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- PDB-5mzh: Crystal structure of ODA16 from Chlamydomonas reinhardtii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mzh
タイトルCrystal structure of ODA16 from Chlamydomonas reinhardtii
要素Dynein assembly factor with WDR repeat domains 1
キーワードMOTOR PROTEIN / Intraflagellar transport / cilium / beta propeller / cargo adaptor
機能・相同性
機能・相同性情報


outer dynein arm assembly / intraciliary transport / motile cilium / ciliary basal body / cilium / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Dynein assembly factor with WD repeat domains 1
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.398 Å
データ登録者Lorentzen, E. / Taschner, M. / Basquin, J. / Mourao, A.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural basis of outer dynein arm intraflagellar transport by the transport adaptor protein ODA16 and the intraflagellar transport protein IFT46.
著者: Taschner, M. / Mourao, A. / Awasthi, M. / Basquin, J. / Lorentzen, E.
履歴
登録2017年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月29日Group: Database references
改定 1.22017年5月17日Group: Database references
改定 1.32018年10月17日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen
Item: _entity.formula_weight / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line ..._entity.formula_weight / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dynein assembly factor with WDR repeat domains 1
B: Dynein assembly factor with WDR repeat domains 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,5635
ポリマ－100,2752
非ポリマー2883
水5,134285
1
A: Dynein assembly factor with WDR repeat domains 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3303
ポリマ－50,1371
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dynein assembly factor with WDR repeat domains 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2332
ポリマ－50,1371
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.767, 62.767, 460.472
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Dynein assembly factor with WDR repeat domains 1 / Outer row dynein assembly protein 16


分子量: 50137.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: DAW1, ODA16 / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q3Y8L7
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350, 300 mM ammonium sulfate and 100 mM Bis-Tris pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→49 Å / Num. obs: 39781 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.1 % / Rpim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.45 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique all: 3718 / Rpim(I) all: 0.884 / % possible all: 82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4wjs

4wjs


解像度: 2.398→49.154 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.5 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2199 2011 5.06 %
Rwork0.1577 --
obs0.1609 39774 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.398→49.154 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6417 0 15 285 6717
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086635
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1089014
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2233898
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631031
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071152
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.460.31011070.24682663X-RAY DIFFRACTION95
2.46-2.52650.32161830.24662713X-RAY DIFFRACTION94
2.5265-2.60080.3381570.23662659X-RAY DIFFRACTION94
2.6008-2.68460.30141440.22232654X-RAY DIFFRACTION95
2.6846-2.78050.28921290.21472721X-RAY DIFFRACTION95
2.7805-2.89170.30571600.19922666X-RAY DIFFRACTION94
2.8917-3.02320.26091370.18612747X-RAY DIFFRACTION95
3.0232-3.18230.25131430.16772694X-RAY DIFFRACTION95
3.1823-3.38140.21261620.15942675X-RAY DIFFRACTION94
3.3814-3.64190.19741300.14472713X-RAY DIFFRACTION95
3.6419-4.00740.20631540.13422677X-RAY DIFFRACTION95
4.0074-4.5850.15021350.11392701X-RAY DIFFRACTION95
4.585-5.76790.17211440.11692721X-RAY DIFFRACTION95
5.7679-27.55570.16061260.14332723X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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