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- PDB-5n1a: Crystal structure of Utp4 from Chaetomium thermophilum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n1a
タイトルCrystal structure of Utp4 from Chaetomium thermophilum
要素utp4
キーワードTRANSLATION / Ribosome biogenesis / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


t-UTP complex / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / small-subunit processome / RNA binding
類似検索 - 分子機能
U3 small nucleolar RNA-associated protein 4 / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Calvino, F.R. / Ahmed, Y.L. / Wild, K. / Sinning, I.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation ドイツ
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: Structural basis for 5'-ETS recognition by Utp4 at the early stages of ribosome biogenesis.
著者: Calvino, F.R. / Kornprobst, M. / Schermann, G. / Birkle, F. / Wild, K. / Fischer, T. / Hurt, E. / Ahmed, Y.L. / Sinning, I.
履歴
登録2017年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / reflns_shell / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: utp4
B: utp4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,9432
ポリマ－202,9432
非ポリマー00
水11,674648
1
A: utp4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,4721
ポリマ－101,4721
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: utp4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,4721
ポリマ－101,4721
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)203.027, 81.593, 112.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.550, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid -10 through 32 or resid 35...
21(chain B and (resid -10 through 141 or resid 148...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRSERSER(chain A and (resid -10 through 32 or resid 35...AA-10 - 3214 - 56
12TYRTYRTHRTHR(chain A and (resid -10 through 32 or resid 35...AA35 - 18259 - 206
13SERSERGLNGLN(chain A and (resid -10 through 32 or resid 35...AA184 - 323208 - 347
14ASPASPASNASN(chain A and (resid -10 through 32 or resid 35...AA325 - 398349 - 422
15ASNASNPROPRO(chain A and (resid -10 through 32 or resid 35...AA416 - 578440 - 602
16GLYGLYALAALA(chain A and (resid -10 through 32 or resid 35...AA611 - 615635 - 639
17ASNASNSERSER(chain A and (resid -10 through 32 or resid 35...AA617 - 868641 - 892
21THRTHRPROPRO(chain B and (resid -10 through 141 or resid 148...BB-10 - 14114 - 165
22ALAALAGLNGLN(chain B and (resid -10 through 141 or resid 148...BB148 - 323172 - 347
23ASPASPALAALA(chain B and (resid -10 through 141 or resid 148...BB325 - 615349 - 639
24ASNASNSERSER(chain B and (resid -10 through 141 or resid 148...BB617 - 868641 - 892

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要素

#1: タンパク質 utp4


分子量: 101471.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
遺伝子: CTHT_0058380 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: G0SCT7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 648 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 5% (w/v) 2-methyl-1,5-pentane-diol (MPD) 100 mM Tris-HCl pH 85

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→47.53 Å / Num. obs: 93437 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 34.66 Å2 / Net I/σ(I): 13.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.15→47.528 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 22.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2204 9150 4.99 %
Rwork0.1834 174066 -
obs0.1852 183216 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 145.88 Å2 / Biso mean: 42.4917 Å2 / Biso min: 17.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→47.528 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11051 0 0 648 11699
Biso mean---42.87 -
残基数----1409
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00411336
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01615371
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561699
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051951
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.5959341
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6236X-RAY DIFFRACTION9.458TORSIONAL
12B6236X-RAY DIFFRACTION9.458TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.15-2.17440.30223140.281156725986100
2.1744-2.20.3383310.279258166147100
2.2-2.22690.31682820.260558046086100
2.2269-2.2550.28453210.254357706091100
2.255-2.28470.30043230.258958016124100
2.2847-2.3160.29083300.241957696099100
2.316-2.34910.29143160.24857976113100
2.3491-2.38420.25523380.242158136151100
2.3842-2.42140.26893150.228157396054100
2.4214-2.46110.27263220.228657696091100
2.4611-2.50350.26183240.222958096133100
2.5035-2.54910.26192900.212359146204100
2.5491-2.59810.24953190.214957096028100
2.5981-2.65110.25243230.206457876110100
2.6511-2.70880.25663050.202158126117100
2.7088-2.77180.23843270.202858156142100
2.7718-2.84110.26313180.192257976115100
2.8411-2.91790.23072700.188858296099100
2.9179-3.00370.23393150.19158426157100
3.0037-3.10070.2342990.18457986097100
3.1007-3.21150.21952840.178458476131100
3.2115-3.340.22492700.17858216091100
3.34-3.4920.19753190.17157966115100
3.492-3.6760.1813010.169458566157100
3.676-3.90620.18722990.164758396138100
3.9062-4.20770.17382880.152758226110100
4.2077-4.63080.18532650.133858046069100
4.6308-5.30010.1753030.142558306133100
5.3001-6.67460.20732810.174358206101100
6.6746-47.53970.18752580.17685769602798
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 57.5578 Å / Origin y: 44.7699 Å / Origin z: 47.2631 Å
111213212223313233
T0.1524 Å20.0059 Å2-0.0091 Å2-0.1849 Å2-0.0325 Å2--0.2076 Å2
L0.2257 °20.0198 °20.0048 °2-0.303 °20.0048 °2--0.2481 °2
S0.0152 Å °0.0083 Å °-0.0031 Å °-0.0274 Å °-0.0363 Å °0.1028 Å °0.0023 Å °-0.0541 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA-10 - 868
2X-RAY DIFFRACTION1allB-11 - 869
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 648

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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