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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5nax | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structures of homooligomers of the non-collagenous domains of collagen type IV. alpha121NC1 | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Non-collagenous domain of collagen type IV / A principal structural component of basement membranes | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 retinal blood vessel morphogenesis / collagen type IV trimer / Anchoring fibril formation / renal tubule morphogenesis / Crosslinking of collagen fibrils / Collagen chain trimerization / platelet-derived growth factor binding / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / basement membrane organization / Extracellular matrix organization ...retinal blood vessel morphogenesis / collagen type IV trimer / Anchoring fibril formation / renal tubule morphogenesis / Crosslinking of collagen fibrils / Collagen chain trimerization / platelet-derived growth factor binding / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / basement membrane organization / Extracellular matrix organization / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Laminin interactions / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / Signaling by PDGF / NCAM1 interactions / blood vessel morphogenesis / Scavenging by Class A Receptors / extracellular matrix structural constituent / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / branching involved in blood vessel morphogenesis / neuromuscular junction development / endodermal cell differentiation / Collagen degradation / Non-integrin membrane-ECM interactions / 基底膜 / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / epithelial cell differentiation / extracellular matrix organization / negative regulation of angiogenesis / response to activity / cellular response to amino acid stimulus / brain development / 血管新生 / collagen-containing extracellular matrix / molecular adaptor activity / 小胞体 / DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.82 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Casino, P. / Marina, A. | ||||||||||||
資金援助 | スペイン, 3件
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引用 | ジャーナル: IUCrJ / 年: 2018 タイトル: Structures of collagen IV globular domains: insight into associated pathologies, folding and network assembly. 著者: Casino, P. / Gozalbo-Rovira, R. / Rodriguez-Diaz, J. / Banerjee, S. / Boutaud, A. / Rubio, V. / Hudson, B.G. / Saus, J. / Cervera, J. / Marina, A. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5nax.cif.gz | 269.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5nax.ent.gz | 217.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5nax.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/5nax ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/5nax | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25356.871 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1443-1667 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COL4A1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P02462 #2: タンパク質 | 分子量: 25114.551 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1485-1712 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COL4A2 / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P08572 #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.93 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10% PEG8000, Magnesium acetate 0.2 M |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.25 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月5日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.25 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.82→48.75 Å / Num. all: 48121 / Num. obs: 48121 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.4 % / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.101 / Rsym value: 0.092 / Net I/av σ(I): 7.1 / Net I/σ(I): 12.7 / Num. measured all: 258124 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1T60 解像度: 2.82→48.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 7.152 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 147.79 Å2 / Biso mean: 65.262 Å2 / Biso min: 27.85 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.82→48.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.82→2.893 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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