+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mzr | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | X-ray structure of the H235Q mutant of GLIC in complex with propofol | ||||||
![]() | Proton-gated ion channel | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() sodium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / potassium channel activity / transmembrane transporter complex / regulation of membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / neuron projection / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fourati, Z. / Delarue, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray structure of the H235Q mutant of GLIC in complex with propofol 著者: Fourati, Z. / Delarue, M. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 673.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 561.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.6 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 3.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 61.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 81.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
---|
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 ABCDE![](data/chem/img/LMT.gif)
![](data/chem/img/LMT.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 37408.879 Da / 分子数: 5 / 変異: H235Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: PCC 7421 / 遺伝子: glvI, glr4197 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: Q7NDN8 #6: 糖 | ChemComp-LMT / |
---|
-非ポリマー , 6種, 203分子 ![](data/chem/img/PLC.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PFL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PFL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-PLC / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-NA / #5: 化合物 | ChemComp-ACT / #7: 化合物 | ChemComp-PFL / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.11 Å3/Da |
---|---|
結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 100 mM NaAct pH4 400 mM NaSCN 16% glycerol 2% DMSO 12-15% PEG4K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→20 Å / Num. obs: 108419 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 76.05 Å2 / Net I/σ(I): 9.8 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 80.63 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.385 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.65→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.65→2.72 Å / Total num. of bins used: 20
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|