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万見
- PDB-5n6r: Solution structure of the Dbl-homology domain of Bcr-Abl -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n6r
タイトルSolution structure of the Dbl-homology domain of Bcr-Abl
要素Breakpoint cluster region protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Dbl-homology / helical bundle (ヘリックスバンドル) / Bcr-Abl (フィラデルフィア染色体) / leukemia (白血病) / transferase (転移酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of respiratory burst / negative regulation of cellular extravasation / negative regulation of macrophage migration / : / negative regulation of blood vessel remodeling / negative regulation of neutrophil degranulation / macrophage migration / neutrophil degranulation / intracellular protein transmembrane transport / renal system process ...negative regulation of respiratory burst / negative regulation of cellular extravasation / negative regulation of macrophage migration / : / negative regulation of blood vessel remodeling / negative regulation of neutrophil degranulation / macrophage migration / neutrophil degranulation / intracellular protein transmembrane transport / renal system process / regulation of vascular permeability / regulation of Rho protein signal transduction / focal adhesion assembly / definitive hemopoiesis / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / activation of GTPase activity / regulation of small GTPase mediated signal transduction / inner ear morphogenesis / small GTPase-mediated signal transduction / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / neuromuscular process controlling balance / homeostasis of number of cells / RHOA GTPase cycle / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / 食作用 / positive regulation of phagocytosis / keratinocyte differentiation / RAC1 GTPase cycle / Signaling by FGFR1 in disease / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / Schaffer collateral - CA1 synapse / brain development / modulation of chemical synaptic transmission / negative regulation of inflammatory response / actin cytoskeleton organization / protein tyrosine kinase activity / cellular response to lipopolysaccharide / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / 神経繊維 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / シグナル伝達 / protein-containing complex / extracellular exosome / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
PH domain / Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation / Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation domain superfamily / Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation domain / Abr/Bcr / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. ...PH domain / Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation / Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation domain superfamily / Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation domain / Abr/Bcr / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Rho GTPase activation protein / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / C2ドメイン / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2ドメイン / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Breakpoint cluster region protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS ONFORMERS, NUMBER CALCULATED : NULL
データ登録者Reckel, S. / Lohr, F. / Buchner, L. / Guntert, P. / Dotsch, V. / Hantschel, O.
資金援助 スイス, ドイツ, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_140913 スイス
European Union261863 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structural and functional dissection of the DH and PH domains of oncogenic Bcr-Abl tyrosine kinase.
著者: Sina Reckel / Charlotte Gehin / Delphine Tardivon / Sandrine Georgeon / Tim Kükenshöner / Frank Löhr / Akiko Koide / Lena Buchner / Alejandro Panjkovich / Aline Reynaud / Sara Pinho / ...著者: Sina Reckel / Charlotte Gehin / Delphine Tardivon / Sandrine Georgeon / Tim Kükenshöner / Frank Löhr / Akiko Koide / Lena Buchner / Alejandro Panjkovich / Aline Reynaud / Sara Pinho / Barbara Gerig / Dmitri Svergun / Florence Pojer / Peter Güntert / Volker Dötsch / Shohei Koide / Anne-Claude Gavin / Oliver Hantschel /
要旨: The two isoforms of the Bcr-Abl tyrosine kinase, p210 and p190, are associated with different leukemias and have a dramatically different signaling network, despite similar kinase activity. To ...The two isoforms of the Bcr-Abl tyrosine kinase, p210 and p190, are associated with different leukemias and have a dramatically different signaling network, despite similar kinase activity. To provide a molecular rationale for these observations, we study the Dbl-homology (DH) and Pleckstrin-homology (PH) domains of Bcr-Abl p210, which constitute the only structural differences to p190. Here we report high-resolution structures of the DH and PH domains and characterize conformations of the DH-PH unit in solution. Our structural and functional analyses show no evidence that the DH domain acts as a guanine nucleotide exchange factor, whereas the PH domain binds to various phosphatidylinositol-phosphates. PH-domain mutants alter subcellular localization and result in decreased interactions with p210-selective interaction partners. Hence, the PH domain, but not the DH domain, plays an important role in the formation of the differential p210 and p190 Bcr-Abl signaling networks.
履歴
登録2017年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: database_PDB_remark / pdbx_nmr_software / Item: _database_PDB_remark.text / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Breakpoint cluster region protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8441
ポリマ－24,8441
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area15380 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Breakpoint cluster region protein / Renal carcinoma antigen NY-REN-26


分子量: 24844.432 Da / 分子数: 1 / 断片: DH domain, UNP residues 487-702 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCR, BCR1, D22S11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P11274, non-specific serine/threonine protein kinase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic42D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic13D HNCO
1111isotropic13D HN(CA)CO
151isotropic13D HN(CA)CB
1121isotropic13D HN(COCA)CB
181isotropic13D CCH-TOCSY
1131isotropic13D (H)CC(CO)NH-TOCSY
1141isotropic13D H(CCCO)NH-TOCSY
161isotropic53D HN(CA)HA
171isotropic53D 1H-13C NOESY
1101isotropic33D 1H-15N NOESY
1151isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
1161isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
1171isotropic22D 1H-1H COSY
1181isotropic22D 1H-1H TOCSY
NMR実験の詳細Text: NULL

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 0.85 mM [U-13C; U-15N] DH, 90% H2O/10% D2O / Label: 15N,13C_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.85 mM / 構成要素: DH / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態イオン強度: 0.05 M / Label: conditions_1 / pH: 7.0 / 圧: AMBIENT Pa / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8003
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9004
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9505

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert P.structure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
FLYAGuntert P.chemical shift assignment
TopSpinBruker Biospincollection
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS ONFORMERS, NUMBER CALCULATED : NULL
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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