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- PDB-5ncb: Crystal structure of Amycolatopsis cytochrome P450 GcoA in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ncb
タイトルCrystal structure of Amycolatopsis cytochrome P450 GcoA in complex with guaiacol.
要素Cytochrome P450
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome / P450 / guaiacol / lignin / CYP255A / Amycolatopsis / heme / haem
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Guaiacol / Cytochrome P450
類似検索 - 構成要素
生物種Amycolatopsis sp. ATCC 39116 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Mallinson, S.J.B. / Johnson, C.W. / Neidle, E.L. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E.
資金援助 英国, 米国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/P0119818/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/L001926/1 英国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC36-08GO28308 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: A promiscuous cytochrome P450 aromatic O-demethylase for lignin bioconversion.
著者: Mallinson, S.J.B. / Machovina, M.M. / Silveira, R.L. / Garcia-Borras, M. / Gallup, N. / Johnson, C.W. / Allen, M.D. / Skaf, M.S. / Crowley, M.F. / Neidle, E.L. / Houk, K.N. / Beckham, G.T. / ...著者: Mallinson, S.J.B. / Machovina, M.M. / Silveira, R.L. / Garcia-Borras, M. / Gallup, N. / Johnson, C.W. / Allen, M.D. / Skaf, M.S. / Crowley, M.F. / Neidle, E.L. / Houk, K.N. / Beckham, G.T. / DuBois, J.L. / McGeehan, J.E.
履歴
登録2017年3月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5693
ポリマ－45,8281
非ポリマー7412
水5,459303
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area16270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.080, 104.080, 115.754
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-892-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450


分子量: 45827.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Amycolatopsis sp. ATCC 39116 (バクテリア)
遺伝子: WP_020419855 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A076MY51
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-JZ3 / Guaiacol / 2-methoxyphenol


分子量: 124.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.04 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sodium malonate, HEPES, guaiacol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→115.75 Å / Num. obs: 114601 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 1.44→1.46 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.931 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 5611 / CC1/2: 0.794 / Rpim(I) all: 0.333 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.44→77.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / SU B: 1.773 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.04 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15141 5812 5.1 %RANDOM
Rwork0.12773 ---
obs0.12892 108389 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 23.622 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å20 Å20 Å2
2---0.41 Å20 Å2
3---0.81 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.44→77.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3164 0 52 303 3519
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0193357
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022991
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.711.9774606
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.07636918
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7615410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.37723.558163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.1815472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3991527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.160.2487
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0213824
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02719
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5792.1471631
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5682.1441630
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0083.2292041
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0093.2312042
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7022.4781726
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7012.4781727
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2023.6132565
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.2426.4883888
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.07226.143826
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.74336347
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free20.8275202
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.7956348
LS精密化 シェル解像度: 1.44→1.477 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 461 -
Rwork0.228 7894 -
obs--99.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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