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- PDB-5nc0: The 0.91 A resolution structure of the L16G mutant of cytochrome ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nc0
タイトルThe 0.91 A resolution structure of the L16G mutant of cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans, complexed with nitric oxide
要素Cytochrome c'
キーワードOXIDOREDUCTASE / nitric oxide / cytochrome / homodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c prime, subgroup / Cytochrome c, class II / Cytochrome c prime / Cytochrome C' / Cytochrome c class II profile. / Cytochrome c/b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / NITRIC OXIDE / NITRITE ION / NITRATE ION / Cytochrome c'
類似検索 - 構成要素
生物種Alcaligenes xylosoxydans xylosoxydans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.91 Å
データ登録者Strange, R. / Hough, M. / Antonyuk, S. / Rustage, N.
引用ジャーナル: Inorg Chem / : 2017
タイトル: Distinguishing Nitro vs Nitrito Coordination in Cytochrome c' Using Vibrational Spectroscopy and Density Functional Theory.
著者: Nilsson, Z.N. / Mandella, B.L. / Sen, K. / Kekilli, D. / Hough, M.A. / Moenne-Loccoz, P. / Strange, R.W. / Andrew, C.R.
履歴
登録2017年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年3月11日Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,94813
ポリマ-13,5751
非ポリマー1,37312
4,143230
1
A: Cytochrome c'
ヘテロ分子

A: Cytochrome c'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,89726
ポリマ-27,1512
非ポリマー2,74624
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-y,-x,-z+1/61
Buried area7270 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area12400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.430, 52.430, 183.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cytochrome c'


分子量: 13575.336 Da / 分子数: 1 / 変異: L16G / 由来タイプ: 組換発現
詳細: residue PCA is pyroglutamic acid - 2-pyrrolidone-5-carboxylic acid
由来: (組換発現) Alcaligenes xylosoxydans xylosoxydans (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00138

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非ポリマー , 7種, 242分子

#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide / ニトロキシル


分子量: 30.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : NO
#4: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : NO3
#5: 化合物 ChemComp-NO2 / NITRITE ION / 二酸化窒素


分子量: 46.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : NO2
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: AMMONIUM SULPHATE, TRIS PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.7872 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.91→44.07 Å / Num. obs: 106845 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 0.91→0.93 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4889 / CC1/2: 0.547 / Rpim(I) all: 0.564 / % possible all: 93.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDS20161101データ削減
Aimless0.5.27データスケーリング
REFMAC5.8.0158位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YL7
解像度: 0.91→44.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / SU B: 0.378 / SU ML: 0.01 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.014 / ESU R Free: 0.014 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.13177 5378 5 %RANDOM
Rwork0.12453 ---
obs0.1249 101466 99.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 8.977 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å2-0.07 Å20 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3---0.48 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 0.91→44.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数936 0 87 230 1253
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.021091
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02991
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4712.0771484
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.07532306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.755138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.77424.3941
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.01715170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.307155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02209
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7160.598521
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6230.593518
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9760.9653
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.9840.904654
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.530.839570
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.530.839570
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.8161.169827
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.5789.4241366
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.5779.431367
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.07532081
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free19.6535156
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.35452149
LS精密化 シェル解像度: 0.91→0.934 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 359 -
Rwork0.273 7086 -
obs--95.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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