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万見
- PDB-5nda: NMR Structural Characterisation of Pharmaceutically Relevant Prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nda
タイトルNMR Structural Characterisation of Pharmaceutically Relevant Proteins Obtained Through a Novel Recombinant Production: The Case of The Pulmonary Surfactant Polypeptide C Analogue rSP-C33Leu.
要素rSP-C33Leu -RECOMBINANT PULMONARY SURFACTANT-ASSOCIATED POLYPEPTIDE C ANALOGUE-
キーワードPROTEIN / PULMONARY SURFACTANT PROTEIN / SP-C ANALOGUE / RECOMBINANT PROTEIN / SOLUBILITY TAG / FUSION PROTEIN / NT DOMAIN / PROTEIN STRUCTURE
機能・相同性Surfactant-associated polypeptide, palmitoylation site / Surfactant associated polypeptide SP-C palmitoylation sites. / Surfactant protein C, N-terminal propeptide / Surfactant protein C, N terminal propeptide / respiratory gaseous exchange by respiratory system / extracellular region / Surfactant protein C
機能・相同性情報
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Venturi, L. / Pioselli, B. / Johansson, J. / Rising, A. / Kronqvist, N. / Nordling, K.
資金援助1件
組織認可番号国
Swedish Research CouncilChiesi Farmaceutici SpA
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Efficient protein production inspired by how spiders make silk.
著者: Kronqvist, N. / Sarr, M. / Lindqvist, A. / Nordling, K. / Otikovs, M. / Venturi, L. / Pioselli, B. / Purhonen, P. / Landreh, M. / Biverstal, H. / Toleikis, Z. / Sjoberg, L. / Robinson, C.V. / ...著者: Kronqvist, N. / Sarr, M. / Lindqvist, A. / Nordling, K. / Otikovs, M. / Venturi, L. / Pioselli, B. / Purhonen, P. / Landreh, M. / Biverstal, H. / Toleikis, Z. / Sjoberg, L. / Robinson, C.V. / Pelizzi, N. / Jornvall, H. / Hebert, H. / Jaudzems, K. / Curstedt, T. / Rising, A. / Johansson, J.
履歴
登録2017年3月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: rSP-C33Leu -RECOMBINANT PULMONARY SURFACTANT-ASSOCIATED POLYPEPTIDE C ANALOGUE-


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6011
ポリマ－3,6011
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3360 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質・ペプチド rSP-C33Leu -RECOMBINANT PULMONARY SURFACTANT-ASSOCIATED POLYPEPTIDE C ANALOGUE-


分子量: 3600.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: non-natural analogue of porcine SP-C / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P15785*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
121isotropic12D 1H-1H COSY
131isotropic12D 1H-1H TOCSY
111isotropic12D 1H-1H NOESY
141isotropic12D 1H-15N HSQC
151isotropic12D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1.7 mM No rSP-C33Leu -RECOMBINANT PULMONARY SURFACTANT-ASSOCIATED POLYPEPTIDE C ANALOGUE-, CDCl3/CD3OD/0.1 M HCl 32:64:5 (v/v)
Label: rSP-C33Leu / 溶媒系: CDCl3/CD3OD/0.1 M HCl 32:64:5 (v/v)
試料濃度: 1.7 mM
構成要素: rSP-C33Leu -RECOMBINANT PULMONARY SURFACTANT-ASSOCIATED POLYPEPTIDE C ANALOGUE-
Isotopic labeling: No
試料状態イオン強度: / M / Label: SC / pH: 1 / 圧: AMBIENT atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker A / 製造業者: Bruker / モデル: A / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
OPAL3.97Luginbuhl, Guntert, Billeter and Wuthrich精密化
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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