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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5n4v | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human Pim-1 kinase in complex with a consensuspeptide and fragment like molekule 2-cyclopropyl-4,5-dimethylthieno[5,4-d]pyrimidine-6-carboxylic acid | ||||||
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![]() | TRANSFERASE / Serine Threonine Kinase / proto-oncogene / Fragment / PIM-1 / Consensus peptide | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of cardioblast proliferation / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / cellular detoxification / vitamin D receptor signaling pathway / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / transcription factor binding / ribosomal small subunit binding / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of TORC1 signaling ...positive regulation of cardioblast proliferation / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / cellular detoxification / vitamin D receptor signaling pathway / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / transcription factor binding / ribosomal small subunit binding / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of TORC1 signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / negative regulation of innate immune response / positive regulation of brown fat cell differentiation / protein serine/threonine kinase activator activity / regulation of transmembrane transporter activity / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / cellular response to type II interferon / manganese ion binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / protein autophosphorylation / protein stabilization / non-specific serine/threonine protein kinase / cell cycle / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Siefker, C. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A crystallographic fragment study with human Pim-1 kinase 著者: Siefker, C. / Heine, A. / Hardes, K. / Steinmetzer, A. / Klebe, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 132.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 102.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 459.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 459.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5mzlC ![]() 5n4nC ![]() 5n4oC ![]() 5n4rC ![]() 5n4uC ![]() 5n4xC ![]() 5n4yC ![]() 5n4zC ![]() 5n50C ![]() 5n51C ![]() 5n52C ![]() 5n5lC ![]() 5n5mC ![]() 5ndtC ![]() 3we8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35632.602 Da / 分子数: 1 / 変異: R250G / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Isofrom 2 of PIM-1 kinase / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P11309, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1592.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: PIM-1 consensus peptide / 由来: (合成) ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-8MW / |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: hexagonal rod |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: HEPES NaCl Glycerol DTT BIS-TRIS-propane PEG3350 Ethylene-glycol DMSO |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月27日 / 詳細: Silicon |
放射 | モノクロメーター: Si-111 crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918409 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 37578 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.65 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 13.54 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.96 Å / 冗長度: 6.84 % / Mean I/σ(I) obs: 2.69 / Num. unique obs: 5983 / CC1/2: 0.92 / Rrim(I) all: 0.524 / % possible all: 98.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3WE8 解像度: 1.85→41.872 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 19.81
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→41.872 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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