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- PDB-5oya: Unusual posttranslational modifications revealed in crystal struc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oya
タイトルUnusual posttranslational modifications revealed in crystal structures of diatom Rubisco.
要素
  • (Rubisco large ...) x 2
  • Rubisco small subunit
キーワードLYASE / PHOTOSYNTHESIS / CARBON DIOXIDE FIXATION / PHOTORESPIRATION
機能・相同性
機能・相同性情報


ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / plastid / chloroplast / monooxygenase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I ...Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Alpha-Beta Plaits / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / ribulose-bisphosphate carboxylase / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetoceros socialis (珪藻)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Valegard, K. / Andersson, I.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
European UnionQLK3-CT-2002-01945 スウェーデン
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural and functional analyses of Rubisco from arctic diatom species reveal unusual posttranslational modifications.
著者: Valegard, K. / Andralojc, P.J. / Haslam, R.P. / Pearce, F.G. / Eriksen, G.K. / Madgwick, P.J. / Kristoffersen, A.K. / van Lun, M. / Klein, U. / Eilertsen, H.C. / Parry, M.A.J. / Andersson, I.
履歴
登録2017年9月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年4月17日Group: Data collection / Other / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / pdbx_database_status / Item: _chem_comp.name / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rubisco large subunit
B: Rubisco large subunit
C: Rubisco large subunit
D: Rubisco large subunit
E: Rubisco large subunit
F: Rubisco large subunit
G: Rubisco large subunit
H: Rubisco large subunit
I: Rubisco small subunit
J: Rubisco small subunit
K: Rubisco small subunit
L: Rubisco small subunit
M: Rubisco small subunit
N: Rubisco small subunit
O: Rubisco small subunit
P: Rubisco small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)567,81058
ポリマ－563,22816
非ポリマー4,58242
水52,9642940
1
A: Rubisco large subunit
C: Rubisco large subunit
E: Rubisco large subunit
G: Rubisco large subunit
I: Rubisco small subunit
J: Rubisco small subunit
K: Rubisco small subunit
L: Rubisco small subunit
ヘテロ分子

A: Rubisco large subunit
C: Rubisco large subunit
E: Rubisco large subunit
G: Rubisco large subunit
I: Rubisco small subunit
J: Rubisco small subunit
K: Rubisco small subunit
L: Rubisco small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)567,79458
ポリマ－563,21216
非ポリマー4,58242
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area111750 Å2
ΔGint-352 kcal/mol
Surface area118250 Å2
手法PISA
2
B: Rubisco large subunit
D: Rubisco large subunit
F: Rubisco large subunit
H: Rubisco large subunit
M: Rubisco small subunit
N: Rubisco small subunit
O: Rubisco small subunit
P: Rubisco small subunit
ヘテロ分子

B: Rubisco large subunit
D: Rubisco large subunit
F: Rubisco large subunit
H: Rubisco large subunit
M: Rubisco small subunit
N: Rubisco small subunit
O: Rubisco small subunit
P: Rubisco small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)567,82658
ポリマ－563,24416
非ポリマー4,58242
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area111620 Å2
ΔGint-353 kcal/mol
Surface area118240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.170, 219.110, 220.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.19, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-638-

HOH

21A-876-

HOH

31D-633-

HOH

41H-649-

HOH

51H-651-

HOH

61H-901-

HOH

-
要素

-
Rubisco large ... , 2種, 8分子 ABDEFGHC

#1: タンパク質
Rubisco large subunit


分子量: 54490.707 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros socialis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A3B6UEF4*PLUS
#2: タンパク質 Rubisco large subunit


分子量: 54474.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros socialis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A3B6UEF4*PLUS

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 16分子 IJKLMNOP

#3: タンパク質
Rubisco small subunit


分子量: 15914.852 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros socialis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A3B6UEF5*PLUS
#5: 糖
ChemComp-CAP / 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / 2-カルボキシ-D-アラビニト-ル1,5-ビスりん酸


タイプ: saccharide / 分子量: 356.115 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O13P2

-
非ポリマー , 3種, 2974分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2940 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M Tris pH 7.5, 5%PGA, 15%PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→49.19 Å / Num. obs: 470418 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 6.58
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.669 / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
XDSdata processing
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Oモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MZ2

5mz2


解像度: 1.8→49.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 5.867 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.192 24759 5 %RANDOM
Rwork0.167 ---
obs0.168 470418 96.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20 Å20.54 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→49.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数38218 0 274 2940 41432
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01939457
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0236766
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5641.9653570
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1384324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.45.0094879
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.17223.4911819
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.727156194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.17715276
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.25818
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0244940
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.029436
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4471.03719456
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4471.03719455
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7681.55324300
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.7681.55324301
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.551.10520001
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.551.10520001
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.8831.63729261
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.6359.54348136
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.5258.95246774
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 1805 -
Rwork0.317 34296 -
obs--94.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.34040.085-0.07180.18570.03070.6326-0.07450.005-0.109-0.02370.0067-0.04140.26490.10940.06770.22480.04480.01750.0237-0.00020.05910.9509-35.1891102.5734
20.4132-0.05780.08220.29360.05780.6380.01820.1095-0.0327-0.1032-0.00570.02140.167-0.0374-0.01250.285-0.0208-0.050.1505-0.00730.063248.9807-4.2628-36.0924
30.26-0.0557-0.15210.1536-0.01940.55570.03760.08370.0184-0.0892-0.0048-0.0135-0.16610.017-0.03280.2204-0.0156-0.00920.07750.00650.012210.06857.742874.0779
40.43050.00930.12250.06770.01490.48580.0779-0.0448-0.12040.0129-0.00170.01330.446-0.1181-0.07620.4688-0.1088-0.08350.02940.02360.050647.3364-32.75056.776
50.52780.0186-0.15110.2911-0.00010.59850.101-0.05850.19590.03470.0064-0.0174-0.39210.1003-0.10730.5141-0.08710.04110.115-0.03070.17111.2536.3076116.969
60.31120.00520.12460.1026-0.02990.6804-0.0073-0.13240.01510.08480.00790.01140.0171-0.2003-0.00070.16590.0014-0.01760.1293-0.00720.009646.480710.255735.3426
70.49060.0307-0.17760.2847-0.00860.7539-0.0037-0.1635-0.03930.10340.0033-0.0356-0.00480.22160.00040.23680.005-0.05310.20710.00620.066412.0745-6.72145.4945
80.46780.1022-0.01290.4424-0.0710.7805-0.02620.01920.1428-0.02440.00780.0534-0.2788-0.10890.01840.30540.0415-0.06980.10170.00230.138747.791838.7177-7.5853
90.42130.0175-0.17540.358-0.04480.6573-0.0405-0.0081-0.0754-0.0565-0.0006-0.09860.10060.34780.04110.08680.06390.00710.216-0.00120.042638.4608-19.995293.6548
100.49110.0444-0.18370.4093-0.05480.830.0558-0.03930.0608-0.0492-0.0156-0.0945-0.24730.3496-0.04030.1832-0.14720.02980.1771-0.01680.033938.237615.850388.261
110.69530.0283-0.0810.3713-0.15180.40250.0809-0.2170.12050.1475-0.0022-0.133-0.24990.3493-0.07870.3795-0.209-0.02040.455-0.08510.20139.352421.2059124.1267
120.7652-0.0802-0.2250.2390.05030.7455-0.0229-0.2058-0.15950.0828-0.0177-0.11520.12420.48370.04060.2360.0358-0.07370.46710.01880.179239.5597-14.6848129.5161
130.76410.08490.16250.207-0.06690.73980.02540.0267-0.1726-0.0941-0.02320.10220.287-0.3279-0.00210.3292-0.1406-0.08560.32460.00470.180220.6095-12.3192-21.982
140.3897-0.04860.09450.18770.06540.61170.0526-0.1255-0.07660.0453-0.01240.05040.298-0.4115-0.04010.2336-0.2374-0.03730.3070.05290.031719.3161-17.687213.8606
150.386-0.06540.07930.52390.16450.969-0.0204-0.11780.04840.0435-0.00390.0545-0.0711-0.48320.02430.06570.0455-0.01020.3141-0.01530.01719.079418.214419.2792
160.7007-0.00820.13060.38490.10690.4707-0.02990.08730.1225-0.12010.02240.1341-0.1265-0.35130.00760.25660.0671-0.07740.38630.01130.181520.305523.4919-16.6185
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A16 - 483
2X-RAY DIFFRACTION2B15 - 483
3X-RAY DIFFRACTION3C16 - 483
4X-RAY DIFFRACTION4D16 - 483
5X-RAY DIFFRACTION5E15 - 483
6X-RAY DIFFRACTION6F15 - 483
7X-RAY DIFFRACTION7G15 - 483
8X-RAY DIFFRACTION8H16 - 483
9X-RAY DIFFRACTION9I1 - 139
10X-RAY DIFFRACTION10J1 - 139
11X-RAY DIFFRACTION11K1 - 139
12X-RAY DIFFRACTION12L1 - 139
13X-RAY DIFFRACTION13M1 - 139
14X-RAY DIFFRACTION14N1 - 139
15X-RAY DIFFRACTION15O1 - 139
16X-RAY DIFFRACTION16P1 - 139

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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