[日本語] English
万見
- PDB-5n6y: Azotobacter vinelandii vanadium nitrogenase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n6y
タイトルAzotobacter vinelandii vanadium nitrogenase
要素(Nitrogenase vanadium-iron protein ...) x 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / nitrogenase metalloenzyme biological nitrogen fixation
機能・相同性
機能・相同性情報


vanadium-iron nitrogenase complex / vanadium ion binding / nitrogenase / : / nitrogenase activity / nitrogen fixation / iron-sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrogenase vanadium-iron protein, alpha chain / Nitrogenase vanadium-iron, delta subunit / Nitrogenase vanadium-iron protein beta chain / Vanadium/alternative nitrogenase delta subunit / Vanadium/alternative nitrogenase delta subunit / Nitrogenase alpha chain / Nitrogenase component 1, alpha chain / Nitrogenase component 1, conserved site / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 2. / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 1. ...Nitrogenase vanadium-iron protein, alpha chain / Nitrogenase vanadium-iron, delta subunit / Nitrogenase vanadium-iron protein beta chain / Vanadium/alternative nitrogenase delta subunit / Vanadium/alternative nitrogenase delta subunit / Nitrogenase alpha chain / Nitrogenase component 1, alpha chain / Nitrogenase component 1, conserved site / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 2. / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 1. / Nitrogenase/oxidoreductase, component 1 / Nitrogenase component 1 type Oxidoreductase / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C Fe7 S8 V / FE(8)-S(7) CLUSTER / CARBONATE ION / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / Nitrogenase vanadium-iron protein alpha chain / Nitrogenase vanadium-iron protein beta chain / Nitrogenase vanadium-iron protein delta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Sippel, D. / Einsle, O.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
European Research Council310656 ドイツ
German Research FoundationRTG 1976 ドイツ
German Research FoundationEI-520/10 ドイツ
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: The structure of vanadium nitrogenase reveals an unusual bridging ligand.
著者: Sippel, D. / Einsle, O.
履歴
登録2017年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02017年9月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity_poly / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _entity_poly.pdbx_strand_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_comp_id / _struct_site_gen.label_seq_id / _struct_site_gen.pdbx_num_res / _struct_site_gen.site_id
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nitrogenase vanadium-iron protein alpha chain
E: Nitrogenase vanadium-iron protein beta chain
C: Nitrogenase vanadium-iron protein delta chain
D: Nitrogenase vanadium-iron protein alpha chain
B: Nitrogenase vanadium-iron protein beta chain
F: Nitrogenase vanadium-iron protein delta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,75118
ポリマ－240,3586
非ポリマー3,39312
水40,5162249
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33260 Å2
ΔGint-179 kcal/mol
Surface area62600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.250, 79.790, 106.970
Angle α, β, γ (deg.)84.06, 72.62, 75.15
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
Nitrogenase vanadium-iron protein ... , 3種, 6分子 ADEBCF

#1: タンパク質 Nitrogenase vanadium-iron protein alpha chain / Dinitrogenase 2 subunit alpha / Nitrogenase component I


分子量: 53951.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定)
遺伝子: vnfD / 発現宿主: Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定) / 参照: UniProt: P16855, nitrogenase
#2: タンパク質 Nitrogenase vanadium-iron protein beta chain / Dinitrogenase 2 subunit beta / Nitrogenase component I


分子量: 52839.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定)
遺伝子: vnfK / 発現宿主: Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定) / 参照: UniProt: P16856, nitrogenase
#3: タンパク質 Nitrogenase vanadium-iron protein delta chain / Dinitrogenase 2 subunit delta / Nitrogenase component I


分子量: 13387.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定)
遺伝子: vnfG / 発現宿主: Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定) / 参照: UniProt: P16857, nitrogenase

-
非ポリマー , 6種, 2261分子

#4: 化合物 ChemComp-HCA / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / (2R)-2-ヒドロキシ-1,2,4-ブタントリカルボン酸


分子量: 206.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10O7
#5: 化合物 ChemComp-8P8 / C Fe7 S8 V


分子量: 710.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CFe7S8V
#6: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#7: 化合物 ChemComp-CLF / FE(8)-S(7) CLUSTER


分子量: 671.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe8S7
#8: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10-13 % (w/v) of polyethylene glycol 8000 15-20 % (v/v) of ethylene glycol 0.03 M MgCl2 0.1 mM ZnCl2 5 mM Na2S2O4 0.1 M of HEPES/NaOH pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月7日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→102.04 Å / Num. obs: 460593 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.35→1.39 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 1.048 / Num. unique obs: 32710 / CC1/2: 0.494 / Rpim(I) all: 0.78 / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.35→102.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.987 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / SU B: 1.881 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.041 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14595 23846 4.9 %RANDOM
Rwork0.10881 ---
obs0.11064 460593 96.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 18.371 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20.08 Å2-0.31 Å2
2---0.33 Å20.07 Å2
3---0.22 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.35→102.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16680 0 104 2249 19033
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.01917339
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0216339
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg4.0571.97723845
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.68337648
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.02852115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.40124.148827
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.97152981
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.10915110
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2980.22547
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.02119550
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023984
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2871.4718439
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2851.4718438
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4542.21510558
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4542.21510559
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9031.8538900
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.9041.8538894
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.3272.63312926
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.19321.40822285
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.8919.59620825
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.943333674
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free24.4725512
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.072534954
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 1670 -
Rwork0.275 32710 -
obs--92.29 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る