PDB-5n4a: Crystal structure of Chlamydomonas IFT80

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5n4a

タイトル

Crystal structure of Chlamydomonas IFT80

要素

Intraflagellar transport protein 80

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / cilium / intraflagellar transport / IFT80

機能・相同性

機能・相同性情報

intraciliary transport particle B / motile cilium / cilium assembly / cilium
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Taschner, M. / Mourao, A.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of intraflagellar transport protein 80 reveals a homo-dimer required for ciliogenesis.
著者: Taschner, M. / Lorentzen, A. / Mourao, A. / Collins, T. / Freke, G.M. / Moulding, D. / Basquin, J. / Jenkins, D. / Lorentzen, E.

履歴

登録	2017年2月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5n4a.cif.gz	313.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5n4a.ent.gz	255.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5n4a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5n4a_validation.pdf.gz	470.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5n4a_full_validation.pdf.gz	487.9 KB	表示
XML形式データ	5n4a_validation.xml.gz	35 KB	表示
CIF形式データ	5n4a_validation.cif.gz	53.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/5n4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/5n4a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3dpl-d 3jqp-5 3pur-1 1n1g-1 2x06-3 3puq-2 6kbd-d 2cxe-4 5g4i-d 3n9m-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Intraflagellar transport protein 80

ヘテロ分子

87.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.778, 195.403, 117.455
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Intraflagellar transport protein 80 分子量: 86611.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A5Z0S9
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン分子量: 88.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 734 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.14 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 50 mM MES pH 6.0 and 100 mM Na-oxalate, 18C cryo-protected by the addition of 30% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→47 Å / Num. obs: 173465 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 1.79→1.9 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 1.4 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 27521 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1647	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.79→46.925 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.19 / 位相誤差: 23.14

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2071	8705	5.02 %
R_work	0.1737	-	-
obs	0.1754	173479	99.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→46.925 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4921	0	84	734	5739

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5416
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.056	7384
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.713	1975
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	821
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	954

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7868-1.8071	0.363	256	0.3658	4841	X-RAY DIFFRACTION	87
1.8071-1.8284	0.3951	292	0.3476	5530	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8284-1.8507	0.3447	291	0.3189	5484	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8507-1.8741	0.3082	292	0.3049	5530	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8741-1.8988	0.3266	288	0.2987	5496	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8988-1.9248	0.3624	290	0.3188	5534	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9248-1.9523	0.3228	293	0.3022	5502	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9523-1.9814	0.2772	291	0.2668	5445	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9814-2.0124	0.2994	288	0.2494	5551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0124-2.0454	0.2416	292	0.2403	5494	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0454-2.0806	0.2352	293	0.2232	5578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0806-2.1185	0.2369	288	0.2117	5504	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1185-2.1592	0.2552	292	0.2045	5487	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1592-2.2033	0.2483	294	0.2104	5533	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2033-2.2512	0.2951	292	0.209	5525	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2512-2.3036	0.1992	295	0.1937	5516	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3036-2.3612	0.2321	298	0.1903	5547	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3612-2.425	0.2423	289	0.1968	5497	X-RAY DIFFRACTION	100
2.425-2.4964	0.2191	288	0.1769	5504	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4964-2.5769	0.2245	286	0.1702	5529	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5769-2.669	0.2006	288	0.1652	5526	X-RAY DIFFRACTION	100
2.669-2.7759	0.1986	292	0.1697	5530	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7759-2.9022	0.2326	287	0.1672	5449	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9022-3.0552	0.1713	296	0.152	5535	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0552-3.2466	0.178	289	0.149	5528	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2466-3.4972	0.1765	290	0.141	5520	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4972-3.8489	0.178	293	0.1354	5534	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8489-4.4055	0.1741	291	0.1287	5511	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4055-5.5491	0.1398	291	0.1222	5504	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5491-46.9415	0.1953	300	0.1691	5510	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 75.0856 Å / Origin y: 65.6063 Å / Origin z: 67.6085 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.175 Å²	0.008 Å²	-0.0284 Å²	-	0.1702 Å²	-0.0031 Å²	-	-	0.1952 Å²
L	0.4247 °²	0.0238 °²	0.0908 °²	-	0.9322 °²	-0.105 °²	-	-	1.0581 °²
S	0.0041 Å °	-0.0004 Å °	0.0044 Å °	-0.1638 Å °	-0.0251 Å °	-0.017 Å °	-0.0742 Å °	-0.041 Å °	0.0125 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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