PDB-5n3c: cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5n3c

タイトル

cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule Thiophene-3-Carboximidamide

要素

cAMP dependent protein kinase inhibitor alpha-like protein
cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

キーワード

TRANSFERASE / fragment / complex / serine threonine kinase / cAMP / kinase / PKA

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of protein processing / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / cellular response to cold / regulation of osteoblast differentiation / sperm capacitation / cAMP-dependent protein kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.772 Å

データ登録者

Siefker, C. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2020
タイトル: Fragment Binding to Kinase Hinge: If Charge Distribution and Local pK a Shifts Mislead Popular Bioisosterism Concepts.
著者: Oebbeke, M. / Siefker, C. / Wagner, B. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2017年2月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月14日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell Item: _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all
改定 1.2	2020年12月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5n3c.cif.gz	228.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5n3c.ent.gz	186.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5n3c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5n3c_validation.pdf.gz	471.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5n3c_full_validation.pdf.gz	475 KB	表示
XML形式データ	5n3c_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	5n3c_validation.cif.gz	26.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/5n3c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/5n3c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5n33C 5n3dC 5n3eC 5n3hC 5n3jC 5n3qC 5n3sC 6snnC 6snxC 6soxC 6spmC 6spsC 6spuC 6spyC 6ypsC 6z08C 6z44C 6zn0C 4wihS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5n3d-d 6ynb-d 5n1n-d 5n37-d 5n3e-d 5n3a-d 5n36-d 5mhi-d 5n1k-d 6yqj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (7) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (7) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (3)

登録構造単位

A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

B: cAMP dependent protein kinase inhibitor alpha-like protein

ヘテロ分子

43.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.513, 72.728, 108.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha 分子量: 41193.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Phosphorylation of S11, S140, T198 and S339 由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 遺伝子: PRKACA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P25321, cAMP-dependent protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド	cAMP dependent protein kinase inhibitor alpha-like protein 分子量: 1993.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: cAMP dependent protein kinase inhibitor peptide 由来: (合成) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: G3HK48*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-8M2 / [azanyl(thiophen-3-yl)methylidene]azanium 分子量: 127.187 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₇N₂S
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: MES-BIS-TRIS Mega8-Solution DTT EDTA LiCl Methanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月13日 / 詳細: Silicon
放射	モノクロメーター: Si-111 crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 45623 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.58 % / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 13.24
反射シェル	解像度: 1.77→1.88 Å / 冗長度: 6.41 % / Mean I/σ(I) obs: 3.06 / Num. unique obs: 7178 / CC_1/2: 0.87 / R_rim(I) all: 0.595 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4WIH

4wih

解像度: 1.772→45.59 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.22

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1958	2281	5 %
R_work	0.1782	-	-
obs	0.1791	45616	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.772→45.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2866	0	16	235	3117

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3074
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.894	4189
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.042	1832
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	446
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	547

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7723-1.8108	0.263	137	0.268	2604	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8108-1.8529	0.3006	138	0.2597	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8529-1.8993	0.3121	143	0.2776	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8993-1.9506	0.2588	141	0.2394	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9506-2.008	0.2383	140	0.1963	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.008-2.0729	0.2191	142	0.1881	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0729-2.1469	0.2408	141	0.1765	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1469-2.2329	0.1739	141	0.1654	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2329-2.3345	0.1772	143	0.1606	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3345-2.4576	0.1635	142	0.1584	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4576-2.6116	0.1725	142	0.1602	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6116-2.8132	0.1756	143	0.1644	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8132-3.0962	0.1911	144	0.1655	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0962-3.5441	0.1841	144	0.1704	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5441-4.4646	0.1675	146	0.1548	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4646-45.6048	0.1971	154	0.1882	2905	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.35	-0.086	-0.2631	0.262	-0.0973	0.2179	-0.0783	-0.2185	-0.1098	0.0286	-0.0065	0.0806	0.1869	0.3284	-0.0377	0.1476	-0.1209	0.0683	0.3325	-0.0274	0.1564	-8.9143	8.1895	-1.6065
2	0.4408	0.1908	-0.0169	0.3024	0.3224	0.5792	0.181	0.3528	-0.0649	-0.5624	-0.0031	0.6052	-0.3482	-0.1128	0.2921	0.13	-0.0143	-0.2005	0.3272	0.0283	0.4818	-23.3513	23.2819	-31.297
3	0.6181	-0.3785	0.1721	0.865	-0.3418	0.1434	0.1118	0.1817	-0.0404	-0.1115	-0.0504	0.2345	0.0242	-0.0567	0.0572	0.1076	0.0067	-0.0452	0.1785	-0.0276	0.1389	-14.4189	19.8678	-25.679
4	0.1756	-0.0381	0.0839	0.0914	-0.0177	0.0617	-0.0095	-0.0599	0.0212	0.1434	-0.0007	0.0112	0.0183	-0.1595	-0.0222	0.1444	-0.0251	0.0228	0.1008	0.0001	0.0854	-5.0792	18.7737	-10.4384
5	0.4634	0.1609	0.2996	0.7529	0.1177	0.323	-0.0024	0.0789	0.0297	-0.014	0.013	-0.0487	0.0124	0.015	-0.0021	0.0917	-0.0117	-0.0015	0.0601	0.0034	0.0812	0.9384	17.1104	-22.2817
6	0.3967	0.0921	0.2989	0.5585	0.2516	0.4609	0.012	-0.0966	-0.0103	0.2987	-0.0238	-0.1173	0.0957	0.0229	-0.1155	0.1564	-0.0049	-0.0193	0.0925	0.0092	0.0938	4.4606	19.8435	-7.8903
7	0.5564	-0.0114	-0.2912	0.3289	-0.0206	0.4921	0.4411	0.5304	0.0321	-0.4581	-0.1786	0.1655	-0.0871	0.0488	0.6469	0.2468	0.121	-0.2282	0.3339	-0.0253	0.2786	-19.0984	22.8421	-34.8019
8	0.0523	-0.052	0.0249	0.0348	-0.0201	0.0291	0.1829	0.2038	0.0237	-0.2581	-0.2232	-0.1776	0.2992	0.1248	-0.0006	0.2585	0.0194	-0.0144	0.1426	0.025	0.1806	0.863	22.7832	-31.5573

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 62 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 140 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 141 through 160 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 161 through 251 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 252 through 316 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 317 through 350 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 13 through 25 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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