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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mwc
タイトルCrystal structure of the genetically-encoded green calcium indicator NTnC in its calcium bound state
要素genetically-encoded green calcium indicator NTnC
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Green fluorescent protein / calcium indicator / calcium bound / genetically-encoded
機能・相同性Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Boyko, K.M. / Nikolaeva, A.Y. / Korzhenevskiy, D.A. / Rakitina, T.V. / Popov, V.O. / Subach, O.M. / Barykina, N.V. / Subach, F.V.
資金援助 ロシア, 3件
組織認可番号国
Russian Science Foundation14-24-00172 ロシア
Russian Science Foundation16-15-10323 ロシア
Russian Foundation for Basic Research15-04-03383 ロシア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Enchanced variant of genetically-encoded green calcium indicator NTnC
著者: Subach, O.M. / Barykina, N.V. / Piatkevich, K.D. / Sotskov, V.P. / Roshchina, M.A. / Kunitsyna, T.A. / Malyshev, A.Y. / Varizhuk, A.M. / Pozmogova, G.E. / Anokhin, K.V. / Enikolopov, G.N. / ...著者: Subach, O.M. / Barykina, N.V. / Piatkevich, K.D. / Sotskov, V.P. / Roshchina, M.A. / Kunitsyna, T.A. / Malyshev, A.Y. / Varizhuk, A.M. / Pozmogova, G.E. / Anokhin, K.V. / Enikolopov, G.N. / Boyko, K.M. / Nikolaeva, A.Y. / Korzhenevskiy, D.A. / Rakitina, T.V. / Popov, V.O. / Subach, F.V.
履歴
登録2017年1月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: genetically-encoded green calcium indicator NTnC
A: genetically-encoded green calcium indicator NTnC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2245
ポリマ－70,1042
非ポリマー1203
水82946
1
D: genetically-encoded green calcium indicator NTnC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1323
ポリマ－35,0521
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: genetically-encoded green calcium indicator NTnC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0922
ポリマ－35,0521
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.100, 82.100, 157.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 13 - 303 / Label seq-ID: 13 - 301

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1DA
2AB

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 genetically-encoded green calcium indicator NTnC


分子量: 35052.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Three residues GYG form chromophore ligand named CR2.
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pBAD/His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.01 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 0.1M Sodium acetate, 22.5% PEG3350, 10% PEG400, 5% DMSO.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→72.8 Å / Num. obs: 20432 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.933 % / Biso Wilson estimate: 63.624 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rrim(I) all: 0.066 / Χ2: 0.978 / Net I/σ(I): 23.84
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.45-2.59.3870.9732.311870.7341.026100
2.5-2.69.3970.7373.0220870.8070.778100
2.6-2.79.3010.566417950.8740.59899.9
2.7-2.89.2890.4025.6615510.9350.425100
2.8-39.2450.2528.8525130.9720.26699.7
3-48.560.07425.0464260.9980.07999.7
4-108.7880.03156.24456010.03399.7
10-507.4790.02171.653130.9990.02385.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0158精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HVF

4hvf


解像度: 2.45→72.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 17.423 / SU ML: 0.366 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.732 / ESU R Free: 0.358 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30971 1063 5.2 %RANDOM
Rwork0.23885 ---
obs0.24259 19409 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.224 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.22 Å2-0 Å2
3----0.44 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.45→72.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4112 0 3 46 4161
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194234
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.861.9475712
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9455518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.01224.184196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg1815632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2571518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2596
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.5856.3022105
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.0149.4342610
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.96.2682128
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.74917251
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 14588 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1D
2A
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.514 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.432 64 -
Rwork0.373 1419 -
obs--99.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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