PDB-5n2d: Structure of PD-L1/small-molecule inhibitor complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5n2d

タイトル

Structure of PD-L1/small-molecule inhibitor complex

要素

Programmed cell death 1 ligand 1

キーワード

CELL CYCLE / PD-L1 / PD-1 / small-molecule inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of type II interferon production ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Guzik, K. / Zak, K.M. / Grudnik, P. / Dubin, G. / Holak, T.A.

資金援助

ポーランド, 7件

組織	認可番号	国
National Science Center	UMO-2012/06/A/ST5/00224	ポーランド
National Science Center	UMO-2014/12/W/NZ1/00457	ポーランド
National Science Center	UMO-2011/01/D/NZ1/01169	ポーランド
National Science Center	UMO-2012/07/E/NZ1/01907	ポーランド
National Science Center	UMO-2015/19/N/ST5/00347	ポーランド
National Science Center	UMO-2016/20/T/NZ1/00519	ポーランド
National Science Center	UMO-2015/19/D/NZ1/02009	ポーランド

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Small-Molecule Inhibitors of the Programmed Cell Death-1/Programmed Death-Ligand 1 (PD-1/PD-L1) Interaction via Transiently Induced Protein States and Dimerization of PD-L1.
著者: Guzik, K. / Zak, K.M. / Grudnik, P. / Magiera, K. / Musielak, B. / Torner, R. / Skalniak, L. / Domling, A. / Dubin, G. / Holak, T.A.

履歴

登録	2017年2月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5n2d.ent.gz	176.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5n2d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5n2d_validation.pdf.gz	960.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5n2d_full_validation.pdf.gz	971.1 KB	表示
XML形式データ	5n2d_validation.xml.gz	22.7 KB	表示
CIF形式データ	5n2d_validation.cif.gz	31.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/5n2d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/5n2d	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5n2fC 5j89S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5niu-d 6r3k-d 5j89-d 1qwt-d 6jiw-1 6jis-1 4rmo-2 6rcz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#204 - 2016年12月
PD-1 (PD-1)
類似性 (5)
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終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
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類似性 (3)
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類似性 (1)
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組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Programmed cell death 1 ligand 1

B: Programmed cell death 1 ligand 1

C: Programmed cell death 1 ligand 1

D: Programmed cell death 1 ligand 1

ヘテロ分子

67.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.201, 85.734, 161.126
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Programmed cell death 1 ligand 1 / Programmed death ligand 1 / B7 homolog 1 / B7-H1 分子量: 16734.254 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD274, B7H1, PDCD1L1, PDCD1LG1, PDL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZQ7
#2: 化合物	ChemComp-8J8 / ~{N}-[2-[[2,6-dimethoxy-4-[(2-methyl-3-phenyl-phenyl)methoxy]phenyl]methylamino]ethyl]ethanamide 分子量: 448.554 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₂N₂O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M magnesium chloride, 30% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→42.87 Å / Num. all: 160996 / Num. obs: 23740 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 20.7
反射シェル	解像度: 2.35→2.434 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.305 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 16186 / CC_1/2: 0.962 / % possible all: 95.98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5j89

5j89

解像度: 2.35→42.87 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2672	1149	4.84 %
R_work	0.2102	-	-
obs	0.213	23740	96.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→42.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3843	0	66	171	4080

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4009
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.131	5451
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.156	2407
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	611
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	741

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.457	0.3265	117	0.254	2743	X-RAY DIFFRACTION	95
2.457-2.5865	0.3428	150	0.2531	2749	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5865-2.7485	0.3099	144	0.2562	2826	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7485-2.9607	0.3179	142	0.2477	2847	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9607-3.2586	0.3265	145	0.2408	2705	X-RAY DIFFRACTION	94
3.2586-3.7299	0.2639	158	0.2127	2901	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7299-4.6985	0.2279	146	0.1716	2833	X-RAY DIFFRACTION	96
4.6985-45.5235	0.211	147	0.1806	2987	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8748	0.5724	-0.2619	3.2087	-4.8267	8.1333	0.2594	0.1361	-0.28	-0.0015	-0.1908	-0.6547	0.2491	0.6852	0.0104	0.208	0.0136	0.0019	0.327	-0.1424	0.4002	-4.9588	13.9179	-34.7591
2	0.8358	0.4733	-0.8159	2.7939	-0.2104	1.4537	-0.0735	0.0393	-0.0476	-0.0197	0.1955	0.6925	-0.0048	-0.1069	-0.1479	0.1403	-0.0403	0.0082	0.3185	0.0294	0.425	-14.9604	16.1821	-34.0695
3	1.0081	1.7727	-0.4155	6.6945	-2.3724	1.6705	0.3172	-0.3882	0.2869	0.912	-0.5005	0.3672	-0.6189	-0.4722	-0.1205	0.3877	-0.0524	0.1711	0.4155	0.0548	0.4264	-18.2999	18.598	-24.2382
4	1.4941	-1.3907	0.9988	4.7227	0.1923	1.0537	0.1929	0.0007	-0.1959	0.8306	0.4578	0.9214	-0.3119	-0.7809	0.0688	0.6381	-0.055	0.3952	0.5379	0.0304	0.9507	-24.3058	14.3133	-23.4631
5	1.6246	-0.9771	0.5894	4.576	-0.1068	2.5681	-0.1193	-0.0318	0.1177	0.0224	0.3269	1.0548	-0.1318	-0.5226	-0.1689	0.2365	-0.0098	0.0086	0.3268	-0.0092	0.6323	-21.012	16.3575	-34.5874
6	1.4102	-0.4255	0.5554	3.8085	0.3359	2.2793	0.0627	0.0566	0.0589	0.1984	0.1777	0.9934	0.1408	-0.2072	-0.0551	0.1179	0.0385	0.0424	0.3427	-0.0087	0.3365	-14.9892	21.7594	-30.1132
7	2.8587	-3.6565	2.5577	8.1284	-3.9735	3.524	-0.368	0.1603	0.4124	0.3509	0.3067	-0.4411	-0.0361	0.0368	0.1699	0.1272	0.0025	0.063	0.275	-0.0017	0.2283	-8.381	23.1604	-31.6892
8	6.0896	1.1556	4.2716	7.623	-1.4835	3.705	0.4511	-0.5889	-0.2206	0.7115	0.3541	1.0924	-0.1421	-0.9607	-0.1829	0.2504	0.0412	0.1564	0.3752	0.0828	0.6431	-20.9257	43.6023	-32.9468
9	2.8408	0.2153	0.5203	6.9935	2.3598	5.0753	0.2088	-0.158	0.0808	0.2046	-0.3099	0.4412	0.2607	-1.0742	0.0336	0.2722	-0.1553	0.0297	0.4801	0.0788	0.2865	-13.7974	13.8295	-8.9164
10	2.1144	0.9212	-0.1724	2.4799	0.557	2.7685	-0.2399	0.0438	-0.212	0.7314	0.2045	0.0147	0.4182	-0.1618	0.1678	0.2201	0.0239	0.0228	0.2837	0.0618	0.2662	-3.6656	15.0719	-5.529
11	3.5245	0.5814	0.6642	1.7444	1.5374	3.0588	-0.5085	0.7267	-0.3852	-0.566	0.1845	0.2081	-0.0979	0.4317	0.3806	0.4533	-0.1419	0.0351	0.3722	-0.1007	0.3261	-1.4055	12.4293	-17.7201
12	3.5164	2.2279	2.3746	7.3601	-0.8001	2.5082	0.0444	0.2105	-1.3146	-0.6322	0.5465	-0.5992	0.3174	0.2608	0.3271	0.5349	-0.269	0.2554	0.6324	-0.2475	0.916	5.7876	9.8872	-19.0774
13	1.0677	0.6579	-0.9368	1.1862	-0.92	1.429	-0.124	0.3343	-0.2283	-0.3068	0.3316	-0.2561	0.0185	0.1425	0.1781	0.0944	-0.4681	0.427	0.6494	-0.3019	0.6614	8.9414	20.2698	-13.6945
14	0.0795	-0.6616	0.346	8.4248	-1.6648	6.9821	0.0258	-0.1168	-0.7471	0.9018	0.105	-0.8708	0.8281	0.8247	-0.0187	0.3147	0.0961	-0.0342	0.2978	-0.0353	0.356	0.2015	6.683	-6.5466
15	2.9367	1.7799	0.511	4.535	1.2353	3.0413	-0.1933	0.4485	-0.4594	0.2169	0.0955	-0.5781	0.065	0.2538	0.1057	0.2515	-0.0874	-0.0165	0.3285	0.0386	0.1454	-1.6983	17.5675	-11.3004
16	5.511	5.5963	6.0875	5.664	6.161	6.7389	-0.3738	0.2179	0.5796	-0.0635	-0.104	0.6822	-0.0533	-0.3301	0.3005	0.2556	-0.0725	-0.0119	0.3236	-0.0607	0.2023	-8.1539	21.6022	-11.3935
17	0.1847	-0.0941	-0.0113	0.0512	0.0019	-0.0015	0.1711	-0.6227	0.1057	0.5546	-0.1416	-0.9856	-0.2159	0.6766	0.1927	-0.125	-0.4481	-0.8818	0.4229	0.1099	0.4261	8.4803	38.3317	-7.3996
18	1.7024	1.0812	1.3296	3.7307	0.6757	1.3699	-0.083	0.0082	0.2286	-0.2003	0.2379	0.7696	-0.5289	-0.27	-0.0802	0.3173	0.0496	0.1161	0.223	0.0818	0.34	-11.739	53.0222	-34.6738
19	1.6295	1.9488	-0.097	6.0479	2.2112	2.7091	0.2128	-0.036	0.2111	0.5528	0.065	0.2997	-0.256	0.0174	-0.1941	0.4264	0.0572	0.0687	0.2406	-0.0013	0.2739	-4.8301	63.9318	-30.0625
20	4.3409	-0.2109	0.6496	7.2421	0.8378	2.8397	0.4697	0.2791	0.1628	1.063	-0.1152	-1.7018	0.4484	1.1473	0.0156	0.4945	0.0148	-0.1741	0.5925	-0.0263	0.4278	3.9283	58.0381	-28.5377
21	0.3584	0.3728	-0.4974	0.3913	-0.5284	0.7053	-0.3459	-0.8146	0.9396	0.8063	-0.1133	-1.4218	-0.1887	0.8793	-0.2002	0.8818	0.3625	-0.1792	1.0364	-0.4686	1.2845	6.6565	50.598	-33.9954
22	0.2721	0.6617	0.0186	7.3082	0.7604	0.4358	-0.0815	-0.0321	-0.0196	0.0794	0.3267	-0.3982	-0.4208	-0.0498	-0.1593	0.3507	0.0425	0.085	0.3116	-0.0448	0.2682	-3.9396	57.3876	-33.9055
23	0.177	-0.0836	-0.1365	5.7355	0.6113	1.3034	-0.1126	0.0361	0.0512	0.1944	0.3486	-0.4429	-0.1699	0.2445	-0.2062	0.2387	0.0119	0.0788	0.2912	0.0143	0.2794	-5.6405	41.1165	-34.3658
24	4.2863	-1.022	0.1359	2.4713	1.936	1.7397	-0.1717	0.3224	-0.091	0.6467	0.2619	-0.8756	-0.6276	0.8623	0.1188	0.7008	-0.3026	-0.1054	0.5521	0.0535	0.5125	7.7238	57.2927	-12.1314
25	0.6984	-0.1643	0.2233	1.0324	0.4327	0.2741	-0.1263	-0.0525	0.2631	0.761	-0.2105	-0.5361	-0.74	0.2513	-0.1227	1.2325	-0.0718	-0.2248	0.3305	-0.0017	0.3728	1.7897	54.2723	-3.4989
26	0.8594	0.0976	0.0924	5.135	-0.4587	0.0575	-0.0208	0.1737	0.6227	0.2434	0.0803	0.202	-1.0802	-0.3155	-0.0484	1.2874	-0.0828	-0.0203	0.357	0.0843	0.4768	-5.0883	61.5628	-11.6057
27	1.1574	1.9664	0.6159	3.352	1.0297	0.3367	0.0311	-0.2522	0.766	0.1467	-0.0956	0.9985	-0.9139	-0.355	0.1077	1.2157	0.1427	0.1187	0.3677	0.0028	0.513	-11.8526	58.4111	-9.6968
28	3.3397	1.7929	4.3597	1.0443	2.3409	6.7723	-0.018	-0.1877	0.3868	0.9595	0.1242	0.5085	-1.0035	-0.5646	0.1495	1.4272	-0.0604	0.4376	0.5443	0.0411	0.4786	-14.0194	50.6388	-3.5198
29	1.0637	0.2458	0.4062	0.5666	0.3682	0.2974	0.1491	-0.8491	0.2858	1.2826	-0.4387	0.014	-0.4187	-0.0931	0.0097	1.6098	0.1135	-0.0481	0.4982	-0.0322	0.4402	-2.2178	63.1189	-1.1986
30	0.5731	0.2225	0.2911	3.1246	1.1734	0.5144	0.0205	0.0206	0.2552	0.8871	0.0595	0.3028	-1.1209	-0.1428	-0.0435	1.1963	-0.082	-0.1432	0.3353	0.0527	0.3228	-3.3779	53.5208	-7.4525
31	0.9232	0.9849	-0.4182	3.0436	-1.375	1.4353	-0.1725	0.0744	-0.182	0.5394	-0.2459	-0.5027	-0.7278	0.3238	0.0695	0.6427	-0.1552	-0.1318	0.3294	0.0382	0.3533	1.4058	49.1626	-11.8666
32	3.0827	2.3604	-2.004	5.2639	1.3091	5.809	0.1118	1.1707	0.9388	-0.4971	-0.1465	1.5077	-0.8705	-0.9953	0.0021	0.3273	0.1036	-0.0805	0.3979	-0.0239	0.3735	-10.5743	31.1645	-0.6844

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 18 through 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 59 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 60 through 68 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 69 through 78 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 79 through 101 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 102 through 120 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 121 through 131 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 132 through 142 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 18 through 26 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 27 through 49 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 50 through 68 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 69 through 78 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 79 through 84 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 85 through 94 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 95 through 120 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 121 through 131 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 132 through 141 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 18 through 35 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 36 through 59 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 60 through 73 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 74 through 84 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 85 through 120 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 121 through 144 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 18 through 26 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 27 through 49 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 50 through 59 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 60 through 78 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 79 through 84 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 85 through 94 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 95 through 120 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 121 through 131 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 132 through 141 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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