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- PDB-5myd: Convergent evolution involving dimeric and trimeric dUTPases in s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5myd
タイトルConvergent evolution involving dimeric and trimeric dUTPases in signalling.
要素DUTPase
キーワードHYDROLASE / Staphylococcus aureus / pathogenicity island / SaPI / dUTPases / signalling / gene transfer / mobile genetic elements
機能・相同性Dimeric dUTPase Dut-like / dUTPase/dCTP pyrophosphatase / dUTPase / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / metal ion binding / 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE / dUTPase
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus sp. HMSC068C09 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Donderis, J. / Bowring, J. / Maiques, E. / Ciges-Tomas, J.R. / Alite, C. / Mehmedov, I. / Tormo-Mas, M.A. / Penades, J.R. / Marina, A.
資金援助 スペイン, 英国, 6件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2013-42619-P スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2016-78571-P スペイン
Valencian GovernmentPrometeo II/2014/029 スペイン
Medical Research Council (United Kingdom)MR/M003876/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/N002873/1 英国
European Research CouncilERC-ADG-2014
引用ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2017
タイトル: Convergent evolution involving dimeric and trimeric dUTPases in pathogenicity island mobilization.
著者: Donderis, J. / Bowring, J. / Maiques, E. / Ciges-Tomas, J.R. / Alite, C. / Mehmedov, I. / Tormo-Mas, M.A. / Penades, J.R. / Marina, A.
履歴
登録2017年1月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DUTPase
B: DUTPase
C: DUTPase
D: DUTPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,68716
ポリマ－96,6244
非ポリマー2,06312
水3,783210
1
A: DUTPase
ヘテロ分子

C: DUTPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3448
ポリマ－48,3122
非ポリマー1,0326
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y+1/2,-z+11
手法PISA
2
C: DUTPase
ヘテロ分子

A: DUTPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3448
ポリマ－48,3122
非ポリマー1,0326
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1/2,-z+11
手法PISA
3
B: DUTPase
ヘテロ分子

D: DUTPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3448
ポリマ－48,3122
非ポリマー1,0326
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
手法PISA
4
D: DUTPase
ヘテロ分子

B: DUTPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3448
ポリマ－48,3122
非ポリマー1,0326
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.890, 81.440, 81.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRHISHISAA2 - 15936 - 193
21THRTHRHISHISBB2 - 15936 - 193
12METMETHISHISAA1 - 15935 - 193
22METMETHISHISCC1 - 15935 - 193
13THRTHRHISHISAA2 - 15936 - 193
23THRTHRHISHISDD2 - 15936 - 193
14THRTHRASPASPBB2 - 16336 - 197
24THRTHRASPASPCC2 - 16336 - 197
15THRTHRGLNGLNBB2 - 16236 - 196
25THRTHRGLNGLNDD2 - 16236 - 196
16THRTHRGLNGLNCC2 - 16236 - 196
26THRTHRGLNGLNDD2 - 16236 - 196

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
DUTPase


分子量: 24156.105 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus sp. HMSC068C09 (バクテリア)
遺伝子: HMPREF2930_08375 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D0TC86*PLUS, dUTP diphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-DUP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE / α,β-イミノ-dUTP


分子量: 467.157 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.6753.98
2
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 8% PEG 3350, 0.1 M Na-HEPES pH 7.5; 0.2M NaCl, 1.2 M ammonium sulphate and 0.03 M ammonium acetate

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンDiamond I0410.97942
シンクロトロンALBA XALOC20.97925
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS3 6M1PIXEL2013年7月1日
DECTRIS PILATUS3 6M2PIXEL
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979421
20.979251
反射

Entry-ID: 5MYD

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)
2.1-81.445073699.2440.04818.4
3-81.231794599.970.0642
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obs% possible allNum. unique all
2.1-2.213.70.352.1732598.9
3-3.167.20.4599.92608

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→78.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 19.115 / SU ML: 0.229 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.337 / ESU R Free: 0.246 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26533 1962 5.1 %RANDOM
Rwork0.22376 ---
obs0.22589 36770 99.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 47.915 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.66 Å20 Å21.07 Å2
2---3.44 Å20 Å2
3----0.73 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→78.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5375 0 120 210 5705
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.025623
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.025098
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3581.987634
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.344311704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1975648
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.85425.275309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.72615959
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8171524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2821
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026340
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021348
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0361.9132598
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0351.9122597
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2032.8623241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.2032.8643242
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9462.3833025
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.9422.3823024
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.9473.4774393
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.44916.7696568
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.44516.5846536
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A194320.09
12B194320.09
21A192680.09
22C192680.09
31A192600.1
32D192600.1
41B199740.07
42C199740.07
51B197340.09
52D197340.09
61C197420.08
62D197420.08
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 135 -
Rwork0.273 2708 -
obs--99.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6872-0.27110.7362.14590.50362.6755-0.0304-0.00920.0538-0.1611-0.17550.2416-0.0498-0.40270.20590.08680.0456-0.08020.5334-0.05010.14044.84865.88330.968
22.5747-0.1913-0.22182.2964-0.84722.31730.0569-0.1022-0.03190.0071-0.1149-0.3227-0.1070.23990.0580.0182-0.0181-0.04490.54960.01610.2248-16.20854.7123.493
32.42660.25720.62571.6758-0.42052.9195-0.0819-0.0230.04480.0994-0.04780.0378-0.0352-0.1620.12970.0192-0.0164-0.03170.45350.00950.13122.10629.57527.644
43.536-0.6856-0.22192.0683-0.44591.94120.02470.2312-0.02120.0482-0.02690.1362-0.092-0.17390.00220.0193-0.0038-0.03530.48560.01270.10726.36552.2267.596
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 160
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 164
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 164
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 163

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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