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- PDB-5naf: Co-crystal structure of an MeCP2 peptide with TBLR1 WD40 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5naf
タイトルCo-crystal structure of an MeCP2 peptide with TBLR1 WD40 domain
要素
  • F-box-like/WD repeat-containing protein TBL1XR1
  • Methyl-CpG-binding protein 2
キーワードTRANSCRIPTION / WD40 domain / protein-peptide complex / transcriptional repressor / Rett syndrome
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to isoquinoline alkaloid / positive regulation of retrograde dense core granule transport / negative regulation of respiratory gaseous exchange / positive regulation of branching morphogenesis of a nerve / regulation of action potential firing threshold / positive regulation of anterograde dense core granule transport / trans-synaptic signaling by BDNF / Regulation of MECP2 expression and activity / catecholamine secretion / principal sensory nucleus of trigeminal nerve development ...cellular response to isoquinoline alkaloid / positive regulation of retrograde dense core granule transport / negative regulation of respiratory gaseous exchange / positive regulation of branching morphogenesis of a nerve / regulation of action potential firing threshold / positive regulation of anterograde dense core granule transport / trans-synaptic signaling by BDNF / Regulation of MECP2 expression and activity / catecholamine secretion / principal sensory nucleus of trigeminal nerve development / biogenic amine metabolic process / cardiolipin metabolic process / negative regulation of locomotion involved in locomotory behavior / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / regulation of triglyceride metabolic process / nervous system process involved in regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of dendrite extension / negative regulation of primary miRNA processing / proprioception / negative regulation of smooth muscle cell differentiation / HDACs deacetylate histones / Notch-HLH transcription pathway / fat pad development / neuromuscular process controlling posture / negative regulation of dendritic spine development / double-stranded methylated DNA binding / ventricular cardiac muscle tissue development / positive regulation of synaptic plasticity / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / phosphatidylcholine metabolic process / inositol metabolic process / Cytoprotection by HMOX1 / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / glucocorticoid metabolic process / unmethylated CpG binding / positive regulation of dendrite extension / ventricular system development / respiratory gaseous exchange by respiratory system / positive regulation of microtubule nucleation / olfactory bulb development / blastocyst hatching / striatum development / genomic imprinting / response to other organism / thalamus development / siRNA binding / neuron maturation / glutamine metabolic process / oligodendrocyte development / methyl-CpG binding / cellular response to potassium ion / neuromuscular process / lung alveolus development / response to ionizing radiation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / regulation of synapse organization / spinal cord development / negative regulation of astrocyte differentiation / positive regulation of dendritic spine development / startle response / response to dietary excess / dendrite development / histone reader activity / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / white fat cell differentiation / histone deacetylase complex / associative learning / positive regulation of glial cell proliferation / social behavior / adipose tissue development / long-term memory / behavioral fear response / multicellular organismal response to stress / glial cell proliferation / heterochromatin / lipid catabolic process / four-way junction DNA binding / synapse assembly / Notch signaling pathway / sensory perception of pain / transcription repressor complex / negative regulation of angiogenesis / cerebellum development / epigenetic regulation of gene expression / adult locomotory behavior / excitatory postsynaptic potential / post-embryonic development / learning / response to cocaine / hippocampus development / promoter-specific chromatin binding / chromatin DNA binding / molecular condensate scaffold activity / brain development / visual learning / regulation of synaptic plasticity / beta-catenin binding / cerebral cortex development / response to lead ion / memory
類似検索 - 分子機能
F-box-like/WD repeat-containing protein Ebi-like / Methyl-CpG binding protein MeCP2 / LisH / Methyl-CpG binding protein MeCP2/MBD4 / Lissencephaly type-1-like homology motif / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain ...F-box-like/WD repeat-containing protein Ebi-like / Methyl-CpG binding protein MeCP2 / LisH / Methyl-CpG binding protein MeCP2/MBD4 / Lissencephaly type-1-like homology motif / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
F-box-like/WD repeat-containing protein TBL1XR1 / Methyl-CpG-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.493 Å
データ登録者Kruusvee, V. / Cook, A.G.
資金援助 英国, 7件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G1000520/1 英国
Wellcome Trust091580 英国
Wellcome Trust107930 英国
Wellcome Trust092076 英国
Wellcome Trust095822 英国
Wellcome Trust108504 英国
Rett Syndrome TrustGrant to APB 英国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structure of the MeCP2-TBLR1 complex reveals a molecular basis for Rett syndrome and related disorders.
著者: Kruusvee, V. / Lyst, M.J. / Taylor, C. / Tarnauskaite, Z. / Bird, A.P. / Cook, A.G.
履歴
登録2017年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月5日Group: Database references
改定 1.22017年4月26日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F-box-like/WD repeat-containing protein TBL1XR1
B: F-box-like/WD repeat-containing protein TBL1XR1
C: F-box-like/WD repeat-containing protein TBL1XR1
D: F-box-like/WD repeat-containing protein TBL1XR1
E: Methyl-CpG-binding protein 2
F: Methyl-CpG-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,22825
ポリマ－181,4786
非ポリマー1,75019
水9,260514
1
A: F-box-like/WD repeat-containing protein TBL1XR1
E: Methyl-CpG-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4799
ポリマ－46,8342
非ポリマー6457
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area14740 Å2
手法PISA
2
B: F-box-like/WD repeat-containing protein TBL1XR1
F: Methyl-CpG-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2957
ポリマ－46,8342
非ポリマー4605
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area14270 Å2
手法PISA
3
C: F-box-like/WD repeat-containing protein TBL1XR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9972
ポリマ－43,9051
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13780 Å2
手法PISA
4
D: F-box-like/WD repeat-containing protein TBL1XR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4577
ポリマ－43,9051
非ポリマー5536
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area520 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area14170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.628, 58.643, 155.101
Angle α, β, γ (deg.)97.63, 91.17, 90.24
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
F-box-like/WD repeat-containing protein TBL1XR1 / Nuclear receptor corepressor/HDAC3 complex subunit TBLR1 / TBL1-related protein 1 / Transducin beta- ...Nuclear receptor corepressor/HDAC3 complex subunit TBLR1 / TBL1-related protein 1 / Transducin beta-like 1X-related protein 1


分子量: 43904.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tbl1xr1, Ira1, Tblr1 / プラスミド: pFL
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8BHJ5
#2: タンパク質・ペプチド Methyl-CpG-binding protein 2 / MeCp2


分子量: 2929.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9Z2D6
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 514 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.9 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM MOPS pH 7.5 PEG 3350 18%

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.493→49.64 Å / Num. obs: 50648 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 33.53 Å2 / CC1/2: 0.973 / Rmerge(I) obs: 0.08474 / Rsym value: 0.1099 / Net I/σ(I): 9.91
反射 シェル解像度: 2.493→2.582 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.4429 / Mean I/σ(I) obs: 2.27 / Num. unique obs: 4583 / CC1/2: 0.686 / Rsym value: 0.5735 / % possible all: 88

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LG9

4lg9


解像度: 2.493→49.639 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.67
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 2511 4.96 %randomly and uniformly distributed
Rwork0.203 ---
obs0.2053 50632 97.49 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.493→49.639 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9772 0 114 514 10400
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00410095
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70713771
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7685757
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531560
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061779
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4927-2.54060.36171250.28422147X-RAY DIFFRACTION79
2.5406-2.59250.28851400.25212717X-RAY DIFFRACTION98
2.5925-2.64880.33341310.25052686X-RAY DIFFRACTION97
2.6488-2.71050.27691270.24892700X-RAY DIFFRACTION99
2.7105-2.77820.2811700.23812669X-RAY DIFFRACTION98
2.7782-2.85330.33011380.23482676X-RAY DIFFRACTION98
2.8533-2.93730.27761300.23442704X-RAY DIFFRACTION98
2.9373-3.03210.26881210.21932767X-RAY DIFFRACTION98
3.0321-3.14040.27971040.20832710X-RAY DIFFRACTION99
3.1404-3.26620.24541640.19252690X-RAY DIFFRACTION98
3.2662-3.41480.23471300.19352672X-RAY DIFFRACTION99
3.4148-3.59480.221490.19062713X-RAY DIFFRACTION98
3.5948-3.81990.1961260.17772738X-RAY DIFFRACTION99
3.8199-4.11470.23371300.17942695X-RAY DIFFRACTION99
4.1147-4.52850.20951530.16582749X-RAY DIFFRACTION99
4.5285-5.18320.20831680.16912698X-RAY DIFFRACTION99
5.1832-6.5280.25331580.22292694X-RAY DIFFRACTION99
6.528-49.64880.28371470.22652696X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.14640.0442-0.49322.10470.14551.4862-0.0034-0.2368-0.01340.0481-0.10490.0141-0.0061-0.16380.07290.1859-0.0363-0.03220.23850.00960.2218-4.872737.03752.2946
23.93010.4971-1.13422.17742.91094.7490.2527-0.2310.56330.1468-0.02660.4624-0.244-0.4532-0.26770.17860.01960.04540.4157-0.03190.3606-6.87647.679355.5389
30.73910.4833-0.47271.2215-0.00531.2452-0.0027-0.0740.00470.0170.0293-0.03910.040.0121-0.02710.11640.0082-0.05540.1662-0.00340.27218.8437.921339.9042
41.1826-0.3026-0.31971.60750.48111.2423-0.1562-0.0863-0.02420.13630.09890.03130.12580.31370.02740.18960.0385-0.01310.2807-0.0210.270737.501162.9632-0.6534
53.91810.64410.28893.5630.38953.2265-0.02390.31520.027-0.2990.1458-0.1832-0.05080.3017-0.16990.17930.0057-0.00880.30870.00250.237232.343770.0234-6.917
60.1877-0.6301-0.23842.43010.483.8257-0.07270.30680.1032-0.04450.2651-0.3259-0.33120.4373-0.0740.1988-0.01010.00130.25580.02480.300828.198579.3634-0.3726
71.1716-0.4009-0.60380.526-0.29011.2708-0.00220.3912-0.122-0.15140.1283-0.2057-0.13850.0195-0.05830.2046-0.0227-0.0780.2757-0.00960.342520.959179.92221.2372
82.8968-0.6517-0.61132.5395-0.7690.6766-0.14630.02480.0161-0.12120.2081-0.1774-0.1751-0.17830.0660.274-0.0032-0.01260.12060.00460.356916.088285.10046.6306
90.70060.11890.23960.8742-0.06852.10270.01610.06950.08950.0660.10110.0435-0.1716-0.0066-0.04610.1932-0.0012-0.01520.18070.00790.27513.326173.727815.931
102.1318-0.4226-0.00791.80340.33832.2086-0.07590.0349-0.13670.02840.01850.07590.13570.04720.04050.1893-0.003-0.04980.1644-0.0030.308117.011459.427416.5194
111.3497-0.3088-0.68281.9845-0.61763.1718-0.11320.0495-0.18870.20180.01350.03750.298-0.0496-0.01730.22070.022-0.03590.1654-0.00740.362824.912254.001511.3477
121.78781.1375-0.21583.1648-0.14431.60520.0699-0.16140.01720.0492-0.1379-0.02290.16320.150.04740.14830.0438-0.01680.2121-0.01570.279932.428854.71376.6733
136.72091.67442.34322.20160.42774.07380.07850.4711-0.0123-0.00630.1190.26730.50150.0779-0.12430.20110.0386-0.01780.2107-0.05060.262332.584758.9126-2.3612
142.2384-0.49050.20162.27070.59333.44980.13920.02990.26370.1051-0.07210.0367-0.3783-0.5349-0.13170.42820.0970.0870.40530.00040.266432.221957.393866.8722
150.2336-0.3645-0.25380.6899-0.04711.78750.18430.1350.3439-0.1145-0.00640.1959-1.3843-1.0753-0.33161.08540.39850.24520.74050.0860.422525.637771.418568.1776
164.6612-2.1092-0.68083.0855-1.99732.59420.06220.1570.3340.4632-0.03450.16-0.9739-0.75760.08441.17180.56350.16930.84040.16310.461622.926676.215865.158
174.1222-0.0419-0.00133.50920.49432.56-0.11410.04340.38390.0038-0.08850.6726-1.8409-0.85230.05431.4060.53210.2240.88080.06440.56522.791179.505676.354
180.9466-0.026-0.20671.24751.2082.46220.122-0.03060.21360.49280.02460.0769-0.7091-0.5029-0.08371.02260.20510.17790.63820.0360.334829.674663.511389.063
192.66520.4129-0.56051.7268-0.58322.64210.0242-0.03650.2803-0.23740.175-0.2596-0.84420.8042-0.20560.5594-0.21210.08780.5135-0.04470.3016-2.045228.9437-17.8403
201.00020.3589-0.25620.1355-0.17140.83630.2919-0.19450.29140.3357-0.1304-0.1535-1.34850.7805-0.22581.5641-0.74270.30191.0437-0.13550.64187.269845.1182-21.4269
212.24430.4271-1.07680.39240.00930.66090.3260.32670.7096-0.2949-0.1053-0.1266-1.3020.378-0.27132.0021-0.45670.23410.97070.0190.6345.769948.9264-36.0637
222.5047-0.00350.76092.3501-1.75251.53760.46190.6750.5649-0.1198-0.09730.0471-1.26590.315-0.36571.2971-0.22420.14570.78160.0420.32351.048637.8474-43.0673
232.54770.0855-1.4220.9983-0.65343.68340.06340.46830.2321-0.54690.2348-0.1147-0.49420.0233-0.26590.7554-0.14470.08320.6832-0.06650.2953-2.990726.0926-39.2322
243.56713.2249-3.23176.72862.2389.9091-0.25781.21070.8508-1.45410.5131.4322-0.9429-1.3268-0.17720.4351-0.0323-0.12760.38060.06990.353-7.821441.083232.1365
252.49962.6187-2.75294.3172-0.20227.594-0.09730.28180.41110.0155-0.1330.4116-0.2328-0.52830.05410.1447-0.0753-0.02760.40590.00730.5496-2.444945.132633.414
267.9533-3.7994-2.59644.2176-1.73974.54420.1175-0.53680.48330.4838-0.2441-1.2951-0.6371.15580.09070.33960.0822-0.15720.6405-0.12380.545237.243870.57416.2563
277.78521.370.7010.5855-0.55544.0089-0.1018-0.20640.79650.1289-0.0704-0.4393-0.5070.89310.10370.1512-0.0593-0.0630.3508-0.00090.570232.132174.527116.3402
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 155 through 197 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 198 through 227 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 228 through 513 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 155 through 177 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 178 through 211 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 212 through 253 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 254 through 285 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 286 through 304 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 305 through 368 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 369 through 428 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 429 through 461 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 462 through 491 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 492 through 514 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 158 through 262 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 263 through 285 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 286 through 304 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 305 through 342 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 343 through 513 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 159 through 274 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 275 through 326 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 327 through 384 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 385 through 419 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 420 through 512 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 297 through 302 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 303 through 307 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 298 through 302 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 303 through 307 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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