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万見
- PDB-5ndc: Structure of ba3-type cytochrome c oxidase from Thermus thermophi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ndc
タイトルStructure of ba3-type cytochrome c oxidase from Thermus thermophilus by serial femtosecond crystallography
要素
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 2
  • Cytochrome c oxidase polypeptide IIA
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome c oxidase / SFX / Respiratory chain enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / cytochrome-c oxidase activity / membrane => GO:0016020 / copper ion binding / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase polypeptide 2A / Cytochrome c oxidase polypeptide 2A, ba3 type / Cytochrome c oxidase subunit IIa family / Ba3-like heme-copper oxidase subunit I / Cytochrome C oxidase subunit IIa, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane / Ba3-like heme-copper oxidase subunit II, C-terminal / : / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain ...Cytochrome c oxidase polypeptide 2A / Cytochrome c oxidase polypeptide 2A, ba3 type / Cytochrome c oxidase subunit IIa family / Ba3-like heme-copper oxidase subunit I / Cytochrome C oxidase subunit IIa, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane / Ba3-like heme-copper oxidase subunit II, C-terminal / : / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-AS / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Cytochrome c oxidase polypeptide IIA / Cytochrome c oxidase polypeptide 2A / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Andersson, R. / Safari, C. / Dods, R. / Nango, E. / Tanaka, R. / Nakane, T. / Tono, K. / Joti, Y. / Bath, P. / Dunevall, E. ...Andersson, R. / Safari, C. / Dods, R. / Nango, E. / Tanaka, R. / Nakane, T. / Tono, K. / Joti, Y. / Bath, P. / Dunevall, E. / Bosman, E. / Nureki, O. / Iwata, S. / Neutze, R. / Branden, G.
資金援助 スウェーデン, 3件
組織認可番号国
The Swedish Foundation of Strategic ResearchSRL10-0036 スウェーデン
The Swedish Foundation of Strategic Research2015-00560, 349-2011-6485 スウェーデン
The Knut and Alice Wallenberg FoundationKAW 2012.0284 スウェーデン
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Serial femtosecond crystallography structure of cytochrome c oxidase at room temperature.
著者: Andersson, R. / Safari, C. / Dods, R. / Nango, E. / Tanaka, R. / Yamashita, A. / Nakane, T. / Tono, K. / Joti, Y. / Bath, P. / Dunevall, E. / Bosman, R. / Nureki, O. / Iwata, S. / Neutze, R. / Branden, G.
履歴
登録2017年3月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22018年11月14日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / Item: _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: Cytochrome c oxidase polypeptide IIA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,96722
ポリマ－85,8913
非ポリマー7,07619
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13740 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area26420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.850, 100.320, 96.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 126.76, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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Cytochrome c oxidase subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c ba(3) subunit I / Cytochrome c oxidase polypeptide I / Cytochrome cba3 subunit 1


分子量: 63540.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: cbaA, TTHA1135 / 発現宿主: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SJ79, cytochrome-c oxidase
#2: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c ba(3) subunit II / Cytochrome c oxidase polypeptide II / Cytochrome cba3 subunit 2


分子量: 18581.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: cbaB, ctaC, TTHA1134 / 発現宿主: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SJ80, cytochrome-c oxidase

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase polypeptide IIA / Cytchrome c oxidase subunit 3


分子量: 3769.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: HGMM_F04D06C07, TTMY_0198 / 発現宿主: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1J1EEV7, UniProt: P82543*PLUS

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非ポリマー , 6種, 111分子

#4: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#5: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#6: 化合物 ChemComp-HAS / HEME-AS


分子量: 920.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C54H64FeN4O6
#7: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#8: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.3
詳細: 100mM sodium cacodylate trihydrate pH 5.3, 37% PEG400, 1.4M NaCl Room temperature for 2-3 days

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1.6314 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.6314 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→36.4 Å / Num. all: 1864107 / Num. obs: 50602 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.7 % / CC1/2: 0.956 / R split: 0.1937 / Net I/σ(I): 3.74
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 14.7 % / CC1/2: 0.366 / R split: 1.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
CrystFEL0.6.1データ削減
CrystFEL0.6.1データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3S8F

3s8f


解像度: 2.3→36.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 14.121 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.17 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19749 2511 5.1 %RANDOM
Rwork0.16174 ---
obs0.1635 47055 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 51.446 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å2-0 Å20.74 Å2
2---1.19 Å20 Å2
3---0.27 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→36.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5910 0 384 92 6386
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0196506
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026318
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6122.0078838
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.988314527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8765749
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.71922.237228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.32115890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8541526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2971
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216942
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021440
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5964.1323005
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5954.1323004
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5156.1913751
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5156.1913752
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9324.6393499
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9324.643500
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.1386.7515088
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.53347.9227060
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.53347.937061
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 188 -
Rwork0.289 3439 -
obs--99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9071-0.01080.00880.27710.00810.20770.05310.03750.08410.0023-0.0188-0.07780.01790.0182-0.03430.05580.00920.05160.00540.01210.08539.9473.11628.916
21.1935-0.2552-0.15940.11960.14280.34520.0630.19880.0607-0.0022-0.04580.0061-0.0083-0.0763-0.01720.07420.00260.04320.05120.0180.0383-16.224-0.74519.736
38.655-1.5001-1.15990.32030.21030.34170.09550.26-0.1938-0.046-0.0860.03550.0938-0.0284-0.00960.11060.01910.00930.0683-0.02710.05212.572-14.05212.555
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 562
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 168
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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