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- PDB-5n1w: Structure of xEco2 acetyltransferase domain bound to K105-CoA con... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n1w
タイトルStructure of xEco2 acetyltransferase domain bound to K105-CoA conjugate
要素
  • ILE-GLY-ALA-LYX-LYS-ALA,ILE-GLY-ALA-LYX-LYS-ALA,ILE-GLY-ALA-LYX-LYS-ALA,ILE-GLY-ALA-LYX-LYS-ALA
  • XEco2
キーワードCELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


meiotic cohesin complex / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / mitotic sister chromatid cohesion / regulation of DNA replication / chromosome, centromeric region / chromosome organization / meiotic cell cycle / cell division / DNA repair / chromatin ...meiotic cohesin complex / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / mitotic sister chromatid cohesion / regulation of DNA replication / chromosome, centromeric region / chromosome organization / meiotic cell cycle / cell division / DNA repair / chromatin / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
N-acetyltransferase ESCO, zinc-finger / N-acetyltransferase ESCO, acetyl-transferase domain / zinc-finger of acetyl-transferase ESCO / ESCO1/2 acetyl-transferase / Structural maintenance of chromosomes 3, ABC domain, eukaryotic / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain ...N-acetyltransferase ESCO, zinc-finger / N-acetyltransferase ESCO, acetyl-transferase domain / zinc-finger of acetyl-transferase ESCO / ESCO1/2 acetyl-transferase / Structural maintenance of chromosomes 3, ABC domain, eukaryotic / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / RecF/RecN/SMC, N-terminal / RecF/RecN/SMC N terminal domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8HB / XEco2 / Structural maintenance of chromosomes protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chao, W.C.H. / Wade, B.O. / Singleton, M.R.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Cancer Research UKFC001155 英国
Wellcome TrustFC001155 英国
Medical Research Council (United Kingdom)FC001155 英国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural Basis of Eco1-Mediated Cohesin Acetylation.
著者: Chao, W.C. / Wade, B.O. / Bouchoux, C. / Jones, A.W. / Purkiss, A.G. / Federico, S. / O'Reilly, N. / Snijders, A.P. / Uhlmann, F. / Singleton, M.R.
履歴
登録2017年2月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月29日Group: Database references
改定 2.02017年9月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XEco2
B: XEco2
C: ILE-GLY-ALA-LYX-LYS-ALA,ILE-GLY-ALA-LYX-LYS-ALA,ILE-GLY-ALA-LYX-LYS-ALA,ILE-GLY-ALA-LYX-LYS-ALA
D: ILE-GLY-ALA-LYX-LYS-ALA,ILE-GLY-ALA-LYX-LYS-ALA,ILE-GLY-ALA-LYX-LYS-ALA,ILE-GLY-ALA-LYX-LYS-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8168
ポリマ－43,0884
非ポリマー1,7284
水2,810156
1
A: XEco2
D: ILE-GLY-ALA-LYX-LYS-ALA,ILE-GLY-ALA-LYX-LYS-ALA,ILE-GLY-ALA-LYX-LYS-ALA,ILE-GLY-ALA-LYX-LYS-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4084
ポリマ－21,5442
非ポリマー8642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area10880 Å2
手法PISA
2
B: XEco2
C: ILE-GLY-ALA-LYX-LYS-ALA,ILE-GLY-ALA-LYX-LYS-ALA,ILE-GLY-ALA-LYX-LYS-ALA,ILE-GLY-ALA-LYX-LYS-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4084
ポリマ－21,5442
非ポリマー8642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2000 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area10240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.301, 60.610, 66.905
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 XEco2


分子量: 20856.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: xeco2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8QZK6
#2: タンパク質・ペプチド ILE-GLY-ALA-LYX-LYS-ALA,ILE-GLY-ALA-LYX-LYS-ALA,ILE-GLY-ALA-LYX-LYS-ALA,ILE-GLY-ALA-LYX-LYS-ALA


分子量: 687.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: O93309*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-8HB / (2~{S})-2-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethylsulfanyl]propanoic acid


分子量: 839.597 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40N7O18P3S
由来: (合成) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 40% ethylene glycol, 0.1 M HEPES pH 7.5, 5% PEG 3K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→56.493 Å / Num. obs: 20265 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.2701 / Net I/σ(I): 6.78
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 1.834 / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / Num. unique all: 2010 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2664: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MXE

4mxe


解像度: 2.3→56.493 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.63
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2391 988 4.88 %
Rwork0.1973 --
obs0.1995 20228 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→56.493 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2849 0 2 156 3007
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0182927
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4223957
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9141739
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064438
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008484
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.42130.36891370.30452716X-RAY DIFFRACTION100
2.4213-2.5730.30231210.25862764X-RAY DIFFRACTION100
2.573-2.77160.25591440.22472712X-RAY DIFFRACTION100
2.7716-3.05050.24381360.19132740X-RAY DIFFRACTION100
3.0505-3.49190.20671480.1822742X-RAY DIFFRACTION100
3.4919-4.39920.19821340.15382768X-RAY DIFFRACTION100
4.3992-56.51030.24521680.19772798X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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