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万見
- PDB-5n9z: Rubisco from Thalassiosira hyalina -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n9z
タイトルRubisco from Thalassiosira hyalina
要素
  • Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
  • Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase small subunit
キーワードPHOTOSYNTHESIS / CARBON DIOXIDE FIXATION / PHOTORESPIRATION
機能・相同性
機能・相同性情報


ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / plastid / photosynthesis / monooxygenase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site ...Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Alpha-Beta Plaits / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / Ribulose-bisphosphate carboxylase / Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Thalassiosira hyalina (珪藻)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.899 Å
データ登録者Andersson, I. / Valegard, K.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
European UnionQLK3-CT-2002-01945 スウェーデン
Formas スウェーデン
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural and functional analyses of Rubisco from arctic diatom species reveal unusual posttranslational modifications.
著者: Valegard, K. / Andralojc, P.J. / Haslam, R.P. / Pearce, F.G. / Eriksen, G.K. / Madgwick, P.J. / Kristoffersen, A.K. / van Lun, M. / Klein, U. / Eilertsen, H.C. / Parry, M.A.J. / Andersson, I.
履歴
登録2017年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02019年4月24日Group: Data collection / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp / entity_poly / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code
改定 3.02019年5月15日Group: Data collection / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
I: Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase small subunit
H: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
O: Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase small subunit
F: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
N: Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase small subunit
D: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
M: Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase small subunit
B: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
P: Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase small subunit
C: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
J: Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase small subunit
E: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
K: Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase small subunit
G: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
L: Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)567,59553
ポリマ－563,32416
非ポリマー4,27137
水55,9913108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area116910 Å2
ΔGint-426 kcal/mol
Surface area119780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.992, 219.986, 124.274
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 16分子 AHFDBCEGIONMPJKL

#1: タンパク質
Ribulose bisphosphate carboxylase large chain


分子量: 54432.645 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira hyalina (珪藻)
参照: UniProt: A0A384E0M2*PLUS, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: タンパク質
Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase small subunit


分子量: 15982.861 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thalassiosira hyalina (珪藻) / 参照: UniProt: A0A384E0M3*PLUS

-
糖 , 1種, 8分子

#4: 糖
ChemComp-CAP / 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / 2-カルボキシ-D-アラビニト-ル1,5-ビスりん酸


タイプ: saccharide / 分子量: 356.115 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O13P2

-
非ポリマー , 3種, 3137分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 26% PRG4000, 0.1M HEPES pH 8.5, 0.1M sodium chloride, 0.005M magnesium chloride, 0.01M sodium hydrogen carbonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.899→97.9 Å / Num. obs: 432731 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.251 / Num. unique obs: 42903 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
Oモデル構築
精密化解像度: 1.899→62.029 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1822 21704 5.02 %
Rwork0.1505 --
obs0.1521 432437 99.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.899→62.029 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数39040 0 254 3108 42402
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00740316
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97354758
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.77723597
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0725927
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057061
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8993-1.92090.22255960.178612948X-RAY DIFFRACTION94
1.9209-1.94350.22157130.175913681X-RAY DIFFRACTION99
1.9435-1.96720.20977330.17113598X-RAY DIFFRACTION99
1.9672-1.99210.21727380.163113512X-RAY DIFFRACTION99
1.9921-2.01830.21417520.164113576X-RAY DIFFRACTION99
2.0183-2.0460.20997520.159213644X-RAY DIFFRACTION99
2.046-2.07520.20227260.158513612X-RAY DIFFRACTION99
2.0752-2.10620.20227150.157913732X-RAY DIFFRACTION99
2.1062-2.13910.20116910.156713604X-RAY DIFFRACTION99
2.1391-2.17420.20587530.157813621X-RAY DIFFRACTION99
2.1742-2.21160.20957380.155613648X-RAY DIFFRACTION99
2.2116-2.25190.20437340.15613683X-RAY DIFFRACTION99
2.2519-2.29520.18947260.15613697X-RAY DIFFRACTION99
2.2952-2.3420.18257060.152613730X-RAY DIFFRACTION99
2.342-2.3930.20076980.155513683X-RAY DIFFRACTION99
2.393-2.44860.19647510.158613702X-RAY DIFFRACTION99
2.4486-2.50990.18957360.15213675X-RAY DIFFRACTION99
2.5099-2.57770.20497590.156613751X-RAY DIFFRACTION99
2.5777-2.65360.18916850.154613756X-RAY DIFFRACTION99
2.6536-2.73920.19397120.151213797X-RAY DIFFRACTION100
2.7392-2.83710.18866970.158513798X-RAY DIFFRACTION100
2.8371-2.95070.18447560.159313742X-RAY DIFFRACTION100
2.9507-3.0850.18727300.158513767X-RAY DIFFRACTION100
3.085-3.24760.18747170.157513861X-RAY DIFFRACTION100
3.2476-3.45110.17596950.157213846X-RAY DIFFRACTION100
3.4511-3.71750.17097610.146313776X-RAY DIFFRACTION100
3.7175-4.09160.15247530.130513833X-RAY DIFFRACTION100
4.0916-4.68350.13766850.119413885X-RAY DIFFRACTION100
4.6835-5.89990.15337370.134913895X-RAY DIFFRACTION100
5.8999-62.06210.15237590.14413680X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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