PDB-5n2f: Structure of PD-L1/small-molecule inhibitor complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5n2f

タイトル

Structure of PD-L1/small-molecule inhibitor complex

要素

(Programmed cell death 1 ligand 1) x 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / PD-L1 / PD-1 / small-molecule inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of type II interferon production ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Guzik, K. / Zak, K.M. / Grudnik, P. / Dubin, G. / Holak, T.A.

資金援助

ポーランド, 7件

組織	認可番号	国
National Science Center	UMO-2012/06/A/ST5/00224	ポーランド
National Science Center	UMO-2014/12/W/NZ1/00457	ポーランド
National Science Center	UMO-2011/01/D/NZ1/01169	ポーランド
National Science Center	UMO-2012/07/E/NZ1/01907	ポーランド
National Science Center	UMO-2015/19/N/ST5/00347	ポーランド
National Science Center	UMO-2016/20/T/NZ1/00519	ポーランド
National Science Center	UMO-2015/19/D/NZ1/02009	ポーランド

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Small-Molecule Inhibitors of the Programmed Cell Death-1/Programmed Death-Ligand 1 (PD-1/PD-L1) Interaction via Transiently Induced Protein States and Dimerization of PD-L1.
著者: Guzik, K. / Zak, K.M. / Grudnik, P. / Magiera, K. / Musielak, B. / Torner, R. / Skalniak, L. / Domling, A. / Dubin, G. / Holak, T.A.

履歴

登録	2017年2月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5n2f.cif.gz	125.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5n2f.ent.gz	97.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5n2f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/5n2f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/5n2f	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5n2dC 5c3tS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5niu-2 5niu-1 6noj-d 6nm7-d 5j8o-d 6nos-d 6r3k-2 6nm8-d 6r3k-1 5j89-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#204 - 2016年12月
PD-1 (PD-1)
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終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
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HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (1)
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組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Programmed cell death 1 ligand 1

B: Programmed cell death 1 ligand 1

ヘテロ分子

29 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.815, 52.379, 111.526
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Programmed cell death 1 ligand 1 / Programmed death ligand 1 / B7 homolog 1 / B7-H1 分子量: 14402.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD274, B7H1, PDCD1L1, PDCD1LG1, PDL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZQ7
#2: タンパク質	Programmed cell death 1 ligand 1 / Programmed death ligand 1 / B7 homolog 1 / B7-H1 分子量: 14126.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD274, B7H1, PDCD1L1, PDCD1LG1, PDL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZQ7
#3: 化合物	ChemComp-8HW / 4-[[4-[[3-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl)-2-methyl-phenyl]methoxy]-2,5-bis(fluoranyl)phenyl]methylamino]-3-oxidanylidene-butanoic acid 分子量: 497.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₂₅F₂NO₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.01 M Tris pH 8.4 , 0.28 M sodium chloride, 27% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→36.84 Å / Num. all: 222441 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.026 / Net I/σ(I): 33.3
反射シェル	解像度: 1.7→1.761 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 12071 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5c3t

5c3t

解像度: 1.7→36.837 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2297	1664	4.87 %
R_work	0.1907	-	-
obs	0.1925	34155	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→36.837 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1947	0	36	271	2254

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2090
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.025	2852
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.407	1264
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	317
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	364

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.75	0.3451	103	0.2822	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.8065	0.3267	144	0.249	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8065-1.8711	0.2568	142	0.226	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8711-1.946	0.2656	151	0.2134	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
1.946-2.0346	0.2393	133	0.2028	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0346-2.1418	0.2597	130	0.2192	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1418-2.276	0.2559	152	0.2153	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.276-2.4517	0.2488	138	0.2124	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4517-2.6984	0.2769	146	0.216	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6984-3.0886	0.2344	168	0.2026	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0886-3.8907	0.1933	133	0.1705	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8907-36.8452	0.1882	124	0.1572	2910	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7545	1.2083	0.8129	1.4331	1.3084	2.533	0.1438	-0.1335	-0.1295	0.1598	-0.0333	-0.0894	0.0842	-0.2512	-0.1474	0.2187	0.0206	-0.0204	0.1789	-0.0105	0.2204	16.5649	7.178	125.6869
2	2.4578	-0.2281	0.4601	2.0343	1.0126	3.1571	0.1951	-0.1651	0.1003	0.2078	-0.0521	0.1451	0.214	-0.0133	-0.1111	0.2843	0.035	0.048	0.2031	0.0111	0.2568	17.9663	15.915	135.5387
3	5.2168	1.9151	1.0488	4.6978	0.2033	3.109	0.0817	0.5649	0.0069	-0.1045	0.3948	-0.6349	-0.3778	0.6518	-0.4834	0.2582	0.0167	0.0091	0.2296	-0.0495	0.298	25.5855	18.9991	125.7383
4	7.5926	0.3154	-0.4926	3.15	3.9347	5.0106	-0.3777	0.7352	1.6766	-0.2081	0.7689	-0.4947	-1.6497	0.2945	-0.4505	1.0363	-0.1045	-0.0758	0.3516	0.0624	0.4576	24.5747	26.0349	122.8329
5	6.9038	3.1498	-2.7856	7.9079	0.2249	1.4705	-0.0748	1.0759	0.7133	-1.1907	-0.0106	0.3309	-1.0044	1.1334	-0.0345	0.5523	-0.0591	-0.0673	0.7135	0.0908	0.2569	19.1527	19.9995	114.0609
6	3.2556	-0.3326	-2.145	1.0237	1.35	2.6991	0.2275	0.1046	-0.0186	0.0516	-0.0458	0.5034	-1.3526	-1.2466	-0.0057	0.3725	0.0952	-0.0226	0.3581	-0.0041	0.3492	13.8882	20.6021	130.7039
7	2.2969	1.309	2.8539	0.9958	2.0748	4.4093	-0.2019	0.1177	0.0393	-0.1063	0.0301	0.0013	-0.4512	0.2042	0.0722	0.2359	0.0197	-0.011	0.2378	0.0074	0.248	15.684	13.5789	118.7482
8	2.0171	1.822	2.9014	3.0751	5.086	8.8998	-0.0588	0.0482	0.0579	0.2291	0.1287	-0.0725	0.0526	0.1899	-0.2751	0.2662	0.0395	-0.0406	0.2244	-0.1071	0.2894	25.7913	13.3338	129.1942
9	5.6289	3.4604	2.1537	3.5849	2.4684	1.6754	-0.019	0.3127	-0.3605	0.1844	0.3495	-0.3129	0.0232	0.4972	-0.4764	0.2341	0.055	-0.0274	0.1739	-0.0519	0.2321	23.1472	6.5785	125.326
10	3.9158	3.9089	-0.6314	4.1332	0.0003	6.8108	-0.2633	0.298	0.2207	-0.5817	-0.0162	-0.7314	-0.6781	0.3945	0.2864	0.3458	-0.0255	0.0449	0.3251	0.0051	0.353	16.0178	5.6153	101.2903
11	1.9417	-0.3421	-1.5188	1.554	1.6175	2.3735	0.1176	-0.0629	0.3504	-0.0889	0.0556	-0.2044	-0.1845	0.0511	-0.1509	0.2196	-0.0103	-0.0031	0.2253	-0.0205	0.2404	48.4389	11.665	122.5388
12	0.6705	0.0343	0.0837	3.3762	1.2179	3.6576	-0.0417	-0.3872	0.2434	0.8658	-0.19	-0.384	-0.895	-0.005	-0.1538	0.6125	-0.0095	-0.116	0.3264	-0.1434	0.5173	45.562	22.4687	134.1875
13	5.5387	-1.4107	-1.4713	4.6612	1.8079	3.6058	0.06	-0.4217	-0.1994	0.4478	0.0617	0.1332	0.0566	-0.5346	0.0083	0.2347	-0.0072	-0.0154	0.2836	-0.0068	0.1974	38.9437	9.2192	132.829
14	3.6308	0.6325	0.169	5.4831	-4.0681	3.1264	-0.1497	-0.4778	-0.1912	0.6685	-0.287	-0.1089	-0.2581	-0.3403	0.3876	0.3199	-0.0465	-0.0133	0.2701	0.0064	0.3654	40.1436	3.0447	137.3715
15	5.2527	-3.94	0.2619	3.0235	-0.6303	2.7903	-0.1297	-0.79	-0.5486	0.8954	0.2962	-0.6557	0.4575	0.3192	0.073	0.3374	0.0275	0.0014	0.3587	-0.0128	0.3573	48.5964	2.7592	134.628
16	4.1763	4.3977	-0.8696	4.7098	-0.514	2.2522	-0.3787	-1.052	0.6354	1.0048	-0.2397	-2.0579	-0.3699	0.2661	0.4544	0.4277	-0.0227	-0.2007	0.3869	-0.1597	0.7335	49.9026	18.0865	135.901
17	4.336	-1.6995	-0.1735	4.8573	1.5426	3.0398	-0.015	-0.2332	-0.0311	0.2084	-0.0679	0.0351	-0.068	-0.1397	0.0899	0.1508	-0.0174	0.0029	0.2167	-0.0076	0.1397	43.4081	8.0656	127.0223
18	8.3733	-5.8961	-5.925	4.466	4.8365	6.1651	0.2397	0.3354	0.1833	-0.0633	-0.3653	-0.0083	-0.2307	-0.4642	0.3374	0.2211	-0.0005	-0.0014	0.2267	-0.048	0.1959	41.4521	12.0207	121.2676
19	1.7366	0.9252	2.1117	3.1123	3.6718	8.2831	-0.0977	-0.5735	-0.2368	0.6975	0.5473	0.0006	0.8868	-1.0313	-0.3354	0.2788	-0.0236	0.0043	0.2733	0.0854	0.2826	49.4161	-10.8137	114.2982

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 18 through 35 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 36 through 49 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 50 through 68 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 69 through 78 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 79 through 84 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 85 through 94 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 95 through 109 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 110 through 119 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 120 through 131 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 132 through 143 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 18 through 38 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 39 through 49 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 50 through 68 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 69 through 81 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 82 through 88 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 89 through 98 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 99 through 119 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 120 through 131 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 132 through 141 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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