[日本語] English
万見
- PDB-5mv7: Structure of human Myosin 7b C-terminal MyTH4-FERM MF2 domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mv7
タイトルStructure of human Myosin 7b C-terminal MyTH4-FERM MF2 domain
要素Unconventional myosin-VIIb
キーワードMOTOR PROTEIN / myosin / MyTh4-FERM / myosin tail
機能・相同性
機能・相同性情報


apical cytoplasm / brush border assembly / actin filament-based movement / myosin complex / microfilament motor activity / microvillus / brush border / actin filament organization / sensory perception of sound / actin filament binding ...apical cytoplasm / brush border assembly / actin filament-based movement / myosin complex / microfilament motor activity / microvillus / brush border / actin filament organization / sensory perception of sound / actin filament binding / actin cytoskeleton / cell differentiation / ATP binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myosin VII N-terminal beta barrel domain / Class VII myosin, motor domain / Myosin VII, FERM domain C-lobe, repeat 1 / Myosin VII, FERM domain C-lobe, repeat 2 / Myosin-X FERM PH domain-like / : / MyTH4 domain / MyTH4 domain superfamily / MyTH4 domain / MyTH4 domain profile. ...Myosin VII N-terminal beta barrel domain / Class VII myosin, motor domain / Myosin VII, FERM domain C-lobe, repeat 1 / Myosin VII, FERM domain C-lobe, repeat 2 / Myosin-X FERM PH domain-like / : / MyTH4 domain / MyTH4 domain superfamily / MyTH4 domain / MyTH4 domain profile. / Domain in Myosin and Kinesin Tails / RA like domain / Acyl-CoA Binding Protein - #10 / IRS-type PTB domain / PTB domain (IRS-1 type) / Acyl-CoA Binding Protein / IQ calmodulin-binding motif / Variant SH3 domain / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / FERM central domain / PH-domain like / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Kinesin motor domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Ubiquitin-like (UB roll) / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Roll / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unconventional myosin-VIIb
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Planelles-Herrero, V.J. / Sourigues, Y. / Titus, M.A. / Houdusse, A.
資金援助 米国, フランス, 5件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1244235 米国
French National Research AgencyANR-13-BSV8-0019-01 フランス
FRMING20140129255 フランス
Labex CelTisPhyBio11-LBX-0038 フランス
IDEX PSLANR-10-IDEX-0001-02-PSL フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Myosin 7 and its adaptors link cadherins to actin.
著者: Yu, I.M. / Planelles-Herrero, V.J. / Sourigues, Y. / Moussaoui, D. / Sirkia, H. / Kikuti, C. / Stroebel, D. / Titus, M.A. / Houdusse, A.
履歴
登録2017年1月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Unconventional myosin-VIIb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7456
ポリマ－60,1301
非ポリマー6155
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area25910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.670, 42.810, 118.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.69, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Unconventional myosin-VIIb


分子量: 60130.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYO7B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PIF6
#2: 化合物 ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル


分子量: 163.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.36 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 31-34% (v/v) PEG 400, 100 mM Tris-HCl pH 8.5 and 200 mM Li2SO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→50 Å / Num. obs: 22640 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 67.16 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 11.86
反射 シェル解像度: 2.44→2.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 11.86 / CC1/2: 0.915 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.44→35.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.436 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.439 / SU Rfree Blow DPI: 0.27 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.273
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1132 5 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.211 22640 96.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 66.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.278 Å20 Å22.9525 Å2
2---18.2216 Å20 Å2
3---23.4997 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.44→35.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4026 0 37 139 4202
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014167HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.15644HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1448SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes89HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes590HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4167HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.92
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.83
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion524SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4664SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.44→2.56 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 137 5.01 %
Rwork0.272 2600 -
all0.275 2737 -
obs--88.95 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.686 Å / Origin y: 0.834 Å / Origin z: 17.702 Å
111213212223313233
T0.1133 Å2-0.018 Å20.0986 Å2-0.2513 Å20.023 Å2--0.1819 Å2
L1.5951 °2-1.1822 °2-1.5055 °2-1.1403 °21.6953 °2--2.6678 °2
S0.0778 Å °-0.1482 Å °0.0646 Å °0.095 Å °-0.1427 Å °0.0112 Å °0.0797 Å °-0.5231 Å °0.0649 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|1 - A|505 }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る