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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mug | |||||||||
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タイトル | Self-assembled alpha-Tocopherol Transfer Protein Nanoparticles Promote Vitamin E Delivery Across an Endothelial Barrier | |||||||||
![]() | Alpha-tocopherol transfer protein | |||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / lipid transfer protein / sec14-like | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Vitamin E / vitamin E binding / vitamin E metabolic process / lipid transfer activity / vitamin transport / intermembrane lipid transfer / negative regulation of establishment of blood-brain barrier / positive regulation of amyloid-beta clearance / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol bisphosphate binding ...Vitamin E / vitamin E binding / vitamin E metabolic process / lipid transfer activity / vitamin transport / intermembrane lipid transfer / negative regulation of establishment of blood-brain barrier / positive regulation of amyloid-beta clearance / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol bisphosphate binding / embryonic placenta development / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / lipid metabolic process / response to toxic substance / late endosome / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Stocker, A. / Aeschimann, W. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Self-assembled alpha-Tocopherol Transfer Protein Nanoparticles Promote Vitamin E Delivery Across an Endothelial Barrier. 著者: Aeschimann, W. / Staats, S. / Kammer, S. / Olieric, N. / Jeckelmann, J.M. / Fotiadis, D. / Netscher, T. / Rimbach, G. / Cascella, M. / Stocker, A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 116.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 90.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 729.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 730.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 24|||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 26897.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 61分子 ![](data/chem/img/VIV.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/ETA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/ETA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-VIV / ( | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-ETA / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.66 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Ammonium sulfate,10% w/v Polyethylene glycol 4,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月6日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.0079 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.42→48.572 Å / Num. obs: 29032 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.813 % / Biso Wilson estimate: 60.22 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rrim(I) all: 0.096 / Χ2: 1.114 / Net I/σ(I): 14 / Num. measured all: 139722 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1OIP 解像度: 2.42→48.572 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.03 / 位相誤差: 23.27
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 162.69 Å2 / Biso mean: 67.8465 Å2 / Biso min: 38.33 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.42→48.572 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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