PDB-5n5g: Crystal structure of di-zinc metallo-beta-lactamase VIM-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5n5g

タイトル

Crystal structure of di-zinc metallo-beta-lactamase VIM-1

要素

Beta-lactamase VIM-1

キーワード

HYDROLASE / lactamase / carbapenemase / metallo

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactamase / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.292 Å

データ登録者

Salimraj, R. / Hinchliffe, P. / Spencer, J.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of VIM-1 complexes explain active site heterogeneity in VIM-class metallo-beta-lactamases.
著者: Salimraj, R. / Hinchliffe, P. / Kosmopoulou, M. / Tyrrell, J.M. / Brem, J. / van Berkel, S.S. / Verma, A. / Owens, R.J. / McDonough, M.A. / Walsh, T.R. / Schofield, C.J. / Spencer, J.

履歴

登録	2017年2月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月27日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5n5g.cif.gz	147 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5n5g.ent.gz	115.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5n5g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5n5g_validation.pdf.gz	432 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5n5g_full_validation.pdf.gz	432.5 KB	表示
XML形式データ	5n5g_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	5n5g_validation.cif.gz	21.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/5n5g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/5n5g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5n5hC 5n5iC 2wghS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2y8b-d 4ua4-1 4d1u-d 2y8a-d 4uwr-d 2y87-d 4b29-d 5nhz-1 4d1v-d 6tmc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase VIM-1

ヘテロ分子

27.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.760, 67.940, 40.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.01, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-lactamase VIM-1 / Class B carbapenemase VIM-1 / Metallo-beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase VIM-1 / Metallobeta- ...Class B carbapenemase VIM-1 / Metallo-beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase VIM-1 / Metallobeta-lactamase / VIM-1 / VIM-1 metallo-beta lactamase / VIM-1 metallo-beta-lactamase / VIM-1 protein 分子量: 26898.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: blaVIM, blaVIM-1 / プラスミド: pOPINE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q9XAY4
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-BCN / BICINE / N,N-ビス(2-ヒドロキシエチル)グリシン分子量: 163.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.16 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.03 M MgCl2, 0.03 M CaCl2, 0.1 M MOPS pH 7.5, 0.1 M HEPES sodium salt pH 7.50, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.29→40.26 Å / Num. obs: 53183 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.997 / R_pim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 1.29→1.31 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / CC_1/2: 0.763 / R_pim(I) all: 0.326 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2WGH

2wgh

解像度: 1.292→34.253 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.04

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1563	2502	4.71 %
R_work	0.1445	-	-
obs	0.1451	53159	99.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.292→34.253 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1734	0	14	317	2065

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1806
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.14	2476
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.359	640
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	282
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	329

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.292-1.3169	0.2649	132	0.223	2770	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3169-1.3437	0.2252	156	0.1934	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3437-1.373	0.2114	145	0.1787	2786	X-RAY DIFFRACTION	99
1.373-1.4049	0.1936	118	0.1741	2842	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4049-1.44	0.1736	118	0.1702	2838	X-RAY DIFFRACTION	100
1.44-1.479	0.1986	123	0.1582	2847	X-RAY DIFFRACTION	99
1.479-1.5225	0.1705	144	0.156	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5225-1.5716	0.1462	134	0.1571	2816	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5716-1.6278	0.1779	128	0.1515	2825	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6278-1.693	0.1599	154	0.1464	2799	X-RAY DIFFRACTION	99
1.693-1.77	0.1537	137	0.1403	2809	X-RAY DIFFRACTION	99
1.77-1.8633	0.1294	120	0.1379	2827	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8633-1.9801	0.1513	169	0.1359	2805	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9801-2.1329	0.1259	146	0.1298	2833	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1329-2.3475	0.1443	127	0.1331	2842	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3475-2.6871	0.1348	156	0.1318	2798	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6871-3.385	0.1668	155	0.1405	2803	X-RAY DIFFRACTION	99
3.385-34.265	0.1489	140	0.1395	2823	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9843	0.1682	-0.6253	1.7773	-0.587	2.4406	-0.0228	0.1516	-0.2625	-0.0569	-0.0599	-0.3999	0.2407	0.2554	0.0696	0.1058	0.0131	0.0071	0.1135	-0.0029	0.1914	12.874	-11.2589	51.9537
2	1.138	-0.2042	-0.3477	2.3632	0.087	1.5624	-0.0206	-0.0619	0.0083	-0.0105	0.0284	-0.0387	0.0518	-0.0271	-0.0069	0.0436	-0.0053	-0.005	0.0457	-0.0001	0.0592	4.3282	-7.9766	57.8321
3	6.0002	2.244	-1.4458	3.407	-0.7007	2.9294	0.1213	-0.2361	-0.038	0.0478	-0.0958	-0.1488	0.0157	0.2087	-0.0262	0.0705	0.0041	-0.0129	0.0764	0.0042	0.0832	11.2324	-10.7505	64.4141
4	1.3849	-0.1119	0.0073	1.0037	0.0938	0.8149	0.0136	-0.0092	-0.0098	0.0529	0.0141	0.0348	0.0025	-0.0297	-0.0256	0.0723	0.0077	0.0005	0.0738	-0.0061	0.0585	-6.1451	-4.2725	64.846
5	1.6071	-0.421	-0.384	0.3906	-0.1305	1.7773	-0.0096	0.0564	0.0239	-0.0841	-0.002	0.0252	-0.038	-0.1444	0.0076	0.0707	0.0075	-0	0.0789	0.0108	0.0652	-5.2031	-1.249	51.3559
6	4.769	3.7667	0.1787	6.4204	0.3841	1.6867	-0.218	0.2515	0.3465	-0.4923	0.2358	0.4342	-0.125	-0.3239	-0.0089	0.1316	0.0128	-0.0219	0.1714	0.0183	0.0843	-11.9748	1.7066	44.2517
7	2.8527	-1.1055	-0.1858	1.4778	0.07	2.3828	0.1008	0.1333	0.1718	-0.1438	-0.0691	-0.1859	-0.1774	0.1334	0.0032	0.1072	-0.0111	0.0076	0.093	0.0076	0.0764	2.3239	0.3126	45.9801
8	6.7471	2.1459	0.6619	6.437	0.1133	3.5643	-0.0796	0.3377	0.0564	-0.1299	0.0028	0.187	0.0734	-0.4872	0.0783	0.0925	-0.0224	0.0091	0.1575	-0.0013	0.0501	-6.9284	-4.8644	38.758

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 27 through 52 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 53 through 88 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 89 through 102 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 103 through 163 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 164 through 215 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 216 through 229 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 230 through 245 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 246 through 259 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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