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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mzz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the decarboxylase AibA/AibB in complex with 3-methylglutaconate | ||||||
要素 | (Glutaconate CoA-transferase family, subunit ...グルタコン酸CoAトランスフェラーゼ) x 2 | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / decarboxylase (脱炭酸酵素) / CoA transferase like fold / 3-methylglutaconate | ||||||
機能・相同性 | CoA-transferase activity / Coenzyme A transferase family I / Coenzyme A transferase / Coenzyme A transferase / NagB/RpiA transferase-like / 3-methylpent-2-enedioic acid / 酢酸塩 / Glutaconate CoA-transferase family, subunit B / Glutaconate CoA-transferase family, subunit A 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Myxococcus xanthus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Bock, T. / Luxenburger, E. / Hoffmann, J. / Schuetza, V. / Feiler, C. / Mueller, R. / Blankenfeldt, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017 タイトル: AibA/AibB Induces an Intramolecular Decarboxylation in Isovalerate Biosynthesis by Myxococcus xanthus. 著者: Bock, T. / Luxenburger, E. / Hoffmann, J. / Schutza, V. / Feiler, C. / Muller, R. / Blankenfeldt, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5mzz.cif.gz | 359.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5mzz.ent.gz | 294 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5mzz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/5mzz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/5mzz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Glutaconate CoA-transferase family, subunit ... , 2種, 4分子 ACDB
#1: タンパク質 | 分子量: 28367.838 Da / 分子数: 2 / 変異: K191A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Myxococcus xanthus (strain DK 1622) (バクテリア) 株: DK 1622 / 遺伝子: MXAN_4264 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1D4I4 #2: タンパク質 | 分子量: 26280.871 Da / 分子数: 2 / 変異: E200A, E201A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Myxococcus xanthus (strain DK 1622) (バクテリア) 株: DK 1622 / 遺伝子: MXAN_4265 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1D4I3 |
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-非ポリマー , 4種, 375分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.98 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.085 M sodium acetate, 0.17 M ammonium acetate, 15 % glycerol, 25 % PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月21日 | ||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→26.82 Å / Num. obs: 47619 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 16.59 Å2 / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.178 / Rpim(I) all: 0.099 / Rrim(I) all: 0.204 / Net I/σ(I): 6.6 / Num. measured all: 200861 / Scaling rejects: 0 | ||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 5MZW 解像度: 2.3→26.82 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.91
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 63.74 Å2 / Biso mean: 20.3883 Å2 / Biso min: 9.39 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→26.82 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17
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