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万見
- PDB-5n4p: Human myelin P2, mutant I52T -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n4p
タイトルHuman myelin P2, mutant I52T
要素Myelin P2 protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / fatty acid binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane organization / cholesterol binding / fatty acid transport / fatty acid binding / myelin sheath / extracellular exosome / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Myelin P2 protein / Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MALATE / PALMITIC ACID / VACCENIC ACID / Myelin P2 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.533 Å
データ登録者Ruskamo, S. / Kursula, P.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Molecular mechanisms of Charcot-Marie-Tooth neuropathy linked to mutations in human myelin protein P2.
著者: Ruskamo, S. / Nieminen, T. / Kristiansen, C.K. / Vatne, G.H. / Baumann, A. / Hallin, E.I. / Raasakka, A. / Joensuu, P. / Bergmann, U. / Vattulainen, I. / Kursula, P.
履歴
登録2017年2月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell / Item: _reflns.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_CC_half
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myelin P2 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6524
ポリマ－14,9791
非ポリマー6733
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area7200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.844, 64.844, 101.148
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Myelin P2 protein / Peripheral myelin protein 2


分子量: 14979.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PMP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02689
#2: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#3: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#4: 化合物 ChemComp-VCA / VACCENIC ACID / (11E)-OCTADEC-11-ENOIC ACID / cis-バクセン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2.1 M DL-malic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→46 Å / Num. obs: 33053 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 28.17 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.053 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 1.53→1.63 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique all: 3233 / CC1/2: 0.728 / Rrim(I) all: 2.57 / Rsym value: 2.65 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BVM

4bvm


解像度: 1.533→45.852 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.69
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2007 1991 6.05 %
Rwork0.1701 --
obs0.1719 32933 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 135.04 Å2 / Biso mean: 39.9557 Å2 / Biso min: 0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.533→45.852 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1046 0 115 133 1294
Biso mean--47.88 41.43 -
残基数----133
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071251
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0551681
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042187
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005212
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14521
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5327-1.5710.44961350.47442084221996
1.571-1.61350.40961390.39482161230099
1.6135-1.6610.33571420.33362182232499
1.661-1.71460.2991370.28062161229899
1.7146-1.77590.25551400.235121632303100
1.7759-1.8470.2281410.212822052346100
1.847-1.93110.22671400.212321792319100
1.9311-2.03290.24391430.179622122355100
2.0329-2.16020.18181410.172521992340100
2.1602-2.3270.18561420.172622122354100
2.327-2.56120.18951440.171822302374100
2.5612-2.93170.21191450.180622502395100
2.9317-3.69340.19871470.150422802427100
3.6934-45.87210.16831550.136824242579100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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