PDB-5myf: Convergent evolution involving dimeric and trimeric dUTPases in s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5myf

タイトル

Convergent evolution involving dimeric and trimeric dUTPases in signalling.

要素

dUTPase from DI S. aureus phage

キーワード

HYDROLASE / Staphylococcus aureus / pathogenicity island / SaPI / dUTPases / signalling / gene transfer / mobile genetic elements

機能・相同性

Dimeric dUTPase Dut-like / dUTPase/dCTP pyrophosphatase / dUTPase / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / dUTPase from DI S. aureus phage

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Donderis, J. / Bowring, J. / Maiques, E. / Ciges-Tomas, J.R. / Alite, C. / Mehmedov, I. / Tormo-Mas, M.A. / Penades, J.R. / Marina, A.

引用

ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2017
タイトル: Convergent evolution involving dimeric and trimeric dUTPases in pathogenicity island mobilization.
著者: Donderis, J. / Bowring, J. / Maiques, E. / Ciges-Tomas, J.R. / Alite, C. / Mehmedov, I. / Tormo-Mas, M.A. / Penades, J.R. / Marina, A.

履歴

登録	2017年1月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5myf.cif.gz	148.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5myf.ent.gz	117.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5myf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5myf_validation.pdf.gz	430.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5myf_full_validation.pdf.gz	433 KB	表示
XML形式データ	5myf_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	5myf_validation.cif.gz	21.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/5myf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/5myf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mydSC 5myiC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5myd-1 6ee5-d 4bqo-2 4f19-d 5ce0-1 3p1a-d 1vis-d 5mil-d 1z2o-d 1wyw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

登録構造単位

D: dUTPase from DI S. aureus phage

A: dUTPase from DI S. aureus phage

48.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.642, 51.942, 148.418
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-249- HOH
2	1	A-269- HOH

#1: タンパク質	dUTPase from DI S. aureus phage 分子量: 24156.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D0TC87*PLUS, dUTP diphosphatase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 28% PEG 6000, 0.5M LiCl2 y 0.1M Tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.0721 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0721 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→49.03 Å / Num. obs: 29551 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 11 % / R_merge(I) obs: 0.024 / Net I/σ(I): 18.7
反射シェル	解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.35 / Num. unique obs: 4063 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
REFMAC		精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5MYD

5myd

解像度: 1.85→49.026 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.27

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2186	1487	5.04 %
R_work	0.1775	-	-
obs	0.1797	29489	99.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→49.026 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2595	0	0	181	2776

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	2694
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.521	3656
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.061	993
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	400
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	476

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.9097	0.3131	125	0.2631	2357	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9097-1.978	0.282	142	0.2239	2492	X-RAY DIFFRACTION	99
1.978-2.0572	0.2529	131	0.1998	2500	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0572-2.1508	0.2209	135	0.1769	2532	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1508-2.2642	0.2512	123	0.172	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2642-2.4061	0.2143	128	0.1738	2521	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4061-2.5918	0.2365	140	0.1903	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5918-2.8526	0.2467	124	0.1975	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8526-3.2654	0.263	118	0.1942	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2654-4.1137	0.2084	147	0.1618	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1137-49.0435	0.1747	174	0.1542	2732	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3113	-0.0791	0.2346	0.1	-0.1308	0.2143	-0.1033	0.1506	-0.0054	-0.3663	0.1568	0.4112	0.3086	-0.3554	0.0139	0.3731	-0.0753	0.0127	0.2263	-0.0299	0.2713	-26.4959	-27.8266	20.1059
2	0.3328	0.2977	-0.2265	0.2215	-0.2169	0.1495	-0.105	0.0799	0.1166	-0.2285	-0.0759	0.0816	0.2117	-0.0961	-0.0044	0.2686	0.0226	0.0124	0.1976	0.0102	0.1789	-13.0637	-16.5413	17.3022
3	0.0657	-0.0194	0.0124	0.0408	-0.0519	0.0627	0.0183	0.0168	-0.1143	-0.1194	-0.0211	0.4543	-0.0807	0.1452	0.0011	0.2475	0.0368	0.0117	0.3279	-0.0473	0.3414	-17.1503	2.3872	26.9597
4	0.1524	0.1413	-0.0528	0.099	-0.0536	0.0497	-0.0605	0.0168	0.0404	-0.2437	-0.0393	0.1589	0.1764	-0.138	0.0002	0.2766	0.0071	0.0146	0.1946	-0.0197	0.2192	-20.0164	-18.8836	19.5172
5	1.8333	-0.8658	0.1508	0.4712	-0.0847	0.1252	0.4844	-0.2816	-0.9504	0.2868	-0.2416	0.3451	-0.1116	0.3511	0.1804	0.4444	-0.1043	0.1863	0.2446	0.0464	0.0579	-18.0572	-29.7604	32.5576
6	0.0173	-0.0176	0.0464	0.189	-0.0882	0.1366	0.1528	-0.1063	0.0921	0.2097	-0.2342	0.2042	0.0758	-0.2528	-0.1022	0.598	-0.4381	0.4692	0.3908	-0.0111	0.1447	-15.9727	-9.2305	36.599
7	0.1695	0.1263	-0.0463	0.0693	-0.0418	0.0548	0.2339	-0.0937	-0.0112	0.231	-0.3184	-0.428	0.2104	0.1836	0.0003	0.3019	0.0241	-0.0158	0.3197	0.05	0.261	-5.9761	-16.6788	28.4333
8	0.1208	0.0966	-0.0117	0.0522	-0.0492	0.0747	0.0966	-0.1744	0.025	0.2573	-0.0715	0.0719	0.1604	0.1041	-0.0002	0.2808	-0.0025	0.0642	0.2334	-0.0042	0.2078	-19.3219	-19.8546	29.6816
9	0.0339	-0.0583	0.0303	0.0635	0.0065	0.0232	0.0792	0.218	0.1357	-0.1196	-0.0316	0.8053	0.2239	-0.2531	0.0015	0.2367	-0.0091	-0.0367	0.2933	-0.0102	0.4289	-28.668	-18.8663	18.0969
10	0.4542	0.0499	0.3611	0.2471	-0.1915	0.4786	0.0662	-0.0707	0.5088	-0.1187	0.1006	-0.2117	-0.3372	0.1306	-0.0158	0.2429	-0.0509	0.0528	0.1856	-0.0289	0.361	1.1763	11.3924	18.5016
11	0.336	0.0559	-0.5191	0.2995	-0.2694	0.5296	0.0395	0.0301	0.1284	-0.0345	0.0852	-0.0667	0.2224	0.0266	0.0041	0.1889	0.0041	-0.016	0.2145	0.0315	0.1871	-6.3266	-4.2351	14.6227
12	0.5057	-0.1371	0.0121	0.0659	-0.0031	0.0146	0.1598	-0.1054	0.145	-0.0426	-0.0407	-0.1973	0.042	0.3822	-0.1463	0.2094	-0.0104	0.0141	0.4933	-0.0191	0.5029	14.2225	3.9363	19.1897
13	0.305	-0.2408	0.1541	0.1796	-0.1452	0.3807	0.2797	0.093	-0.2221	-0.4006	0.1601	0.0587	0.5578	0.0382	0.0492	0.4595	0.1989	0.0154	0.4269	-0.0222	0.3686	3.3328	-13.251	13.6991
14	0.1094	-0.0237	-0.0613	0.1798	-0.1268	0.0385	-0.0061	-0.0063	0.0769	0.1643	-0.0555	-0.2656	0.2583	0.461	0.0001	0.2396	0.0407	-0.0164	0.2954	0.0157	0.2845	5.3814	-3.7831	17.8728
15	0.0576	0.0528	0.069	0.0631	-0.0055	0.0641	-0.2253	0.1147	0.279	-0.1217	0.213	0.1269	-0.2699	0.0974	0.0001	0.2462	-0.0175	0.0122	0.2367	0.0225	0.294	-2.4616	6.8782	8.3266

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'D' and (resid 2 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'D' and (resid 24 through 47 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resid 48 through 60 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 61 through 82 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 83 through 103 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 104 through 109 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 110 through 126 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 127 through 143 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 144 through 159 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 2 through 28 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 29 through 82 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 83 through 98 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 99 through 120 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 121 through 141 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 142 through 156 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)