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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 5nar
タイトル
Complement factor D in complex with the inhibitor (S)-pyrrolidine-1,2-dicarboxylic acid 1-[(1-carbamoyl-1H-indol-3-yl)-amide] 2-[(3-trifluoromethoxy-phenyl)-amide]
P2SEQ ANNOTATION (DBREF, SEQADV, MODRES, REMARK 465, COMPND, SOURCE RECORDS) WAS ADDED SEMI- ...P2SEQ ANNOTATION (DBREF, SEQADV, MODRES, REMARK 465, COMPND, SOURCE RECORDS) WAS ADDED SEMI-AUTOMATICALLY TO THIS ENTRY. CONSTRUCT BOUNDARIES IN DBREF MAY BE INACCURATE IF THE ORIGINAL DEPOSITION DID NOT SPECIFY A PROTRACK CRYSTALLIZATION SEQUENCE.
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実験情報
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実験
実験
手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1
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試料調製
結晶
マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.74 %
結晶化
温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: MM NACL, 0.5MM NVP-BVT244-NX-1 + 1 UL RESERVOIR SOLUTION
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID
波長 (Å)
相対比
1
1.0001
1
2
1.0001
1
反射
解像度: 1.37→56.44 Å / Num. obs: 40131 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.49 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル
解像度: 1.37→1.42 Å / 冗長度: 2.56 % / Rmerge(I) obs: 0.392 / Mean I/σ(I) obs: 2.93 / % possible all: 90
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.8.0158
精密化
XDS
データ削減
XSCALE
データスケーリング
PHASER
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1HFLF 解像度: 1.55→35.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 3.856 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.23101
1402
5 %
RANDOM
Rwork
0.15515
-
-
-
obs
0.15891
26638
99.4 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK