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万見
- PDB-5nb3: High resolution C-phycoerythrin from marine cyanobacterium Phormi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nb3
タイトルHigh resolution C-phycoerythrin from marine cyanobacterium Phormidium sp. A09DM at pH 7.5
要素(Phycoerythrin ...) x 2
キーワードPHOTOSYNTHESIS / marine cyanobacterium Phormidium sp.A09DM / C-phycoerythrin / pigment-protein light harvesting complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / PHYCOERYTHROBILIN / Phycoerythrin Alpha subunit / Phycoerythrin Beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Phormidium rubidum A09DM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Sonani, R.R. / Roszak, A.W. / Ortmann de Percin Northumberland, C. / Madamwar, D. / Cogdell, R.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0001035 米国
引用ジャーナル: Photosyn. Res. / 年: 2018
タイトル: An improved crystal structure of C-phycoerythrin from the marine cyanobacterium Phormidium sp. A09DM.
著者: Sonani, R.R. / Roszak, A.W. / Ortmann de Percin Northumberland, C. / Madamwar, D. / Cogdell, R.J.
履歴
登録2017年3月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit
B: Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit
C: Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit
D: Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit
E: Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit
F: Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit
G: Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit
H: Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit
I: Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit
J: Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit
K: Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit
L: Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit
M: Phycoerythrin Beta subunit,Phycoerythrin Beta subunit
N: Phycoerythrin Beta subunit,Phycoerythrin Beta subunit
O: Phycoerythrin Beta subunit,Phycoerythrin Beta subunit
P: Phycoerythrin Beta subunit,Phycoerythrin Beta subunit
Q: Phycoerythrin Beta subunit,Phycoerythrin Beta subunit
R: Phycoerythrin Beta subunit,Phycoerythrin Beta subunit
S: Phycoerythrin Beta subunit,Phycoerythrin Beta subunit
T: Phycoerythrin Beta subunit,Phycoerythrin Beta subunit
U: Phycoerythrin Beta subunit,Phycoerythrin Beta subunit
V: Phycoerythrin Beta subunit,Phycoerythrin Beta subunit
W: Phycoerythrin Beta subunit,Phycoerythrin Beta subunit
X: Phycoerythrin Beta subunit,Phycoerythrin Beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)482,688138
ポリマ－444,37224
非ポリマー38,316114
水140,4997799
1
A: Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit
B: Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit
C: Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit
D: Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit
E: Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit
F: Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit
M: Phycoerythrin Beta subunit,Phycoerythrin Beta subunit
N: Phycoerythrin Beta subunit,Phycoerythrin Beta subunit
O: Phycoerythrin Beta subunit,Phycoerythrin Beta subunit
P: Phycoerythrin Beta subunit,Phycoerythrin Beta subunit
Q: Phycoerythrin Beta subunit,Phycoerythrin Beta subunit
R: Phycoerythrin Beta subunit,Phycoerythrin Beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,35670
ポリマ－222,18612
非ポリマー19,16958
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area80300 Å2
ΔGint-815 kcal/mol
Surface area71860 Å2
手法PISA
2
G: Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit
H: Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit
I: Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit
J: Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit
K: Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit
L: Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit
S: Phycoerythrin Beta subunit,Phycoerythrin Beta subunit
T: Phycoerythrin Beta subunit,Phycoerythrin Beta subunit
U: Phycoerythrin Beta subunit,Phycoerythrin Beta subunit
V: Phycoerythrin Beta subunit,Phycoerythrin Beta subunit
W: Phycoerythrin Beta subunit,Phycoerythrin Beta subunit
X: Phycoerythrin Beta subunit,Phycoerythrin Beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,33368
ポリマ－222,18612
非ポリマー19,14756
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area80120 Å2
ΔGint-750 kcal/mol
Surface area71900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.046, 110.170, 118.516
Angle α, β, γ (deg.)78.76, 82.28, 60.43
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
Phycoerythrin ... , 2種, 24分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWX

#1: タンパク質
Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit,Phycoerythrin Alpha subunit


分子量: 17660.830 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
詳細: Two PEB chromophores are covalently linked by residues Cys82 (PEB166) and Cys139 (PEB167)
由来: (天然) Phormidium rubidum A09DM (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0E3W010
#2: タンパク質
Phycoerythrin Beta subunit,Phycoerythrin Beta subunit


分子量: 19370.189 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
詳細: Three PEB chromophores are link covalently to Cys80 (PEB186), Cys165 (PEB187), and Cys48/Cys59 (PEB188)
由来: (天然) Phormidium rubidum A09DM (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0E4G455

-
非ポリマー , 7種, 7913分子

#3: 化合物...
ChemComp-PEB / PHYCOERYTHROBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7799 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Morpheus screen condition G8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→95.42 Å / Num. obs: 932250 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 8.2 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 1.38→1.42 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.801 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 67249 / CC1/2: 0.477 / Rpim(I) all: 0.801 / % possible all: 93.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5aqd

5aqd


解像度: 1.38→95.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 3.694 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 46444 5 %RANDOM
Rwork0.155 ---
obs0.158 878170 94.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å20.08 Å20.27 Å2
2---0.18 Å2-0.36 Å2
3---0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.38→95.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31032 0 2762 7799 41593
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.01936163
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0233826
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5962.05349531
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.284378201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.11954665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.36423.7091402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.717155670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.13815294
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.25434
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0241583
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0170.027579
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6211.20817481
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6211.20817482
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9771.8221988
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9771.8221989
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2211.45418682
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2161.45318653
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6552.09227348
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.75718.57944229
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.61515.66341232
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.107369989
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free36.74654882
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.923572125
LS精密化 シェル解像度: 1.38→1.42 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 3198 -
Rwork0.357 61904 -
obs--90.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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