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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5n8y | ||||||
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タイトル | KaiCBA circadian clock backbone model based on a Cryo-EM density | ||||||
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![]() | TRANSFERASE / AAA+-ATPase / Kinase / Circadian Clock Complex / Cyanobacteria / Fold-switch | ||||||
機能・相同性 | ![]() detection of redox state / regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of protein dephosphorylation / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / negative regulation of phosphorylation / positive regulation of circadian rhythm / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / regulation of circadian rhythm ...detection of redox state / regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of protein dephosphorylation / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / negative regulation of phosphorylation / positive regulation of circadian rhythm / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / regulation of circadian rhythm / circadian rhythm / non-specific serine/threonine protein kinase / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å | ||||||
![]() | Schuller, J.M. / Snijder, J. / Loessl, P. / Heck, A.J.R. / Foerster, F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of the cyanobacterial circadian oscillator frozen in a fully assembled state. 著者: Joost Snijder / Jan M Schuller / Anika Wiegard / Philip Lössl / Nicolas Schmelling / Ilka M Axmann / Jürgen M Plitzko / Friedrich Förster / Albert J R Heck / ![]() ![]() 要旨: Cyanobacteria have a robust circadian oscillator, known as the Kai system. Reconstituted from the purified protein components KaiC, KaiB, and KaiA, it can tick autonomously in the presence of ...Cyanobacteria have a robust circadian oscillator, known as the Kai system. Reconstituted from the purified protein components KaiC, KaiB, and KaiA, it can tick autonomously in the presence of adenosine 5'-triphosphate (ATP). The KaiC hexamers enter a natural 24-hour reaction cycle of autophosphorylation and assembly with KaiB and KaiA in numerous diverse forms. We describe the preparation of stoichiometrically well-defined assemblies of KaiCB and KaiCBA, as monitored by native mass spectrometry, allowing for a structural characterization by single-particle cryo-electron microscopy and mass spectrometry. Our data reveal details of the interactions between the Kai proteins and provide a structural basis to understand periodic assembly of the protein oscillator. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 648.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 427.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 946.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1002.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 102.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 165.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58072.773 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: kaiC, Synpcc7942_1216, see0011 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q79PF4, non-specific serine/threonine protein kinase #2: タンパク質 | 分子量: 11450.387 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: kaiB, Synpcc7942_1217, see0010 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 32666.199 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: kaiA, Synpcc7942_1218, see0009 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: KaiCBA circadian clock complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER |
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 15.2 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 32498 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT |