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- PDB-5n4i: Crystal structure of OphA-DeltaC6 mutant W400A in complex with SAM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n4i
タイトルCrystal structure of OphA-DeltaC6 mutant W400A in complex with SAM
要素Peptide N-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
Tetrapyrrole methylase / Tetrapyrrole (Corrin/Porphyrin) Methylases / Tetrapyrrole methylase, subdomain 1 / Tetrapyrrole methylase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / MALONATE ION / S-ADENOSYLMETHIONINE / THIOCYANATE ION / Methyltransferase/ribosomally synthesized cyclic peptide omphalotin A precursor ophMA
類似検索 - 構成要素
生物種Omphalotus olearius (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Song, H. / Naismith, J.H.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2018
タイトル: A molecular mechanism for the enzymatic methylation of nitrogen atoms within peptide bonds.
著者: Song, H. / van der Velden, N.S. / Shiran, S.L. / Bleiziffer, P. / Zach, C. / Sieber, R. / Imani, A.S. / Krausbeck, F. / Aebi, M. / Freeman, M.F. / Riniker, S. / Kunzler, M. / Naismith, J.H.
履歴
登録2017年2月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7999
ポリマ－44,9131
非ポリマー8868
水4,234235
1
A: Peptide N-methyltransferase
ヘテロ分子

A: Peptide N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,59818
ポリマ－89,8262
非ポリマー1,77216
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_395-x-2,-y+4,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.885, 91.951, 162.181
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-502-

GOL

21A-831-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Peptide N-methyltransferase


分子量: 44913.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Omphalotus olearius (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2R2JFI9*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 243分子

#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#5: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.42 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.3-0.4 M KSCN, 0.1 M Bicine pH 9.0, 1.7-1.9 M sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→75.9 Å / Num. obs: 85158 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 1.59→1.62 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 1.545 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / CC1/2: 0.605 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5N0O

5n0o


解像度: 1.59→75.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 4.699 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20328 4159 5 %RANDOM
Rwork0.17253 ---
obs0.17411 79834 97.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.32 Å20 Å20 Å2
2---0.54 Å20 Å2
3---1.86 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.59→75.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3042 0 56 235 3333
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0193280
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3291.9844471
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9337012
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.175415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.47924.028144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.72515524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7041522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2494
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213709
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02648
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9693.1621642
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9383.1571638
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4214.7222065
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4214.7212066
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9723.4141637
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9713.4081635
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.3015.0222406
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.40538.6923630
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.16838.1353579
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.01136290
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free30.3815140
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.76756310
LS精密化 シェル解像度: 1.589→1.631 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.463 293 -
Rwork0.408 5585 -
obs--92.65 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -85.4731 Å / Origin y: 184.457 Å / Origin z: 27.4105 Å
111213212223313233
T0.0817 Å2-0.0115 Å2-0.001 Å2-0.0154 Å2-0.0043 Å2--0.0196 Å2
L0.319 °2-0.1322 °20 °2-1.1826 °2-0.0977 °2--0.3031 °2
S-0.0666 Å °-0.0067 Å °0.029 Å °-0.1778 Å °0.1212 Å °-0.0468 Å °-0.0084 Å °-0.0142 Å °-0.0546 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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