029319
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4231.9314020
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.884321403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.61251269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.5324.242521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.261151592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1451564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21507
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02111991
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022553
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7494.655118
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7494.655117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9026.9586373
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9026.9586374
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.14.9895206
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.14.9895207
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.4947.3677647
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.26451.88510479
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.26351.8810471
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 40694 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.303→2.363 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 274 -
Rwork0.353 5236 -
obs--86.69 %
精密化 TLS

S23: -0.0533 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.40530.30450.16910.40230.19050.2879-0.03520.05870.0759-0.0610.0278-0.11910.08340.00730.0815-0.01010.00330.04870.02210.086929.321921.8136-21.7638
20.3336-0.1755-0.10120.32260.29360.4083-0.0347-0.07990.09910.08140.0496-0.04020.0339-0.0150.12970.0045-0.02720.0207-0.02090.035221.624122.151828.878
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A27 - 732
2X-RAY DIFFRACTION2B27 - 732

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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