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- PDB-5mxu: Structure of the Y503F mutant of vanillyl alcohol oxidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mxu
タイトルStructure of the Y503F mutant of vanillyl alcohol oxidase
要素Vanillyl-alcohol oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / vanillyl alcohol oxidase / Y503F mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


vanillyl-alcohol oxidase / vanillyl-alcohol oxidase activity / methanol metabolic process / lactate catabolic process / D-lactate dehydrogenase (cytochrome) activity / D-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / FAD binding / peroxisome / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4 / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4 / FAD-linked oxidases, C-terminal domain / FAD-linked oxidase, C-terminal / Cytokinin dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / FAD linked oxidases, C-terminal domain / Vanillyl-alcohol oxidase, C-terminal subdomain 2 / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 ...Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4 / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4 / FAD-linked oxidases, C-terminal domain / FAD-linked oxidase, C-terminal / Cytokinin dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / FAD linked oxidases, C-terminal domain / Vanillyl-alcohol oxidase, C-terminal subdomain 2 / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Vanillyl-alcohol oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Penicillium simplicissimum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ewing, T.A. / Nguyen, Q.-T. / Allan, R.C. / Gygli, G. / Romero, E. / Binda, C. / Fraaije, M.W. / Mattevi, A. / van Berkel, W.J.H.
資金援助 オランダ, イタリア, 2件
組織認可番号国
European UnionINDOX project (FP7-KBBE-2013-7-613549) オランダ
European Community Seventh Framework Programme (FP7/2007-2013)BioStruct-X (Grants 7551 and 10205) イタリア
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Two tyrosine residues, Tyr-108 and Tyr-503, are responsible for the deprotonation of phenolic substrates in vanillyl-alcohol oxidase.
著者: Ewing, T.A. / Nguyen, Q.T. / Allan, R.C. / Gygli, G. / Romero, E. / Binda, C. / Fraaije, M.W. / Mattevi, A. / van Berkel, W.J.H.
履歴
登録2017年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vanillyl-alcohol oxidase
B: Vanillyl-alcohol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,9386
ポリマ－126,1822
非ポリマー1,7554
水4,179232
1
A: Vanillyl-alcohol oxidase
B: Vanillyl-alcohol oxidase
ヘテロ分子

A: Vanillyl-alcohol oxidase
B: Vanillyl-alcohol oxidase
ヘテロ分子

A: Vanillyl-alcohol oxidase
B: Vanillyl-alcohol oxidase
ヘテロ分子

A: Vanillyl-alcohol oxidase
B: Vanillyl-alcohol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)511,75024
ポリマ－504,7298
非ポリマー7,02116
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_455-y-1,x,z1
crystal symmetry operation4_545y,-x-1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)138.012, 138.012, 132.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 999
2114B1 - 999

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.316585, 0.947382, 0.04735), (0.946804, 0.312564, 0.076586), (0.057756, 0.069077, -0.995938)-25.8107, 16.70728, 34.01067

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要素

#1: タンパク質 Vanillyl-alcohol oxidase / 4-allylphenol oxidase / Aryl-alcohol oxidase


分子量: 63091.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The residues that are not present in the coordinates are disordered and not visible in the electron density. They are not included in the final model. Side chain atoms of residues His149A, ...詳細: The residues that are not present in the coordinates are disordered and not visible in the electron density. They are not included in the final model. Side chain atoms of residues His149A, Ser328A, His149B, Ser328B which lie on the protein surface" have been included in the pdb but set at zero occupancy because they completely lack electron density.
由来: (組換発現) Penicillium simplicissimum (菌類) / 遺伝子: VAOA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56216, vanillyl-alcohol oxidase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG4000, sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999 / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→54.94 Å / Num. all: 65596 / Num. obs: 27846 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 2.4 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.705 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 10160 / Num. unique obs: 4226 / CC1/2: 0.54 / Rpim(I) all: 0.545 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VAO

2vao


解像度: 2.8→54.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 18.61 / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.428 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24886 1353 4.9 %RANDOM
Rwork0.17522 ---
obs0.17884 26493 90.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.55 Å20 Å20 Å2
2--1.55 Å20 Å2
3----3.11 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→54.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8706 0 118 232 9056
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0199059
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028222
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5471.9712337
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.013319081
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.18151105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.78224.1400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.979151444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.341550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02110035
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021849
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8015.2744429
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8015.2744428
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4977.9075531
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.4977.9075532
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6385.5054629
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6385.5054629
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2628.1536807
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.78261.1410472
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.77961.14810467
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 8490 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.330.5
medium thermal6.072
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 83 -
Rwork0.302 2044 -
obs--93.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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