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- PDB-5myv: Crystal structure of SRPK2 in complex with compound 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5myv
タイトルCrystal structure of SRPK2 in complex with compound 1
要素SRSF protein kinase 2,SRSF protein kinase 2
キーワードTRANSFERASE / kinase / splicing kinase / inhibitor / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear speck organization / R-loop processing / regulation of mRNA processing / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Maturation of nucleoprotein / negative regulation of viral genome replication / spliceosomal complex assembly / positive regulation of cell cycle / positive regulation of viral genome replication / 14-3-3 protein binding ...nuclear speck organization / R-loop processing / regulation of mRNA processing / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Maturation of nucleoprotein / negative regulation of viral genome replication / spliceosomal complex assembly / positive regulation of cell cycle / positive regulation of viral genome replication / 14-3-3 protein binding / RNA splicing / positive regulation of neuron apoptotic process / peptidyl-serine phosphorylation / angiogenesis / cell differentiation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / nuclear speck / protein phosphorylation / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / chromatin / nucleolus / magnesium ion binding / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...: / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-W4A / SRSF protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Pike, A.C.W. / Savitsky, P. / von Delft, F. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Development of Potent, Selective SRPK1 Inhibitors as Potential Topical Therapeutics for Neovascular Eye Disease.
著者: Batson, J. / Toop, H.D. / Redondo, C. / Babaei-Jadidi, R. / Chaikuad, A. / Wearmouth, S.F. / Gibbons, B. / Allen, C. / Tallant, C. / Zhang, J. / Du, C. / Hancox, J.C. / Hawtrey, T. / Da ...著者: Batson, J. / Toop, H.D. / Redondo, C. / Babaei-Jadidi, R. / Chaikuad, A. / Wearmouth, S.F. / Gibbons, B. / Allen, C. / Tallant, C. / Zhang, J. / Du, C. / Hancox, J.C. / Hawtrey, T. / Da Rocha, J. / Griffith, R. / Knapp, S. / Bates, D.O. / Morris, J.C.
履歴
登録2017年1月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SRSF protein kinase 2,SRSF protein kinase 2
B: SRSF protein kinase 2,SRSF protein kinase 2
C: SRSF protein kinase 2,SRSF protein kinase 2
D: SRSF protein kinase 2,SRSF protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,51859
ポリマ－177,2034
非ポリマー6,31555
水91951
1
A: SRSF protein kinase 2,SRSF protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,18718
ポリマ－44,3011
非ポリマー1,88617
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SRSF protein kinase 2,SRSF protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,01316
ポリマ－44,3011
非ポリマー1,71215
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: SRSF protein kinase 2,SRSF protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,70713
ポリマ－44,3011
非ポリマー1,40612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: SRSF protein kinase 2,SRSF protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,61112
ポリマ－44,3011
非ポリマー1,31011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)188.790, 248.990, 146.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-709-

SO4

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 79 - 699 / Label seq-ID: 20 - 389

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
6
1
2
3
4
5

-
要素

#1: タンパク質
SRSF protein kinase 2,SRSF protein kinase 2 / SFRS protein kinase 2 / Serine/arginine-rich protein-specific kinase 2 / SR-protein-specific kinase 2


分子量: 44300.676 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Residues 51-256,UNP Residues 508-688 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRPK2 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3-pRARE2
参照: UniProt: P78362, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-W4A / 5-methyl-~{N}-[2-(4-methylpiperazin-1-yl)-5-(trifluoromethyl)phenyl]furan-2-carboxamide


分子量: 367.366 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H20F3N3O2
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.72 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.25 / 詳細: 1.0 M ammonium sulfate and 0.1 M acetate pH 5.25

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→29.87 Å / Num. obs: 75969 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 63.7 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.957 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 11061 / CC1/2: 0.84 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb id 2X7G

2x7g


解像度: 2.9→29.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 27.56 / SU ML: 0.231 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.404 / ESU R Free: 0.259 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21694 3831 5 %RANDOM
Rwork0.19897 ---
obs0.19988 72124 99.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 79.094 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.94 Å20 Å20 Å2
2---2.6 Å20 Å2
3---0.65 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→29.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11319 0 356 51 11726
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01911999
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0210889
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1821.95216299
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8032.98725181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8251406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.85422.977561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.172152018
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6751581
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21761
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02112997
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022536
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0965.0385609
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0965.0385610
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5527.5617014
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5487.5547003
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.425.5896390
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.425.5896391
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.0518.2789280
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.02557.13812712
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.02557.14712713
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A219920.07
12B219920.07
21A220500.06
22C220500.06
31A223020.05
32D223020.05
41B223620.04
42C223620.04
51B218900.07
52D218900.07
61C220180.07
62D220180.07
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 279 -
Rwork0.324 5306 -
obs--99.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5267-0.01990.39840.53370.08581.08-0.1518-0.0280.11590.01520.0412-0.0701-0.23830.03230.11060.3262-0.1011-0.10280.04270.030.0754-70.035937.2473-19.9135
22.43461.2054-0.12061.65950.09080.6978-0.34620.5853-0.252-0.34610.0739-0.1139-0.1682-0.11840.27230.5474-0.0887-0.01470.3322-0.12750.1359-84.364424.8937-65.3421
31.68210.05390.07651.3625-0.3981.6239-0.13830.0742-0.0867-0.39030.0513-0.2707-0.06310.11690.0870.4702-0.13740.1110.048-0.02170.0599-60.0932.5496-55.9682
42.36181.71670.23748.72790.13462.9845-0.2196-0.6584-0.06140.36340.1566-0.07170.46410.3390.06310.25810.2160.03660.56160.17890.0927-85.7396-2.0528-17.172
52.281-0.5385-0.48790.9386-0.27681.2602-0.30640.0282-0.1855-0.13650.17-0.04750.3478-0.04460.13640.3878-0.01210.06930.0431-0.01830.0285-67.7721-3.9752-36.9413
63.83671.75531.05783.67792.20782.57680.33190.06240.0420.7184-0.15550.10250.0474-0.0936-0.17640.6365-0.11790.29770.0329-0.05170.1588-39.551888.058-49.7511
72.6886-0.2723-1.05425.15781.86775.20760.0918-0.2793-0.05720.9715-0.17750.40870.6430.27790.08560.6059-0.22420.34140.2984-0.05780.2847-45.848772.3222-50.0165
80.82210.3579-0.0723.3924-0.46661.3198-0.0153-0.0079-0.088-0.0586-0.0417-0.08440.1853-0.05810.05710.4343-0.18170.18650.1296-0.04990.1026-38.700460.5814-64.7137
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A79 - 699
2X-RAY DIFFRACTION2B79 - 536
3X-RAY DIFFRACTION3B537 - 699
4X-RAY DIFFRACTION4C79 - 138
5X-RAY DIFFRACTION5C139 - 699
6X-RAY DIFFRACTION6D79 - 188
7X-RAY DIFFRACTION7D189 - 522
8X-RAY DIFFRACTION8D523 - 699

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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