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- PDB-5nb0: Crystal structures of homooligomers of collagen type IV. alpha3NC1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nb0
タイトルCrystal structures of homooligomers of collagen type IV. alpha3NC1
要素Collagen alpha-3(IV) chain
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Non-collagenous domain of collagen type IV. A principal structural component of basement membranes
機能・相同性
機能・相同性情報


collagen type IV trimer / Anchoring fibril formation / Crosslinking of collagen fibrils / glomerular basement membrane development / Collagen chain trimerization / metalloendopeptidase inhibitor activity / Extracellular matrix organization / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Laminin interactions ...collagen type IV trimer / Anchoring fibril formation / Crosslinking of collagen fibrils / glomerular basement membrane development / Collagen chain trimerization / metalloendopeptidase inhibitor activity / Extracellular matrix organization / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Laminin interactions / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / Signaling by PDGF / endothelial cell apoptotic process / NCAM1 interactions / blood circulation / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / extracellular matrix structural constituent / Collagen degradation / Non-integrin membrane-ECM interactions / basement membrane / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / response to glucose / negative regulation of angiogenesis / extracellular matrix organization / sensory perception of sound / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / integrin binding / collagen-containing extracellular matrix / cell surface receptor signaling pathway / cell adhesion / negative regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum lumen / intracellular membrane-bounded organelle / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Noncollagenous (NC1) domain of collagen IV / Collagen IV, non-collagenous / Collagen IV, non-collagenous / Collagen IV, non-collagenous domain superfamily / C-terminal tandem repeated domain in type 4 procollagen / Collagen IV carboxyl-terminal non-collagenous (NC1) domain profile. / C-terminal tandem repeated domain in type 4 procollagens / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / C-type lectin fold ...Noncollagenous (NC1) domain of collagen IV / Collagen IV, non-collagenous / Collagen IV, non-collagenous / Collagen IV, non-collagenous domain superfamily / C-terminal tandem repeated domain in type 4 procollagen / Collagen IV carboxyl-terminal non-collagenous (NC1) domain profile. / C-terminal tandem repeated domain in type 4 procollagens / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / C-type lectin fold / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Collagen alpha-3(IV) chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Casino, P. / Marina, A.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2013-42619-P スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2016-78606-P スペイン
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2018
タイトル: Structures of collagen IV globular domains: insight into associated pathologies, folding and network assembly.
著者: Casino, P. / Gozalbo-Rovira, R. / Rodriguez-Diaz, J. / Banerjee, S. / Boutaud, A. / Rubio, V. / Hudson, B.G. / Saus, J. / Cervera, J. / Marina, A.
履歴
登録2017年2月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年11月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32019年10月9日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Collagen alpha-3(IV) chain
B: Collagen alpha-3(IV) chain
C: Collagen alpha-3(IV) chain
D: Collagen alpha-3(IV) chain
E: Collagen alpha-3(IV) chain
F: Collagen alpha-3(IV) chain
G: Collagen alpha-3(IV) chain
H: Collagen alpha-3(IV) chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,10524
ポリマ－204,5388
非ポリマー56716
水4,179232
1
A: Collagen alpha-3(IV) chain
B: Collagen alpha-3(IV) chain
C: Collagen alpha-3(IV) chain
D: Collagen alpha-3(IV) chain
E: Collagen alpha-3(IV) chain
F: Collagen alpha-3(IV) chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,82918
ポリマ－153,4036
非ポリマー42512
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area37680 Å2
ΔGint-353 kcal/mol
Surface area38770 Å2
手法PISA
2
G: Collagen alpha-3(IV) chain
H: Collagen alpha-3(IV) chain
ヘテロ分子

G: Collagen alpha-3(IV) chain
H: Collagen alpha-3(IV) chain
ヘテロ分子

G: Collagen alpha-3(IV) chain
H: Collagen alpha-3(IV) chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,82918
ポリマ－153,4036
非ポリマー42512
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area37340 Å2
ΔGint-356 kcal/mol
Surface area38780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.518, 131.518, 248.855
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-431-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Collagen alpha-3(IV) chain / Goodpasture antigen


分子量: 25567.246 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COL4A3 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q01955
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.61 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 6% PEG3350, BisTrisPropane pH 7.5 and MgCl2 0.2 M

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.503
11K, H, -L20.497
反射解像度: 2.7→51.783 Å / Num. all: 43361 / Num. obs: 43361 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 2.2 % / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.11 / Rsym value: 0.084 / Net I/av σ(I): 6.9 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 96546
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.7-2.852.10.2642.10.2230.3470.26495
2.85-3.022.10.2022.90.1670.2630.20298.3
3.02-3.232.20.15340.1260.1990.15399.6
3.23-3.492.30.1075.90.0880.1390.10799.7
3.49-3.822.30.0847.50.070.110.08499.5
3.82-4.272.20.058110.0480.0760.05899
4.27-4.932.10.04114.80.0330.0530.04198.2
4.93-6.042.50.03815.80.0290.0480.03899.5
6.04-8.542.50.03417.30.0270.0440.03499.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1T60

1t60


解像度: 2.7→51.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 6.321 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.06
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1758 2182 5 %RANDOM
Rwork0.1633 ---
obs0.1639 41166 98.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 56 Å2 / Biso mean: 26.648 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.37 Å2-0 Å2-0 Å2
2---5.37 Å2-0 Å2
3---10.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→51.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13886 0 16 232 14134
Biso mean--27.05 31.27 -
残基数----1804
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01914356
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1461.94419548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.56351798
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.30222.66594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.912152164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.081590
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.22080
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02111078
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 146 -
Rwork0.219 2894 -
all-3040 -
obs--93.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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