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- PDB-5nb6: Complement factor D in complex with the inhibitor (2S,4S)-4-Amino... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nb6
タイトルComplement factor D in complex with the inhibitor (2S,4S)-4-Amino-pyrrolidine-1,2-dicarboxylic acid 1-[(1-carbamoyl-1H-indol-3-yl)-amide] 2-[(3-trifluoromethoxy-phenyl)-amide]
要素Complement factor D
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


complement factor D / Alternative complement activation / complement activation / complement activation, alternative pathway / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / protein maturation / response to bacterium / Platelet degranulation / secretory granule lumen ...complement factor D / Alternative complement activation / complement activation / complement activation, alternative pathway / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / protein maturation / response to bacterium / Platelet degranulation / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / serine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8S2 / Complement factor D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Mac Sweeney, A. / Ostermann, N.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Discovery of Highly Potent and Selective Small-Molecule Reversible Factor D Inhibitors Demonstrating Alternative Complement Pathway Inhibition in Vivo.
著者: Lorthiois, E. / Anderson, K. / Vulpetti, A. / Rogel, O. / Cumin, F. / Ostermann, N. / Steinbacher, S. / Mac Sweeney, A. / Delgado, O. / Liao, S.M. / Randl, S. / Rudisser, S. / Dussauge, S. / ...著者: Lorthiois, E. / Anderson, K. / Vulpetti, A. / Rogel, O. / Cumin, F. / Ostermann, N. / Steinbacher, S. / Mac Sweeney, A. / Delgado, O. / Liao, S.M. / Randl, S. / Rudisser, S. / Dussauge, S. / Fettis, K. / Kieffer, L. / de Erkenez, A. / Yang, L. / Hartwieg, C. / Argikar, U.A. / La Bonte, L.R. / Newton, R. / Kansara, V. / Flohr, S. / Hommel, U. / Jaffee, B. / Maibaum, J.
履歴
登録2017年3月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement factor D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2302
ポリマ－24,7391
非ポリマー4901
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.875, 45.063, 63.716
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.43, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-440-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Complement factor D / Adipsin / C3 convertase activator / Properdin factor D


分子量: 24739.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00746, complement factor D
#2: 化合物 ChemComp-8S2 / (2~{S},4~{S})-~{N}1-(1-aminocarbonylindol-3-yl)-4-azanyl-~{N}2-[3-(trifluoromethyloxy)phenyl]pyrrolidine-1,2-dicarboxamide


分子量: 490.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H21F3N6O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細P2SEQ ANNOTATION (DBREF, SEQADV, MODRES, REMARK 465, COMPND, SOURCE RECORDS) WAS ADDED SEMI- ...P2SEQ ANNOTATION (DBREF, SEQADV, MODRES, REMARK 465, COMPND, SOURCE RECORDS) WAS ADDED SEMI-AUTOMATICALLY TO THIS ENTRY. CONSTRUCT BOUNDARIES IN DBREF MAY BE INACCURATE IF THE ORIGINAL DEPOSITION DID NOT SPECIFY A PROTRACK CRYSTALLIZATION SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.45 % / 解説: ICE RINGS AND DIFFRACTION FROM COLLIMATOR
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 22% PEG3350, 0.1 M HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9781 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9781 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→40 Å / Num. obs: 22005 / % possible obs: 83.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.16 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 21.14
反射 シェル解像度: 1.6→1.67 Å / 冗長度: 2.98 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Mean I/σ(I) obs: 10.3 / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.3.0040精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HFLF

解像度: 1.75→28.27 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 --
Rwork0.235 --
obs-18233 95 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→28.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1614 0 35 185 1834

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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